李明阳
- 作品数：22 被引量：20H指数：3
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- SRSF2基因的生物信息学分析与蛋白质预测
- 2017年
- 目的:分析富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子2(SRSF2)基因序列和表达产物的特征。方法:运用生物信息学相关软件分析和预测人类和小鼠SRSF2基因的同源区段、开放读框、启动子区域、转录因子结合位点、CpG岛分布情况,分析预测小鼠SRSF2基因蛋白产物的功能结构域以及与其他蛋白的相互作用。结果:人类和小鼠SRSF2基因共有3个同源区段、19个开放读框、4个相同的转录因子结合位点,2个基因的CpG岛各项参数基本一致;小鼠SRSF2蛋白会与至少10种其他蛋白因子发生相互作用。结论:SRSF2基因及其蛋白产物的生物信息学分析,为相关研究提供了重要的信息基础。
- 李明阳马春霞吴翰欣吴小海杨渊俞建昆
- 关键词：生物信息学蛋白质相互作用
- 过量人参皂苷对小鼠脑组织谷氨酸代谢的影响被引量：1
- 2017年
- 目的:探讨过量人参皂苷对小鼠脑组织中谷氨酸代谢的影响。方法:常规饲养昆明小鼠,按照最终浓度低(8 mg/kg)、中(40mg/kg)、高(200 mg/kg)剂量连续灌胃人参皂苷24天,记录小鼠体重变化。第25天颈脱臼处死小鼠,取出全脑匀浆后测定谷氨酸水平,谷氨酰胺酶活力。结果:各实验组与对照组相比,体重明显下降;低、中、高实验组谷氨酸水平分别高与对照组13.66%、21.67%、39.83%,其中中剂量组和高剂量组显著高于空白组(P<0.05);谷氨酰胺酶活力较对照组分别增高2.06%、2.91%、10.11%,高剂量与空白组差异显著,有统计学意义(P<0.05)。结论:高剂量人参皂苷能使神经系统兴奋,可能与增高谷氨酰胺酶活力、从而提高脑组织中谷氨酸含量有关。
- 李明阳马春霞吴翰欣吴小海俞建昆
- 关键词：人参皂苷谷氨酸谷氨酰胺酶
- 一种降低副产物dsRNA产量的体外转录体系
- 本发明属于生物技术领域，涉及一种降低副产物dsRNA产量的体外转录体系。采用本发明的体外转录缓冲液及体外转录体系，能够逆转体外转录效率与Mg<Sup>2+</Sup>离子的正相关性，使得在较低Mg<Sup>2+</Sup...
- 刘婧李明阳柳梦媛解云吴雅楠宋绍辉钏鸿云马雪峰廖国阳
- 梯度浓度顺铂处理对6种肿瘤细胞中CASP9的mRNA选择性剪接的影响被引量：3
- 2017年
- 目的:分析顺铂处理后多种肿瘤细胞中CASP9基因mRNA选择性剪接异构体的表达及其变化规律。方法:用梯度浓度的顺铂处理肺癌细胞(A549、H1299)、人胚肾细胞(293FT)、宫颈癌细胞(SiHa、CaSki、C33A)6种细胞,提取各细胞的总RNA,用半定量RT-PCR和琼脂糖凝胶电泳及胶图像分析软件检测分析CASP9基因mRNA异构体的组成及其比例和相对表达水平的变化。结果:6种细胞中,CASP9f∶r1引物检测到的CASP9a和c(NR-102732)两种异构体,但随着顺铂浓度的增加,两种异构体的比例在6种细胞中均无变化;而CASP9f∶r2引物可检测到的异构体CASP9a和b、a/b比例在A549、H1299、SiHa、C33A、Ca Ski中呈逐渐增加趋势,而在293FT细胞中则呈相反趋势;在A549顺铂抗性株中,顺铂处理前后CASP9a/b的比例显著差异变化明显减弱。结论:在顺铂处理下,检测的5种细胞中的Casp9是通过增加casp9a/b的比例来应对,仅293FT例外;顺铂抗性A549细胞株在顺铂处理后casp9a/b的比例比例与细胞凋亡和抗性有关,提示调节casp9a/b的比例是治疗癌症的可能的有效途径之一。
- 杨勤兴马春霞陆成龙杨艳波杨梦莉刘舒媛李明阳杨渊史荔俞建昆
- 关键词：顺铂细胞凋亡
- 顺铂处理下肺癌细胞中剪接因子SRSF2 mRNA异构体的变化被引量：3
- 2017年
- 目的:分析不同浓度顺铂(CDDP)处理后肺癌细胞中剪接因子2(SRSF2)mRNA异构体及蛋白水平的变化及机制。方法:分别使用8、16、24、32、40、48及56μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系A549和12、24、36、48、60、72及84μmol/L的CDDP处理肺癌细胞系H1299为实验组,同时设立实验组最高浓度CDDP浓度组等体积的DMSO处理的两种细胞的对照组;提取处理后细胞的总RNA,设计SRSF2基因不同的引物(F1∶R1,F2∶F2,F2∶R1),RT-PCR检测mRNA剪接异构体的变化;采用Western-blot检测不同浓度CDDP处理后A549细胞中SRSF2蛋白的表达。结果:在A549和H1299细胞中检测到了6种异构体(a、b、c、d、e、f),且随着处理CDDP浓度的增加,非编码蛋白的mRNA异构体的比例明显上升,主要是Isoform-b和Isoform-e的上升;而编码蛋白的mRNA异构体所占比例明显下降,主要是Isoform-d的下降;同时处理后两种细胞SRSF2的总mRNA水平也逐渐降低,但SRSF2蛋白水平则逐渐升高。结论:在CDDP处理的肺癌细胞A549和H1299中,SRSF2蛋白水平被上调,这种上调可能被SRSF2通过向自身mRNA选择性剪接上调非编码蛋白和下调编码蛋白的mRNA异构体的转录水平来调节。
- 马春霞杨梦莉陈香玲李明阳杨渊刘淑媛史荔俞建昆
- 关键词：顺铂
- 小鼠Bcl2a1a蛋白的生物信息学预测分析
- 2018年
- 目的:分析小鼠Bcl2a1a全长基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用软件预测其蛋白的二、三级结构与特征。方法:运用生物信息学相关软件分析和预测人类BCL2A1和小鼠Bcl2a1a基因的同源区段,预测小鼠Bcl2a1a基因的启动子区域及蛋白跨膜区域与信号肽;利用软件模拟生成蛋白三级结构图像,并了解小鼠Bcl2a1a蛋白与其他蛋白的相互作用关系。结果:小鼠Bcl2a1a基因全长5497 bp,编码的蛋白含有172个氨基酸残基,相对分子质量为460 087.23,属于不稳定的疏水性蛋白。小鼠Bcl2a1a基因与人类BCL2A1基因的同源区域在≥200 bp的位置。2个软件预测的小鼠Bcl2a1a基因启动子最可能在3439～3543 bp和4600 bp,但由于没有预测到CpG岛存在,所以结果准确率较低。小鼠Bcl2a1a蛋白无跨膜结构域,无信号肽;在二级结构预测中,α螺旋为Bcl2a1a蛋白的主要折叠形式;该蛋白仅含有1个BCL结构域,且与Bbc3、Apaf1、Bcl2l2、Trp53、Bak1、Bid、Nfkb1、Jun、Rel、Rela等蛋白形成相互作用网络。结论:Bcl2a1a基因及蛋白的生物信息学分析为相关研究奠定了重要的信息基础。
- 杨筱舟杨渊李明阳马春霞陈元鼎
- 关键词：蛋白质构象生物信息学
- 一种检测Poly A尾长度的方法及其应用
- 本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种检测Poly A尾长度的方法及其应用。双端修饰的核酸接头，其5’端为磷酸基团修饰，3’端为间臂类修饰的一种。使用本发明的核酸接头，能够检测到不同长度和结构的mRNA的Poly A...
- 解云李明阳柳梦媛刘婧吴雅楠宋绍辉钏鸿云马雪峰廖国阳
- 鼻咽癌组织中基因差异表达及蛋白互作网络分析被引量：1
- 2018年
- 目的:利用生物信息学方法从鼻咽癌组织基因芯片中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用。方法:利用R语言程序包等相关软件分析鼻咽癌组织和正常组织中差异表达的基因,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:从25例鼻咽癌组织样本和3例正常组织对照样本中共分析出1103个差异表达基因,包括600个上调基因和503个下调基因(P<0.05)。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程中显著富集,包括细胞分裂、DNA复制、G1/S有丝分裂细胞周期的转变和有丝分裂核分裂;在分子功能中,包括与蛋白质结合、与ATP结合、蛋白同二聚化活性、与DNA复制起点结合以及与受损的DNA结合;在细胞组分中,包括细胞质、核质、胞外体和船体中部。KEGG通路分析显示,差异表达基因在细胞周期、DNA复制、癌症途径、p53信号通路、错配修复、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、氨基糖和核苷酸糖代谢、基部切除修复和人T淋巴细胞病毒(HTLV-Ⅰ)感染等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高核心基因CDC45、MCM10、MCM3、MCM5、MCM2、CDC7、CDT1、CDC6、SMC2和NCAPG。结论:通过鼻咽癌组织和正常组织的对比筛选,发现多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。
- 李明阳马春霞吴翰欣吴小海俞建昆
- 关键词：鼻咽癌差异表达基因生物信息学蛋白质相互作用
- 复制状态下EB病毒对宿主细胞中ZEB1基因表达的影响
- 2018年
- 目的:探究EB病毒(EBV)在潜伏感染和裂解复制状态下对ZEB1、ZEB2、ZEB1-AS1基因表达的影响。方法:将EBV相关癌细胞系Raji、SNU-719、AGS分为实验组(TPA及Na B诱导EBV)和对照组(加入等体积DMSO),将稳定表达p LVshRNA-EGFP-EBVsponge的SNU-719细胞系设为sponge组,未经转染RNA sponge的SNU-719细胞系设为control组(2组细胞均使用TPA及Na B进行诱导),TPA及Na B处理48 h后提取细胞总RNA进行RT-PCR,从mRNA水平检测ZEB1、ZEB2及ZEB1-AS1基因的表达。结果:与对照组相比,EBV复制期间,在Raji、SNU-719、AGS细胞中ZEB1 mRNA表达量显著升高(P<0.05),ZEB1-AS1 mRNA的表达量仅在AGS细胞中显著降低(P<0.05),在SNU-719和AGS细胞中未检测到ZEB2的表达;稳定表达p LVshRNA-EGFPEBVsponge的SNU-719细胞比未转染RNA sponge的SNU-719细胞,ZEB1表达量明显降低(P<0.05)。结论:EBV依靠自身编码的miRNA在复制期间促进ZEB1的表达,同时也对ZEB1-AS1有抑制作用。
- 李明阳马春霞陈香岭吴翰欣吴小海俞建昆
- 关键词：EB病毒MIRNA
- 一种检测Poly A尾长度的方法及其应用
- 本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种检测Poly A尾长度的方法及其应用。双端修饰的核酸接头，其5’端为磷酸基团修饰，3’端为间臂类修饰的一种。使用本发明的核酸接头，能够检测到不同长度和结构的mRNA的Poly A...
- 解云李明阳柳梦媛刘婧吴雅楠宋绍辉钏鸿云马雪峰廖国阳
