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马春霞: 作品数：22 被引量：22H指数：3; 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所更多>>; 发文基金：国家教育部博士点基金国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>; 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>

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SRSF2基因的生物信息学分析与蛋白质预测: 2017年; 目的:分析富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子2(SRSF2)基因序列和表达产物的特征。方法:运用生物信息学相关软件分析和预测人类和小鼠SRSF2基因的同源区段、开放读框、启动子区域、转录因子结合位点、CpG岛分布情况,分析预测小鼠SRSF2基因蛋白产物的功能结构域以及与其他蛋白的相互作用。结果:人类和小鼠SRSF2基因共有3个同源区段、19个开放读框、4个相同的转录因子结合位点,2个基因的CpG岛各项参数基本一致;小鼠SRSF2蛋白会与至少10种其他蛋白因子发生相互作用。结论:SRSF2基因及其蛋白产物的生物信息学分析,为相关研究提供了重要的信息基础。; 李明阳马春霞吴翰欣吴小海杨渊俞建昆; 关键词：生物信息学蛋白质相互作用

顺铂处理后几种hTERT mRNA剪接异构体的变化: 2016年; 目的:利用顺铂处理肺癌、宫颈癌细胞和人胚肾细胞,检测人类端粒酶逆转录酶催化亚单位(hTERT)mRNA的选择性剪接是否发生变化。方法:将培养的肺癌A549和H1299细胞,宫颈癌C33A、SiHa和Ca Ski细胞及人胚肾293FT细胞分为实验组和对照组,用顺铂处理实验组细胞,DMSO处理对照组细胞;设计hTERTα+β+、α+β-、α-β+、INS3及DEL[e2]引物,提取两组细胞的总RNA,利用RT-PCR检测hTERT mRNA剪接异构体表达。结果:与对照组细胞相比,随着顺铂浓度的增加,肺癌A549和H1299细胞,宫颈癌C33A、SiHa和Ca Ski细胞以及人胚肾293FT细胞中hTERTα+β-和INS3异构体比例升高,而DEL[e2]异构体变化不明显。结论:在顺铂引起的DNA损伤情况下,细胞可利用hTERT mRNA选择性剪接调控机制进行调节,通过改变不同异构体的量和所占比例,从而调节端粒酶功能活性。; 杨梦莉陈香岭隋旭廉亚茹马春霞姚宇峰史荔马千里俞建昆; 关键词：宫颈肿瘤人胚肾细胞顺铂

ERCC1新的mRNA剪接异构体及其在顺铂处理细胞中的变化: 2016年; 为了考察用顺铂处理肺癌和宫颈癌细胞后,ERCC1的mRNA选择性剪接是否发生变化,通过提取处理的肿瘤细胞和对照细胞的总RNA,进行RT-PCR检测,对出现的剪接异构体目的条带进行TA克隆、测序鉴定。结果发现了2个新的ERCC1的mRNA剪接异构体,其中缺失外显子7-9的异构体在所检测的多种癌细胞中普遍存在,并且在顺铂处理下,其所占比例会随顺铂浓度的升高而增加。该异构体的变化揭示细胞可能会通过pre-mRNA选择性剪接调控ERCC1的功能。; 陈香岭杨梦莉隋旭廉亚茹马春霞姚宇峰史荔马千里俞建昆; 关键词：生物化学顺铂核苷酸切除修复

构建稳定表达pLVshRNA-EGFP-EBVsponge的SNU719细胞系被引量：2: 2017年; 目的:构建稳定表达pLVshRNA-EGFP-EBVsponge的SNU719细胞系。方法:合成能与EB病毒(EBV)编码的EBV-miR-BART16、EBV-miR-BART4-5p、EBV-miR-BART5-5p及EBV-miR-BART22 miRNAs特异结合的miRNA海绵(miRNA sponge)序列,用PITA软件预测构建的sponge是否结合非特异性miRNAs;构建pLVshRNA-EGFP-EBVsponge载体,与慢病毒包装质粒pH1、pH2共转染293T细胞,包装产生慢病毒颗粒,感染SNU719细胞,经嘌呤霉素筛选获得稳定表达细胞株;Real-time PCR检测细胞中EBV-miR-BART16、EBV-miRBART4-5p、EBV-miR-BART5-5p及EBV-miR-BART22表达水平。结果:成功构建pLVshRNA-EGFP-EBVspong(命名为pEGFP-EBV-sp);与对照组相比,pEGFP-EBV-sp组中4种microRNA表达水平显著降低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:成功构建稳定表达pEGFP-EBV-sp的SNU719细胞系。; 陈香岭杨梦莉马春霞俞建昆; 关键词：细胞系胃肿瘤 MIRNA SPONGE

过量人参皂苷对小鼠脑组织谷氨酸代谢的影响被引量：1: 2017年; 目的:探讨过量人参皂苷对小鼠脑组织中谷氨酸代谢的影响。方法:常规饲养昆明小鼠,按照最终浓度低(8 mg/kg)、中(40mg/kg)、高(200 mg/kg)剂量连续灌胃人参皂苷24天,记录小鼠体重变化。第25天颈脱臼处死小鼠,取出全脑匀浆后测定谷氨酸水平,谷氨酰胺酶活力。结果:各实验组与对照组相比,体重明显下降;低、中、高实验组谷氨酸水平分别高与对照组13.66%、21.67%、39.83%,其中中剂量组和高剂量组显著高于空白组(P<0.05);谷氨酰胺酶活力较对照组分别增高2.06%、2.91%、10.11%,高剂量与空白组差异显著,有统计学意义(P<0.05)。结论:高剂量人参皂苷能使神经系统兴奋,可能与增高谷氨酰胺酶活力、从而提高脑组织中谷氨酸含量有关。; 李明阳马春霞吴翰欣吴小海俞建昆; 关键词：人参皂苷谷氨酸谷氨酰胺酶

鼻咽癌组织中基因差异表达及蛋白互作网络分析被引量：1: 2018年; 目的:利用生物信息学方法从鼻咽癌组织基因芯片中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用。方法:利用R语言程序包等相关软件分析鼻咽癌组织和正常组织中差异表达的基因,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:从25例鼻咽癌组织样本和3例正常组织对照样本中共分析出1103个差异表达基因,包括600个上调基因和503个下调基因(P<0.05)。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程中显著富集,包括细胞分裂、DNA复制、G1/S有丝分裂细胞周期的转变和有丝分裂核分裂;在分子功能中,包括与蛋白质结合、与ATP结合、蛋白同二聚化活性、与DNA复制起点结合以及与受损的DNA结合;在细胞组分中,包括细胞质、核质、胞外体和船体中部。KEGG通路分析显示,差异表达基因在细胞周期、DNA复制、癌症途径、p53信号通路、错配修复、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、氨基糖和核苷酸糖代谢、基部切除修复和人T淋巴细胞病毒(HTLV-Ⅰ)感染等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高核心基因CDC45、MCM10、MCM3、MCM5、MCM2、CDC7、CDT1、CDC6、SMC2和NCAPG。结论:通过鼻咽癌组织和正常组织的对比筛选,发现多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。; 李明阳马春霞吴翰欣吴小海俞建昆; 关键词：鼻咽癌差异表达基因生物信息学蛋白质相互作用

复制状态下EB病毒对宿主细胞中ZEB1基因表达的影响: 2018年; 目的:探究EB病毒(EBV)在潜伏感染和裂解复制状态下对ZEB1、ZEB2、ZEB1-AS1基因表达的影响。方法:将EBV相关癌细胞系Raji、SNU-719、AGS分为实验组(TPA及Na B诱导EBV)和对照组(加入等体积DMSO),将稳定表达p LVshRNA-EGFP-EBVsponge的SNU-719细胞系设为sponge组,未经转染RNA sponge的SNU-719细胞系设为control组(2组细胞均使用TPA及Na B进行诱导),TPA及Na B处理48 h后提取细胞总RNA进行RT-PCR,从mRNA水平检测ZEB1、ZEB2及ZEB1-AS1基因的表达。结果:与对照组相比,EBV复制期间,在Raji、SNU-719、AGS细胞中ZEB1 mRNA表达量显著升高(P<0.05),ZEB1-AS1 mRNA的表达量仅在AGS细胞中显著降低(P<0.05),在SNU-719和AGS细胞中未检测到ZEB2的表达;稳定表达p LVshRNA-EGFPEBVsponge的SNU-719细胞比未转染RNA sponge的SNU-719细胞,ZEB1表达量明显降低(P<0.05)。结论:EBV依靠自身编码的miRNA在复制期间促进ZEB1的表达,同时也对ZEB1-AS1有抑制作用。; 李明阳马春霞陈香岭吴翰欣吴小海俞建昆; 关键词：EB病毒 MIRNA

酿酒酵母S288c的Rad53蛋白结构生物信息学分析: 2017年; 目的:分析Rad53基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列,利用软件推测其蛋白的二、三级结构和特征。方法:运用生物信息学相关软件对Rad53蛋白进行预测和分析,并了解其他蛋白与之相互作用关系。结果:酿酒酵母S288c的Rad53基因全长2466 bp,编码的蛋白含821个氨基酸残基,相对分子质量为12 928,是不稳定蛋白。Rad53蛋白包含3个功能域,即2个FHA功能域和1个S_TKc功能域。Rad53蛋白与DNA损伤有关,是一种中心效应蛋白激酶,与之相互作用的蛋白有MRC1、RFX1、MEC1、ASF1、DUN1、CLB5、RAD9、TEL1、CDC5和DBF4。结论:Rad53基因及蛋白的生物信息学分析为了解其他生物细胞周期进程以及肿瘤发生机制相关研究提供了重要的信息基础。; 杨筱舟杨渊李明阳马春霞陈元鼎; 关键词：蛋白生物信息学啤酒酵母

hsa-miR-22-3p和hsa-miR-671-5p靶标基因的预测及其与癌症患者生存率的相关性被引量：3: 2018年; 目的通过生物信息学方法预测在m6A去甲基化酶FTO敲低处理后,存在m6A修饰并显著下调的mi RNA(hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p)的靶标基因,并分析它们与癌症患者生存率的相关性。方法利用在线数据库寻找目标mi RNAs的靶基因,并通过基因功能(gene ontology,GO)和信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对这些靶基因的分子功能(molecular function,MF)、生物过程(biological processes,BP)、细胞组分(cell component,CC)定位以及参与的信号通路进行分析;通过蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心基因,并分析它们与癌症患者生存率之间的相关性。结果 hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p共有198个相同的靶标基因;GO分析结果表明,这些靶基因在生物过程中显著丰富,包括肌动蛋白细胞骨架组织、神经元干细胞群维持、对尼古丁的行为反应;对于分子功能,这些靶点富含锌离子结合、蛋白质结构域特异性结合、核心启动子序列特异性DNA结合;细胞成分定位分析还显示,这些靶标在高尔基体的早期内体,细胞连接和整体成分中显著丰富;KEGG通路分析显示,这些交叉基因靶点在非小细胞肺癌、癌症中的胆碱代谢和粘蛋白型聚糖生物合成途径中富集;基于网络的工具分析显示,hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p已经它们的核心靶标基因RHOU和UNC5B与肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)、肝癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)、肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、低级胶质瘤(low-grade gliomas,LGG)、胃癌(stomach adenocarcinoma,STAD)、卵巢癌(ovarian serous cystadenocarcinoma,OV)、肉瘤(sarcoma,SARC)、膀胱癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)、皮肤癌(skin cutaneous melanoma,SKCM)、乳头状肾细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)和乳腺癌(breast invasive carcinoma,BRCA)等11种癌症有关。结论当去甲基化酶FTO被敲低或处于低活动水�; 李明阳马春霞吴翰欣吴小海俞建昆马千里; 关键词：微小RNA 生物信息学分析癌症生存率

剪接因子SRSF7新mRNA剪接异构体在顺铂处理细胞中的变化: 2018年; 目的:探讨不同梯度浓度顺铂(CDDP)处理不同肺癌细胞后新发现的剪接因子SRSF7 m RNA异构体在同浓度CDDP处理后不同的细胞中的水平变化。方法:采用梯度浓度的CDDP处理肺癌细胞A549(8、18、24、32、40、48及56μmol/L)和H1299(12、24、36、48、60、72及84μmol/L),处理24 h后提取总RNA,进行RT-PCR检测SRSF7 m RNA剪接异构体,并选取NCBI中未确定的异构体进行TA克隆后测序并分析鉴定异构体类型;用56μmol/L的CDDP处理人胚肾细胞293FT,宫颈癌细胞Ca Ski、Si Ha、C33A细胞24 h,提取总RNA后验证新发现的SRSF7 m RNA剪切异构体是否存在这些细胞中。结果:发现3种新的SRSF7 m RNA剪接异构体(分别标记为New1、New2及New3),在肺癌细胞A549、H1299,人胚肾细胞293FT,宫颈癌细胞Ca Ski、Si Ha、C33A细胞等多种肿瘤细胞中均存在,根据NCBI的预测New1,New2,New3异构体均为非编码蛋白的m RNA异构体,随着处理CDDP浓度的增加,其比例明显上升;而编码蛋白的m RNA异构体a和(或)b所占比例明显下降;同时SRSF7的总m RNA水平逐渐降低。结论:新发现的3种非编码的m RNA异构体的变化揭示细胞可能通过SRSF7自身的m RNA选择性剪接来应对DNA损伤。; 马春霞陈香玲李明阳杨渊刘淑媛史荔俞建昆; 关键词：顺铂选择性剪接异构体

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