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替吉奥联合通隔散食管支架治疗晚期食管癌2例: 2018年; 例1,患者男,67岁,因进行性吞咽困难,胸痛5个月入院。初步诊断为食管癌,收住我院消化内科。查体：消瘦体型,贫血貌,浅表淋巴结无肿大,双肺无湿啰音,心界不大,肝脾未触及,双肾无压痛、叩击痛,双下肢无水肿。化验血常规示RBC3.2×10^2/L,Hb 94 g/L,WBC 4.87×10^9/L,PLT 150×10^12/L,电解质Na＋135 mmol/L,K＋4.3 mmol/L,Cl^-102 mmol/L,Ca^2＋ 2．4mmol／L。2016年4月22日，经鼻电子胃镜（5．9mm）见食管中段黏膜增生，环周浸润，呈结节样改变，表面溃烂，有少量污苔，食管明显狭窄，取活检组织4块，病理报告为中分化鳞状细胞癌。; 杨渊杨渊杨明旺

阿帕替尼联合大剂量丹参酮IIA对肺腺癌A549细胞株凋亡及Bim异构体的影响被引量：5: 2019年; 目的:观察阿帕替尼与丹参酮IIA单药及不同时序联合用药方案对人肺腺癌细胞A549凋亡的影响,并探究其作用机制。方法:培养肺癌A549细胞,用梯度浓度的阿帕替尼(0、5、10、20、40、80μmol/L)及丹参酮IIA(0、5、10、20、40、80μmol/L)分别处理A549细胞,应用CCK8法检测其对细胞增殖的抑制作用;流式细胞技术(Annexin V/PI双染法)检测不同用药组作用48 h后的细胞凋亡率;半定量RT-PCR检测凋亡相关基因Bim异构体的表达情况。结果:阿帕替尼及丹参酮IIA单药对A549细胞的增殖均有抑制作用,且呈现浓度依赖性。两种药物联合使用时,联合用药组增殖抑制和凋亡率优于单药组和改变药物顺序的序贯组。结论:阿帕替尼与丹参酮IIA单药以及联合用药均可抑制A549细胞的增殖并促进凋亡;最佳联合方案为阿帕替尼联合丹参酮IIA同时使用,细胞凋亡率最高;其作用机制之一可能是联合用药通过转录和mRNA选择性剪接来上调Bim L基因的表达,从而促进细胞凋亡。; 杨渊杨渊陈楠马千里吴瀚欣吴小海俞建昆; 关键词：肺腺癌 A549 丹参酮IIA

梯度浓度顺铂处理对6种肿瘤细胞中CASP9的mRNA选择性剪接的影响被引量：3: 2017年; 目的:分析顺铂处理后多种肿瘤细胞中CASP9基因mRNA选择性剪接异构体的表达及其变化规律。方法:用梯度浓度的顺铂处理肺癌细胞(A549、H1299)、人胚肾细胞(293FT)、宫颈癌细胞(SiHa、CaSki、C33A)6种细胞,提取各细胞的总RNA,用半定量RT-PCR和琼脂糖凝胶电泳及胶图像分析软件检测分析CASP9基因mRNA异构体的组成及其比例和相对表达水平的变化。结果:6种细胞中,CASP9f∶r1引物检测到的CASP9a和c(NR-102732)两种异构体,但随着顺铂浓度的增加,两种异构体的比例在6种细胞中均无变化;而CASP9f∶r2引物可检测到的异构体CASP9a和b、a/b比例在A549、H1299、SiHa、C33A、Ca Ski中呈逐渐增加趋势,而在293FT细胞中则呈相反趋势;在A549顺铂抗性株中,顺铂处理前后CASP9a/b的比例显著差异变化明显减弱。结论:在顺铂处理下,检测的5种细胞中的Casp9是通过增加casp9a/b的比例来应对,仅293FT例外;顺铂抗性A549细胞株在顺铂处理后casp9a/b的比例比例与细胞凋亡和抗性有关,提示调节casp9a/b的比例是治疗癌症的可能的有效途径之一。; 杨勤兴马春霞陆成龙杨艳波杨梦莉刘舒媛李明阳杨渊史荔俞建昆; 关键词：顺铂细胞凋亡

顺铂处理下肺癌细胞中剪接因子SRSF2 mRNA异构体的变化被引量：3: 2017年; 目的:分析不同浓度顺铂(CDDP)处理后肺癌细胞中剪接因子2(SRSF2)mRNA异构体及蛋白水平的变化及机制。方法:分别使用8、16、24、32、40、48及56μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系A549和12、24、36、48、60、72及84μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系H1299为实验组,同时设立实验组最高浓度CDDP浓度组等体积的DMSO处理的两种细胞的对照组;提取处理后细胞的总RNA,设计SRSF2基因不同的引物(F1∶R1,F2∶F2,F2∶R1),RT-PCR检测mRNA剪接异构体的变化;采用Western-blot检测不同浓度CDDP处理后A549细胞中SRSF2蛋白的表达。结果:在A549和H1299细胞中检测到了6种异构体(a、b、c、d、e、f),且随着处理CDDP浓度的增加,非编码蛋白的mRNA异构体的比例明显上升,主要是Isoform-b和Isoform-e的上升;而编码蛋白的mRNA异构体所占比例明显下降,主要是Isoform-d的下降;同时处理后两种细胞SRSF2的总mRNA水平也逐渐降低,但SRSF2蛋白水平则逐渐升高。结论:在CDDP处理的肺癌细胞A549和H1299中,SRSF2蛋白水平被上调,这种上调可能被SRSF2通过向自身mRNA选择性剪接上调非编码蛋白和下调编码蛋白的mRNA异构体的转录水平来调节。; 马春霞杨梦莉陈香玲李明阳杨渊刘淑媛史荔俞建昆; 关键词：顺铂

小鼠Bcl2a1a蛋白的生物信息学预测分析: 2018年; 目的:分析小鼠Bcl2a1a全长基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用软件预测其蛋白的二、三级结构与特征。方法:运用生物信息学相关软件分析和预测人类BCL2A1和小鼠Bcl2a1a基因的同源区段,预测小鼠Bcl2a1a基因的启动子区域及蛋白跨膜区域与信号肽;利用软件模拟生成蛋白三级结构图像,并了解小鼠Bcl2a1a蛋白与其他蛋白的相互作用关系。结果:小鼠Bcl2a1a基因全长5497 bp,编码的蛋白含有172个氨基酸残基,相对分子质量为460 087.23,属于不稳定的疏水性蛋白。小鼠Bcl2a1a基因与人类BCL2A1基因的同源区域在≥200 bp的位置。2个软件预测的小鼠Bcl2a1a基因启动子最可能在3439～3543 bp和4600 bp,但由于没有预测到CpG岛存在,所以结果准确率较低。小鼠Bcl2a1a蛋白无跨膜结构域,无信号肽;在二级结构预测中,α螺旋为Bcl2a1a蛋白的主要折叠形式;该蛋白仅含有1个BCL结构域,且与Bbc3、Apaf1、Bcl2l2、Trp53、Bak1、Bid、Nfkb1、Jun、Rel、Rela等蛋白形成相互作用网络。结论:Bcl2a1a基因及蛋白的生物信息学分析为相关研究奠定了重要的信息基础。; 杨筱舟杨渊李明阳马春霞陈元鼎; 关键词：蛋白质构象生物信息学

SRSF2基因的生物信息学分析与蛋白质预测: 2017年; 目的:分析富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子2(SRSF2)基因序列和表达产物的特征。方法:运用生物信息学相关软件分析和预测人类和小鼠SRSF2基因的同源区段、开放读框、启动子区域、转录因子结合位点、CpG岛分布情况,分析预测小鼠SRSF2基因蛋白产物的功能结构域以及与其他蛋白的相互作用。结果:人类和小鼠SRSF2基因共有3个同源区段、19个开放读框、4个相同的转录因子结合位点,2个基因的CpG岛各项参数基本一致;小鼠SRSF2蛋白会与至少10种其他蛋白因子发生相互作用。结论:SRSF2基因及其蛋白产物的生物信息学分析,为相关研究提供了重要的信息基础。; 李明阳马春霞吴翰欣吴小海杨渊俞建昆; 关键词：生物信息学蛋白质相互作用

酿酒酵母S288c的Rad53蛋白结构生物信息学分析: 2017年; 目的:分析Rad53基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列,利用软件推测其蛋白的二、三级结构和特征。方法:运用生物信息学相关软件对Rad53蛋白进行预测和分析,并了解其他蛋白与之相互作用关系。结果:酿酒酵母S288c的Rad53基因全长2466 bp,编码的蛋白含821个氨基酸残基,相对分子质量为12 928,是不稳定蛋白。Rad53蛋白包含3个功能域,即2个FHA功能域和1个S_TKc功能域。Rad53蛋白与DNA损伤有关,是一种中心效应蛋白激酶,与之相互作用的蛋白有MRC1、RFX1、MEC1、ASF1、DUN1、CLB5、RAD9、TEL1、CDC5和DBF4。结论:Rad53基因及蛋白的生物信息学分析为了解其他生物细胞周期进程以及肿瘤发生机制相关研究提供了重要的信息基础。; 杨筱舟杨渊李明阳马春霞陈元鼎; 关键词：蛋白生物信息学啤酒酵母

剪接因子SRSF7新mRNA剪接异构体在顺铂处理细胞中的变化: 2018年; 目的:探讨不同梯度浓度顺铂(CDDP)处理不同肺癌细胞后新发现的剪接因子SRSF7 m RNA异构体在同浓度CDDP处理后不同的细胞中的水平变化。方法:采用梯度浓度的CDDP处理肺癌细胞A549(8、18、24、32、40、48及56μmol/L)和H1299(12、24、36、48、60、72及84μmol/L),处理24 h后提取总RNA,进行RT-PCR检测SRSF7 m RNA剪接异构体,并选取NCBI中未确定的异构体进行TA克隆后测序并分析鉴定异构体类型;用56μmol/L的CDDP处理人胚肾细胞293FT,宫颈癌细胞Ca Ski、Si Ha、C33A细胞24 h,提取总RNA后验证新发现的SRSF7 m RNA剪切异构体是否存在这些细胞中。结果:发现3种新的SRSF7 m RNA剪接异构体(分别标记为New1、New2及New3),在肺癌细胞A549、H1299,人胚肾细胞293FT,宫颈癌细胞Ca Ski、Si Ha、C33A细胞等多种肿瘤细胞中均存在,根据NCBI的预测New1,New2,New3异构体均为非编码蛋白的m RNA异构体,随着处理CDDP浓度的增加,其比例明显上升;而编码蛋白的m RNA异构体a和(或)b所占比例明显下降;同时SRSF7的总m RNA水平逐渐降低。结论:新发现的3种非编码的m RNA异构体的变化揭示细胞可能通过SRSF7自身的m RNA选择性剪接来应对DNA损伤。; 马春霞陈香玲李明阳杨渊刘淑媛史荔俞建昆; 关键词：顺铂选择性剪接异构体

一种检测含tst基因金黄色葡萄球菌的纳米生物传感器: 本实用新型提供一种检测含tst基因金黄色葡萄球菌的纳米生物传感器，该生物传感器基于单壁碳纳米管(SWCNT)的非共价键偶联核酸分子和强大的荧光猝灭的特性，通过在单壁碳纳米管的表面上非共价键设置荧光标记的探针(FAM‑P)...; 李明阳马春霞杨渊杨筱舟俞建昆; 文献传递

顺铂处理后肺癌细胞剪接因子SRSF1 mRNA异构体的变化被引量：4: 2017年; 目的:观察不同浓度顺铂处理后肺癌细胞中剪接因子(SRSF1)mRNA异构体的变化,并寻找其中发挥主要抗凋亡作用的异构体。方法:使用不同浓度的顺铂处理肺癌细胞系A549和H1299后提取总RNA,设计SRSF1基因不同的引物(F1∶R1、F1∶F2及F2∶R1)进行RT-PCR以检测其mRNA剪接异构体的变化。结果:在A549和H1299细胞中检测到了5种异构体(Isoform-a、Isoform-b、Isoform-d、Isoform-e、Isoform-f),且主要表现为随着顺铂浓度的升高,非编码蛋白的mRNA异构体的比例明显上升,主要是Isoform-d的上升;而编码蛋白的mRNA异构体所占比例明显下降,主要是Isoform-a下降;同时SRSF1的总mRNA水平也是逐渐降低的。结论:在顺铂处理下,肺癌A549和H1299细胞中的SRSF1的转录水平被下调,其mRNA选择性剪接向下调编码蛋白的mRNA异构体的方向转变,造成编码蛋白的mRNA异构体降低的主要原因为Isoform-a,该异构体可能是SRSF1基因发挥抗细胞凋亡作用的主要异构体。; 马春霞杨梦莉李明阳杨渊陈香岭俞建昆; 关键词：顺铂剪接因子选择性剪接异构体

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杨渊

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