陈高瞻
- 作品数：11 被引量：31H指数：3
- 供职机构：武汉轻工大学生物与制药工程学院更多>>
- 发文基金：湖北省教育厅科学技术研究项目武汉市卫生局临床医学科研项目上海市科技型中小企业技术创新基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 武汉地区结核分枝杆菌异烟肼耐药性的基因分析被引量：2
- 2015年
- 探讨武汉地区结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药相关基因突变特征。通过PCR直接序列分析法对异烟肼耐药相关基因kat G基因及mab A-inhA启动子进行序列分析。20株异烟肼敏感株未检测到突变,49株耐药株中有40株(81.6%)存在突变,其中katG的S315突变率占主导优势,突变率为73.5%(36/49),mab A-inhA启动子区核苷酸置换率为8.2%(4/49),其中一株同时检测到了katG和mabA-inhA启动子区的突变。此外,还检测到了一种国内尚未报道的katG突变类型P232S(CCG→TCG)。研究证实kat G基因和mabA-inhA启动子的突变与异烟肼耐药相关,为进一步研究结核分枝杆菌异烟肼耐药性奠定了基础。
- 孙战强陈高瞻余晓丽
- 关键词：结核分枝杆菌异烟肼耐药KATG基因
- 武汉地区结核分枝杆菌链霉素耐药分离株rpsL基因分子特征研究被引量：1
- 2014年
- 探讨武汉地区结核分枝杆菌链霉素(SM)耐药临床分离株rpsL基因分子特征。收集71株临床分离株,采用刃天青法测定临床分离株对SM的最低抑菌浓度(MIC),同时用直接测序法分析rpsL基因的突变情况;用RD105基因缺失检测法鉴定71株临床分离株中"北京基因型"菌株。结果显示20株SM敏感株rpsL基因未发现突变(MICs<0.25 mg/L);51株SM耐药株中,35株(68.6%)检测到rpsL基因突变,主要发生在第43位和88位密码子,MIC1 mg/L的SM耐药株(低水平耐药株)总突变率低于MIC2mg/L(高水平耐药株);北京基因型与耐药株的相关性不大。研究表明SM耐药菌株rpsL基因突变类型存在地域差异;rpsL突变与SM高水平耐药的相关性在本研究中关联度不大;"北京基因型"菌株在武汉地区呈流行趋势。
- 芦莲陈高瞻黄小琴雷航胡申才李睿刘志国余晓丽
- 关键词：结核分枝杆菌RPSL基因耐药
- 结核分枝杆菌链霉素耐药临床分离株rrs基因突变与其耐药水平相关性研究被引量：3
- 2014年
- 研究武汉地区耐链霉素(SM)结核分枝杆菌的耐药分子机制,进一步研究阐明rrs基因突变与结核分枝杆菌耐链霉素的关系;同时探究武汉地区结核分枝杆菌"北京基因型"菌株的流行趋势,为进一步研究武汉地区耐链霉素菌株rrs基因突变与"北京基因型"的相关性奠定基础。84株结核分枝杆菌中,44株对链霉素耐药,20株耐其它药物,20株对链霉素敏感,采用PCR直接测序法分析链霉素菌株rrs基因突变情况;采用RD105缺失法鉴定84株临床分离菌株中"北京基因型"菌株。结果显示44株SM耐药菌株中,16(36.4%)株检测到rrs基因突变,其中9株1401位点A→G,6株514位点A→C突变,1株1487位点G→A突变;20株耐其它药菌株中1401位点A→G和514位点A→C突变各1株,20株敏感菌株中发现1株1029位点C→T点突变;84株临床分离菌株中有77(91.8%)株"北京基因型"菌株,7株非"北京基因型"菌株。研究表明链霉素耐药菌株rrs基因主要突变位点在514和1401位点,武汉地区"北京基因型"菌株为当地流行的结核分枝杆菌,且SM耐药菌株中突变菌株93.8%(15/16)为"北京基因型","北京基因型"菌株研究及其鉴定是有其科学价值的,值得我们重视。
- 陈高瞻芦莲雷航马峻孙战强孙庆文余晓丽张舒林
- 关键词：结核分枝杆菌链霉素耐药北京基因型
- 基于16S rRNA基因的戈登氏菌演化分析被引量：2
- 2014年
- 探讨19种戈登氏菌共31株间16S rRNA基因演化关系。利用16S rRNA基因序列进行相似性分析和同源性比对,并运用Neighbor-Joining法构建进化树,进行演化分析。其中13条16S rRNA基因序列来自临床分离株,其他16S rRNA基因序列来自Genbank。结果表明:13株临床分离菌株包含4株Gordonia paraffinivorans,6株Gordonia bronchialis和3株Gordonia sputi,临床分离株的相似性百分比为93.5%-99.7%;16S rRNA基因序列在戈登氏菌不同种间存在较为明显的差异性(2%—6.2%),可将临床分离株鉴定到种。进化分析结果显示:戈登氏菌分为两大类群,三种临床分离株在演化上按出现的先后依次为Gordonia bronchialis、Gordonia sputi、Gordonia paraffinivorans。所做研究可为戈登氏菌相关疾病的流行、预防、治疗和控制提供一定的参考。
- 雷航王文靖曾驰余绍为芦莲陈高瞻余晓丽
- 关键词：RRNA菌种鉴定
- 非结核分枝杆菌MmpL家族同源性分析及拓扑结构预测被引量：1
- 2015年
- 以非结核分枝杆菌中的胞分枝杆菌、鸟分枝杆菌和耻垢分枝杆菌三个标准株为研究对象,对其Mmp L家族蛋白的同源序列进行相似性分析和功能预测。根据NCBI数据库中分枝杆菌Mmp L蛋白序列进行多重序列比对;用TMHMM Server 2.0在线软件对Mmp L同源序列进行拓扑结构预测;用Interproscan对Mmp L3同源序列进行保守序列和结构域分析。同源分析结果显示:与H37Rv Mmp L家族比较,胞分枝杆菌中没有发现Mmp L2、Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;鸟分枝杆菌没有发现Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;耻垢分枝杆菌没有发现Mmp L2、Mmp L7、Mmp L9、Mmp L10、Mmp L12和Mmp L13的同源序列,推测可能与菌种差异性有关;拓扑结构预测发现大部分同源序列跨膜次数与H37Rv的对应Mmp L蛋白保持一致,少数序列与H37Rv的对应Mmp L蛋白有较小偏差;保守序列分析发现:与H37Rv比较三个标准株的Mmp L3同源序列有两个膜转运蛋白结构域(MMPL domain),没有固醇敏感多肽区(SSD domain)说明该同源序列有膜转运功能,无SSD介导的胆固醇自我平衡调节、物质运输以及细胞信号转导等功能。研究结果为进一步阐明非结核分枝杆菌的毒力、致病机制和疾病趋势提供基础资料。
- 孙妍陈高瞻占卫红雷航王心倩余晓丽
- 关键词：非结核分枝杆菌MMP同源序列拓扑结构
- 武汉地区结核分枝杆菌临床分离株乙胺丁醇耐药分子特征研究被引量：4
- 2013年
- 探讨武汉地区结核分枝杆菌乙胺丁醇耐药基因embB的分子特征,为深入研究结核分枝杆菌乙胺丁醇(EMB)耐药分子机制、快速检测技术的建立和个体化临床用药奠定基础;同时探索武汉地区"北京基因型"菌株的传播类型,为结核防控提供参考。收集85株临床分离株,采用PCR直接测序法分析embB基因的突变特征;采用RD105基因缺失检测法鉴定85株分离株中"北京基因型"菌株。结果显示22例EMB耐药株中,15(68.2%)例在embB基因检测到突变,其中14例为306位点突变,突变类型为M306V ATG→GTG和M306I ATG→ATA,1例为319位点突变,突变类型为Y319C TAT→TGT;同时,在63例EMB敏感株中也检测到了5株(7.9%)发生了embB基因突变,其中4例在306位点,1例在319位点。85例临床分离株中78株为"北京基因型"菌株,占全部菌株的91.8%,非"北京基因型"菌株有7株,占8.2%。研究表明embB306位点突变不仅在乙胺丁醇耐药菌株中,而且在乙胺丁醇敏感菌株中也能检测到。由于乙胺丁醇耐药菌株同时还耐其他药物,故不能排除其他药物与embB306位点突变的关系,因此embB306位点突变与结核分枝杆菌耐药的相关性有待深入探讨。本研究发现武汉地区结核分枝杆菌乙胺丁醇耐药株中embB基因突变类型并不存在地域差异,而在敏感株中却存在明显的地域差异性。本研究同时表明,"北京基因型"菌株在武汉地区呈主要流行趋势,应该引起我们的重视。
- 丁冰冰马峻陈高瞻刘志国李睿胡申才郭利余晓丽张舒林
- 关键词：结核分枝杆菌耐药EMBB基因北京基因型
- 结核分枝杆菌Rv3607c T细胞表位分布情况预测及分析被引量：6
- 2016年
- 为了预测和分析结核分枝杆菌(MTB)Rv3607c抗原的CD4+T以及CD8+T细胞表位的分布状况,首先在NCBI数据库中获取抗原的氨基酸序列,然后使用BLAST并与人类蛋白进行同源比对;之后使用Net MHC数据库预测并分析MTB的Rv3607c抗原的CD4+T细胞表位的分布状况;再使用SYFPEITHI、NETCTL、BIMAS和Net MHC在线预测分析MTB的Rv3607c抗原CD8+T细胞表位的分布状况。结合两个表位预测结果,筛选出最终表位肽段,为后续验证试验做准备。其结果为:首先预测出MTB的Rv3607c抗原有4个CD8+T细胞候选表位;而CD4+T细胞表位的初步结果为强结合表位29个,弱结合表位183个。结合两个表位预测并分析,最终筛选出2个优势表位肽段。最后预测出的T细胞候选表位将作为结核病特异性诊断和抗结核多表位疫苗的研究根基。
- 王心倩孙妍占卫红雷航陈高瞻余晓丽
- 关键词：结核分枝杆菌
- 结核分枝杆菌Rv2986c T、B细胞表位分析被引量：2
- 2016年
- 预测并分析结核分枝杆菌Rv2986c的CD4+T、CD8+T和B细胞表位分布情况。方法在NCBI数据库上查询并获得Rv2986c的氨基酸序列,用BLAST分析其与结核分枝杆菌复合群及人类蛋白的同源性。利用Net MHC数据库预测并分析目的蛋白的CD4+T细胞表位的分布情况;利用SYFPEITHI、Net MHC、BIMAS和IEDB数据库预测并分析目的蛋白的CD8+T细胞表位的分布情况。然后,综合CD4+T与CD8+T细胞表位预测情况,筛选出优势T细胞表位肽段。利用IEDB和ABCpred数据库分析目的蛋白的B细胞抗原表位,筛选出优势B细胞表位肽段。通过预测与分析,初步筛选出CD4+T细胞的强结合候选表位10个,弱结合候选表位245个,CD8+T细胞候选表位3个;综合CD4+T与CD8+T细胞表位预测结果,最终筛选出1个优势T细胞表位肽段。综合IEDB和ABCpred数据库分析得出8条优势B细胞抗原表位。预测出来的T、B细胞候选表位将为结核病的特异性诊断及新的抗结核多表位疫苗的研究奠定基础。
- 孙妍王心倩占卫红雷航陈高瞻余晓丽
- 关键词：结核分枝杆菌T细胞表位B细胞表位
- 戈登菌mmpL3同源基因序列分析及功能预测被引量：2
- 2016年
- 目的分析支气管戈登菌临床株mmpL3(Rv0206c)同源基因(Gbro4481)序列,并预测其蛋白质结构及功能,为Gbro4481蛋白的进一步研究奠定基础。方法根据全基因组测序结果和同源比对找到支气管戈登菌的mmpL3同源基因,应用expasy工具预测支气管戈登菌MmpL3同源蛋白理化性质;利用Interproscan和Gene ontology工具对蛋白保守序列和功能进行预测;使用TMHMM在线工具进行拓扑结构预测。结果筛选出MmpL3同源蛋白(Gbro4481),该蛋白含有2个膜转运蛋白结构域和1个固醇敏感多肽区;TMHMM预测Gbro4481蛋白有10个跨膜区。结论支气管戈登菌的Gbro4481蛋白与结核分枝杆菌H37Rv的mmpL3蛋白同源,是分枝菌酸的转运蛋白,参与胞内小分子的运输和信号转导。
- 陈高瞻孙妍占卫红雷航王心倩宋言峥张舒林余晓丽
- 关键词：生物信息学分析
- 支气管戈登菌基因组、胞壁脂聚糖结构和功能的研究
- 戈登氏菌属一般存在于自然环境中。部分菌种得益于其强大的生物修复能力可以用于污染的土壤和水的治理;另外一些菌种被报道可感染免疫力缺陷和免疫力正常的患者。但是由于缺乏其致病机理的相关研究,在呼吸道相关疾病上容易被误诊为肺结核...
- 陈高瞻
- 关键词：基因组脂阿拉伯甘露聚糖
- 文献传递
