- 结核分枝杆菌Rv2181T、B细胞表位预测及分析被引量：1
- 2017年
- 预测和分析结核分枝杆菌Rv2181抗原的T细胞表位和B淋巴抗原表位的分布状况。首先从NCBI中得到蛋白的氨基酸序列,接着通过BLAST将人类蛋白和得到的序列进行同源性分析,使用SYFPEITHI对MTB中Rv2181蛋白的T淋巴细胞抗原表位,取得分在前2%的多肽作为优势抗原,然后用NETCTL、Net MHC和BIMAS等数据库预测抗原CD8^+T和CD4^+T细胞表位,综合结果筛选出优势肽段。利用Protean预测到的B细胞抗原表位,再根据IEDB、ABCpred、Bcepred等数据库预测,排除α-螺旋、β-折叠内不易形成表位的序列,将位于β-转角、无规则卷曲处的表位确定为优势表位。通过预测、分析,筛选出Rv2181抗原CD4^+T细胞表位中强结合表位120个,弱结合表位495个,综合CD4、8+T的预测,最终筛选出1个优势表位肽段,确定7条优势的B细胞抗原表位区域。预测T、B细胞候选表位为结核病诊断和治疗有重要价值。
- 占卫红吴启航赵隆麒王心倩孙妍余晓丽
- 关键词：结核分枝杆菌T细胞B细胞表位分析
- 结核分枝杆菌HupB蛋白对小鼠抗原递呈细胞及T细胞免疫功能的影响
- 目的:探索结核分枝杆菌HupB蛋白对小鼠抗原递呈细胞和Na(?)ve CD4T细胞极化的影响及细胞免疫作用。材料方法:重组表达结核分枝杆菌HupB蛋白,质谱检测重组蛋白分子量。并用重组HupB蛋白刺激小鼠巨噬细胞、树突状...
- 孙妍
- 关键词：结核分枝杆菌树突状细胞TH1
- 结核分枝杆菌Rv2986c T、B细胞表位分析被引量：2
- 2016年
- 预测并分析结核分枝杆菌Rv2986c的CD4+T、CD8+T和B细胞表位分布情况。方法在NCBI数据库上查询并获得Rv2986c的氨基酸序列,用BLAST分析其与结核分枝杆菌复合群及人类蛋白的同源性。利用Net MHC数据库预测并分析目的蛋白的CD4+T细胞表位的分布情况;利用SYFPEITHI、Net MHC、BIMAS和IEDB数据库预测并分析目的蛋白的CD8+T细胞表位的分布情况。然后,综合CD4+T与CD8+T细胞表位预测情况,筛选出优势T细胞表位肽段。利用IEDB和ABCpred数据库分析目的蛋白的B细胞抗原表位,筛选出优势B细胞表位肽段。通过预测与分析,初步筛选出CD4+T细胞的强结合候选表位10个,弱结合候选表位245个,CD8+T细胞候选表位3个;综合CD4+T与CD8+T细胞表位预测结果,最终筛选出1个优势T细胞表位肽段。综合IEDB和ABCpred数据库分析得出8条优势B细胞抗原表位。预测出来的T、B细胞候选表位将为结核病的特异性诊断及新的抗结核多表位疫苗的研究奠定基础。
- 孙妍王心倩占卫红雷航陈高瞻余晓丽
- 关键词：结核分枝杆菌T细胞表位B细胞表位
- 结核分枝杆菌Rv3607c T细胞表位分布情况预测及分析被引量：6
- 2016年
- 为了预测和分析结核分枝杆菌(MTB)Rv3607c抗原的CD4+T以及CD8+T细胞表位的分布状况,首先在NCBI数据库中获取抗原的氨基酸序列,然后使用BLAST并与人类蛋白进行同源比对;之后使用Net MHC数据库预测并分析MTB的Rv3607c抗原的CD4+T细胞表位的分布状况;再使用SYFPEITHI、NETCTL、BIMAS和Net MHC在线预测分析MTB的Rv3607c抗原CD8+T细胞表位的分布状况。结合两个表位预测结果,筛选出最终表位肽段,为后续验证试验做准备。其结果为:首先预测出MTB的Rv3607c抗原有4个CD8+T细胞候选表位;而CD4+T细胞表位的初步结果为强结合表位29个,弱结合表位183个。结合两个表位预测并分析,最终筛选出2个优势表位肽段。最后预测出的T细胞候选表位将作为结核病特异性诊断和抗结核多表位疫苗的研究根基。
- 王心倩孙妍占卫红雷航陈高瞻余晓丽
- 关键词：结核分枝杆菌
- Rv1635c基因及其编码蛋白质基本特性及抗原表位的生物信息学分析被引量：1
- 2017年
- 对基因Rv1635c进行生物信息学分析,并对其T、B细胞的抗原表位性进行预测和筛选。用软件ProtParam、SingnalP、TMHMM分别对该基因编码蛋白质的理化性质、信号肽区进行分析预测。以NetMHC、Bimas、NetCTL和SYFPEITHI四个软件来预测分析Rv1635c的T细胞表位。采用IEDB和Bcepred来预测该基因的B细胞表位。分析结果为该基因编码的蛋白质原子总数8573,氨基酸数目556,分子质量60035.23,理论等电点9.84,理论分子式C_(2772)H_(4323)N_(747)O_(717)S_(14),估计半衰期30 h,不稳定指数39;由SignalP分析得到其不含信号肽;根据TMHMM分析可知Rv1635c为跨膜蛋白;T、B细胞表位预测显示该基因至少含有一个潜在的T、B细胞表位,可为未来疾病的预防、诊断和治疗提供理论基础。
- 赵隆麒李海波吴启航王心倩孙妍占卫红余晓丽
- 关键词：生物信息学
- Rv3457c基因及其编码蛋白基本特性及抗原表位的生物信息学分析
- 2016年
- 运用生物信息学对Rv3457c基因编码蛋白的主要特征进行分析,同时预测并筛选其T/B细胞表位。运用Prot Param、Singnal P、TMHMM来分析基因编码蛋白的理化性质、信号肽区、跨膜区;运用Net MHC、Bimas、Net CTL和SYFPEITHI对其T、B细胞进行细胞表位分析预测。得到该基因编码蛋白由1 044个氨基酸组成,原子数为10 498,理论分子式为C2980H4918N1044O1216S340,分子质量为85.7284 KD,等电点的理论值为4.99,半衰期估计值4.4 h,不稳定系数52.31,平均亲水性0.938,脂肪系数20.11;含有潜在T细胞表位和B细胞表位。得出至少含有一个T细胞和一个B细胞表位,可作为疫苗的研制提供基础。
- 赵隆麒王心倩孙妍占卫红吴启航李海波余晓丽
- 关键词：生物信息学
- 鸟胞内分枝杆菌mmpL11同源基因序列分析及功能预测
- 2016年
- 以非结核分枝杆菌中的胞分枝杆菌、鸟分枝杆菌两个标准株为研究对象,以耻垢分枝杆菌mc2 155和结核分枝杆菌H37Rv为对照,对其mmpL11同源基因进行序列分析,并对其蛋白质进行结构及功能预测,为后期的抗酸染色阳性菌诊断,药物靶标的筛选提供理论基础。根据同源比对找到两个标准株的mmpL11同源基因;应用expasy工具预测Mmp L11同源蛋白理化性质;蛋白质信号肽预测采用SignalP在线软件进行预测;使用TMHMM在线工具进行拓扑结构预测;利用Interproscan工具对蛋白保守序列和功能进行预测;使用SSpro对蛋白二级结构进行预测。OCU48920蛋白的理化性质分析显示:其氨基酸个数为1 018,分子量为108.4 k D,理论等电点为7.61,疏水指数为0.227;MAP3637c蛋白的理化性质分析显示:其氨基酸个数为1007,分子量为107.2 k D,理论等电点为8.59,疏水指数为0.231。信号肽预测发现两个标准株的Mmp L11均不存在信号肽切割位点,未发现信号肽存在。跨膜预测发现其跨膜次数分别为12和12肽链,N端均在膜内,二级结构以α-螺旋和β-片层为主。保守序列预测发现两个标准株的Mmp L11蛋白均有两个MMPL跨膜结构域,一个固醇敏感多肽区。OCU48920、MAP3637c为H37Rv的Mmp L11同源蛋白,推测其功能同Mmp L11相似,是分枝菌酸的转运蛋白,参与胞内小分子的运输和信号转导。
- 王文靖孙妍王心倩余晓丽
- 关键词：非结核分枝杆菌
- 戈登菌mmpL3同源基因序列分析及功能预测被引量：2
- 2016年
- 目的分析支气管戈登菌临床株mmpL3(Rv0206c)同源基因(Gbro4481)序列,并预测其蛋白质结构及功能,为Gbro4481蛋白的进一步研究奠定基础。方法根据全基因组测序结果和同源比对找到支气管戈登菌的mmpL3同源基因,应用expasy工具预测支气管戈登菌MmpL3同源蛋白理化性质;利用Interproscan和Gene ontology工具对蛋白保守序列和功能进行预测;使用TMHMM在线工具进行拓扑结构预测。结果筛选出MmpL3同源蛋白(Gbro4481),该蛋白含有2个膜转运蛋白结构域和1个固醇敏感多肽区;TMHMM预测Gbro4481蛋白有10个跨膜区。结论支气管戈登菌的Gbro4481蛋白与结核分枝杆菌H37Rv的mmpL3蛋白同源,是分枝菌酸的转运蛋白,参与胞内小分子的运输和信号转导。
- 陈高瞻孙妍占卫红雷航王心倩宋言峥张舒林余晓丽
- 关键词：生物信息学分析
- 分枝杆菌主要抗原成分对C57BL/6小鼠肝脏NKT细胞的免疫作用
- 2017年
- 目的·评价分枝杆菌主要抗原成分对C57BL/6小鼠肝脏NKT细胞的免疫作用。方法·采用尾静脉注射法将牛分枝杆菌BCG活菌、全菌裂解物(WCL)、总脂抗原(TLIP)、培养滤液蛋白B(CFP-B)、脂聚糖(lipoglycan)分别免疫C57BL/6小鼠,免疫后第3、6、12日时分离小鼠肝脏细胞,用流式细胞术检测小鼠肝脏NKT细胞含量变化。以未经抗原免疫小鼠作为对照。结果·流式细胞术检测结果显示:对照组、lipoglycan组、CFP-B组、TLIP组、WCL组和BCG组小鼠肝脏内NKT细胞百分比分别为(0.040 0±0.020 62)%、(0.027 8±0.039 93)%、(0.035 6±0.047 46)%、(0.411 1±0.245 38)%、(0.118 9±0.054 19)%、(0.078 9±0.045 95)%。统计学分析结果显示:小鼠肝脏内NKT细胞百分比,TLIP组和WCL组显著高于对照组(P<0.01),且TLIP组高于WCL组;其余抗原组与对照组的差异无统计学意义(P>0.05)。结论·分枝杆菌主要抗原成分中,TLIP可显著增加C57/BL6小鼠肝脏内NKT细胞数量。TLIP具有潜在的抗结核免疫作用,值得进一步研究。
- 刘毅王丹霓雷航史会影孙妍孙战强张舒林
- 关键词：分枝杆菌NKT细胞
- 非结核分枝杆菌MmpL家族同源性分析及拓扑结构预测被引量：1
- 2015年
- 以非结核分枝杆菌中的胞分枝杆菌、鸟分枝杆菌和耻垢分枝杆菌三个标准株为研究对象,对其Mmp L家族蛋白的同源序列进行相似性分析和功能预测。根据NCBI数据库中分枝杆菌Mmp L蛋白序列进行多重序列比对;用TMHMM Server 2.0在线软件对Mmp L同源序列进行拓扑结构预测;用Interproscan对Mmp L3同源序列进行保守序列和结构域分析。同源分析结果显示:与H37Rv Mmp L家族比较,胞分枝杆菌中没有发现Mmp L2、Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;鸟分枝杆菌没有发现Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;耻垢分枝杆菌没有发现Mmp L2、Mmp L7、Mmp L9、Mmp L10、Mmp L12和Mmp L13的同源序列,推测可能与菌种差异性有关;拓扑结构预测发现大部分同源序列跨膜次数与H37Rv的对应Mmp L蛋白保持一致,少数序列与H37Rv的对应Mmp L蛋白有较小偏差;保守序列分析发现:与H37Rv比较三个标准株的Mmp L3同源序列有两个膜转运蛋白结构域(MMPL domain),没有固醇敏感多肽区(SSD domain)说明该同源序列有膜转运功能,无SSD介导的胆固醇自我平衡调节、物质运输以及细胞信号转导等功能。研究结果为进一步阐明非结核分枝杆菌的毒力、致病机制和疾病趋势提供基础资料。
- 孙妍陈高瞻占卫红雷航王心倩余晓丽
- 关键词：非结核分枝杆菌MMP同源序列拓扑结构
