沈文龙
- 作品数：9 被引量：14H指数：2
- 供职机构：军事医学科学院生物工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 单染色体靶向富集方法的建立
- 2016年
- 靶向富集技术具有良好的均一性、特异性和灵敏性,只需较低的测序覆盖度即可满足后续的分析。该技术被广泛应用于特定位点重测序和染色体构象等研究。为了靶向富集测序文库中特定的染色体DNA片段,本研究以21号染色体为例,采用人胚肝二倍体细胞CCC-HEL-1建立了一种单染色体靶向富集方法。具体步骤如下:(1)首先将人正常核型二倍体细胞同步化到G2/M期,制备染色体悬液;然后流式分选出21号单染色体。(2)采用多重退火环形扩增技术(MALBAC)对21号染色体DNA进行扩增;用扩增的DNA产物构建文库。(3)利用体外转录合成、生物素标记的RNA探针与文库进行液相杂交,捕获并验证捕获效率。荧光定量PCR检测结果证明,特定的21号染色体呈上百倍的富集,而靶标文库则富集了近60倍。结果提示,特异单染色体靶向富集方法成功建立。该法不仅可实现任一单染色体的靶向富集,用于单条染色体功能组学研究,而且还可能用于查找特定疾病相关的染色体异常(如DNA突变、异位、重复及倒置等),具有一定的实用意义。
- 谢德健张田甜师明磊张彦沈文龙叶丙雨李平何超张香媛赵志虎
- 关键词：高通量测序单染色体
- 利用翻译偶联实现广谱抗病毒蛋白在大肠杆菌中的可溶性表达被引量：1
- 2015年
- 目的以具有广泛助溶活性的小泛素相关修饰蛋白(small ubiquitin-related modifier,SUMO)为辅助蛋白,利用翻译偶联,构建一种新型非融合可溶原核表达载体,实现广谱抗病毒蛋白RA在大肠杆菌中的非融合可溶表达。方法以PCR方法从酵母基因组中克隆SUMO蛋白基因smt3并进行定点突变,去除其中的EcoRⅠ酶切位点,获得同义突变体m SUMO。通过翻译偶联Linker序列的设计、合成,构建以m SUMO蛋白为辅助蛋白的翻译偶联表达载体p TIG-m SUMO。PCR扩增获得带有相应酶切位点的广谱抗病毒蛋白RA的基因,将其克隆至p TIG-m SUMO中,获得表达载体p TIG-m SUMO/RA,实现RA在大肠杆菌中的非融合可溶性表达。结果 IPTG诱导蛋白表达以后,SDSPAGE和Western印迹检测证实,目的蛋白RA的表达量明显增加,且可溶比例约占50%。结论以优化后的SUMO为辅助蛋白,成功构建了一种非融合的可溶原核表达载体p TIG-m SUMO,实现了RA蛋白在大肠杆菌中的高效非融合可溶表达,既提高了表达水平,也提高了可溶性。p TIG-m SUMO作为一种可溶的非融合表达载体,在实现外源蛋白的高效可溶表达方面,很可能具有一定的普遍性。
- 邢伶越谢德健叶丙雨张章李平沈文龙师明磊张彦赵志虎
- 关键词：可溶性非融合
- 一种构建Hi-C高通量测序文库的方法
- 本发明公开了构建Hi‑C高通量测序文库的方法。本发明所提供的方法，具体可为方法一，依次包括如下步骤：(1)取解交联后的DNA，进行纯化和富集；(2)进行转座反应；(3)进行PCR扩增，获得文库。本发明所提供的方法，具体可...
- 赵志虎沈文龙叶丙雨何超
- 预防和治疗辐射损伤的蛋白CAA′及其应用
- 本发明公开了一种预防和治疗辐射损伤的蛋白CAA′及其应用。本发明提供了一种环化蛋白(命名为蛋白CAA′)，是如下(a1)或(a2)或(a3)或(a4)：(a1)序列7自N末端第11至305位氨基酸残基组成的环化蛋白；(a...
- 赵志虎叶丙雨王洋沈文龙师明磊张彦何彰华王政
- 文献传递
- 核基质附着区广泛参与基因组三维结构折叠的生物信息学分析被引量：1
- 2017年
- 在细胞分裂间期,每条染色质都占据着特定的染色质领域(chromosome territory,CT)。每个CT领域内进一步分成不同的拓扑学相关区域(topological associated domain,TAD),每个TAD又由若干子TAD(sub-TAD)构成。不同的TAD相互聚集,形成基因活跃表达和不表达的A、B两种组份或区室(compartment)。然而,目前对于染色质折叠方式及维持机制的研究尚无定论。核基质附着区(matrix attachment regions,MARs)是在不同物种基因组中广泛存在的一类富含AT序列的与核基质结合的DNA元件,能够通过与CTCF、SATB1等调控蛋白质相互作用,对远距离的基因表达进行调控。本研究以染色质三维结构为背景,通过整合染色质三维结构及组蛋白修饰等组学数据,对MARs元件与染色质三维结构的关系进行研究,对MARs元件参与形成的相互作用网络的结构及功能进行探索。结果发现,MARs元件与染色质三维结构高度相关,而且在高强度相互作用中占据较大的比例,提示MARs元件在染色质折叠方面发挥作用。此外,通过拓扑结构聚类分析还首次揭示,MARs元件分为不同类型,包括维持染色质领域及空间构象等的结构单元部分,以及调控基因表达等的功能单元部分。这表明,MARs元件在基因组三维高级结构的建立、维持以及功能等方面发挥重要作用。
- 何超李平张彦师明磊张香媛谢德建沈文龙赵志虎
- 关键词：核基质附着区生物信息学
- NADH依赖型酶活性检测方法的建立被引量：2
- 2012年
- 目的:建立一种NADH依赖型酶活性检测的方法。方法:将FDH、LeuDH串联克隆到表达载体pET-22b(+)中,转化至E.coli,并向培养液中分别添加去离子水、甲酸胺、三甲基丙酮酸,反应一段时间后,检测NADH的吸光度。同时通过测定氨气的产生判断FDH活性;通过薄层层析检测判断LeuDH活性;比较NADH吸光度测定结果与常规方法结果是否一致。结果:通过测定氨气的产生,证明FDH具有活性;此时NADH吸光度上升亦说明FDH具有活性;两种方法结论一致。薄层层析检测,生成叔亮氨酸,证明LeuDH具有活性;此时NADH吸光度下降亦说明LeuDH具有活性;两种方法结论一致。结论:通过检测菌体内部NADH吸光度的变化检测NADH依赖型酶活性的方法可行。
- 肖丽霞师明磊王洋张彦沈文龙李德彬赵玉军赵志虎
- 关键词：FDHNADH
- 一种构建Hi‑C高通量测序文库的方法
- 本发明公开了构建Hi‑C高通量测序文库的方法。本发明所提供的方法，具体可为方法一，依次包括如下步骤：(1)取解交联后的DNA，进行纯化和富集；(2)进行转座反应；(3)进行PCR扩增，获得文库。本发明所提供的方法，具体可...
- 叶丙雨何超赵志虎沈文龙
- 文献传递
- 全基因组染色质相互作用Hi-C文库制备的优化及其质量控制被引量：8
- 2017年
- Hi-C(highest-throughput chromosome conformation capture)技术是近年出现的一种研究染色质相互作用的关键技术。该技术步骤多、耗时长,涉及的试剂耗材繁杂,目前常规流程还有较多可以改进优化的步骤。本研究以GM12878细胞为材料,通过优化常规Hi-C实验中的交联、酶切、限制性内切酶的失活、末端生物素标记、原位连接等关键步骤,建立了稳健的Hi-C流程,制备了相应的Hi-C文库。文库经初步的Sanger测序等质量控制以后,两个生物学重复文库进行了高通量测序。测序结果利用生物信息学处理发现:原始测序数据中可比对率和配对率分别达到90%和72%左右。此外,去除自连片段(self-circular ligation)和dangling-ends片段以后,可获得超过96%的有效相互作用对,其中染色体内相互作用数据达到60%。进一步的染色体相互作用热图分析可见清晰拓扑学相关结构域TADs(topologically associated domains),与已发表的文献报道一致。而两次生物学重复之间的相关性分析则表明bin coverage和all bin pairs的相关性都极强。上述结果表明通过对常规Hi-C流程关键步骤的优化,本研究建立了高效、稳健、可靠的Hi-C流程,对Hi-C技术的进一步使用与推广具有重要的参考价值。
- 张香媛何超叶丙雨叶丙雨师明磊师明磊张彦沈文龙李平
- 关键词：高通量测序
- 利用CRISPR/Cas9技术构建CTCF蛋白降解细胞系被引量：4
- 2016年
- CTCF是脊椎动物关键的绝缘子蛋白,在细胞生命过程中发挥重要作用,敲除CTCF基因会导致小鼠胚胎死亡。为进一步探讨CTCF的功能,本文利用CRISPR/Cas9介导的同源重组,在内源性CTCF表达框上游敲入一个有丝分裂期降解结构域(Mitosis-special degradation domain,MD),该结构域可以带动CTCF融合蛋白在M期降解。作为对照,将MD结构域的第42位的精氨酸突变为丙氨酸,形成无降解活性的MD*,可使MD*-CTCF融合蛋白始终稳定存在。将嘌呤霉素与融合蛋白同时表达,即可利用抗生素筛选,高效地筛选到纯合克隆。利用蛋白印迹技术和免疫荧光检测3种细胞在不同细胞周期的CTCF蛋白变化情况,发现MD-CTCF细胞系CTCF蛋白含量约为野生型细胞的10%,MD*-CTCF细胞系的CTCF含量与野生型没有显著差别;通过流式细胞术观测降解CTCF对细胞的影响,发现MD-CTCF细胞系G1期明显延长。总之,利用CRISPR/Cas9技术在CTCF表达框上游高效地插入MD,首个CTCF特异性降解的人类细胞系获得成功构建。
- 谢德健师明磊张彦王天艺沈文龙叶丙雨李平何超张香媛赵志虎
- 关键词：CTCF蛋白质稳定性蛋白降解
