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分子动力学模拟残基突变对芳香烃受体配体结合区的影响被引量：1: 2017年; 芳香烃受体(Aryl hydrocarbon receptor,AhR)属于配体依赖性的转录因子蛋白。本文通过对AhR配体结合区域(Ligand binding domain,LBD)的结构功能及物种特异性分析,发现在其结合腔口有一些关键残基可能起到"门控"作用,进一步将野生型(WT)和3个突变模型(Phe289Ala、Tyr316Ala、Ile319Ala)进行分子动力学模拟,从蛋白稳定性、蛋白结构变化、蛋白结合腔变化及蛋白和配体结合能力4个方面分析3个残基的门控作用。研究发现,Phe289、Tyr316、Ile319氨基酸残基通过形成疏水作用为AhR LBD起到"门控"作用;而将这些氨基酸分别突变后,其蛋白稳定性降低,整体运动性增加,配体亲和力减弱,其中Tyr316、Ile319对腔内体积影响较大,Phe289使腔内环境稳定性降低。本研究可为基于芳香烃受体的药物设计提供相关理论指导。; 康文渊徐锡明郭建秀田菲菲; 关键词：分子模拟分子动力学突变芳香烃受体

阿霉素诱导下的肝癌细胞HepG2中微小RNA差异表达分析: 2016年; 旨在研究阿霉素诱导引起的DNA损伤压力下,肝癌细胞Hep G2中参与DNA损伤应答的mi RNA,并分析这些mi RNA靶基因参与肝癌DNA损伤应答相关的生物学进程与通路。通过小RNA测序检测阿霉素处理肝癌细胞Hep G2前后mi RNA的差异表达情况,使用GO与KEGG通路富集方法对差异表达mi RNA靶基因进行功能富集分析。结果显示,共检测出显著表达差异mi RNA 68个,其中上调13个,下调55个。mi RNA靶基因的功能分析结果显示,53条mi RNAs靶基因显著富集于调控细胞增殖、细胞凋亡、细胞迁移和细胞周期等与DNA损伤应答以及肿瘤相关的生物进程和信号通路,包括p53信号通路、癌症通路、Wnt信号通路和MAPK信号通路等。研究表明,在阿霉素诱导下,Hep G2中的差异表达mi RNAs与DNA损伤相关的肿瘤生物学进程以及信号通路显著相关,预示这些mi RNAs在阿霉素引发的肝细胞癌DNA损伤应答中起着重要的作用。; 杨亚蓝郭志云丁若凡茆灿泉郭建秀熊莉丽; 关键词：阿霉素 DNA损伤 RNAS

铁皮石斛泛素结合酶DoUBC9的克隆鉴定与表达分析被引量：1: 2019年; 目的:本研究旨在探讨泛素结合酶UBC9在铁皮石斛原球茎发育过程中的分子机制,方法:利用生物信息学手段,从已获得的铁皮石斛基因组中鉴定出UBC9基因,命名为DoUBC9,并利用RACE技术,克隆出DoUBC9 3’端,通过与基因组序列拼接,获得完整序列。结果:本研究首次从铁皮石斛基因组中运用生物信息学的方法,鉴定出DoUBC9,并通过RACE技术克隆后拼接,得到完整的DoUBC9,基因全长为7176bp,CDS长为447bp,共编码148个氨基酸。亚细胞定位预测结果表明,DoUBC9大概率分布于分泌囊泡和质膜上。序列比对和进化树分析表明,铁皮石斛Do UBC9和其他物种中的UBC9拥有高度保守的UBCc结构域,进化关系高度保守。qRT-PCR分析表明,在不同组织部位中,DoUBC9在愈伤组织中的表达量最高、叶中表达量最小;在原球茎发育过程中,在P1时期具有最高表达量,其他各时期表达量较小,表明该基因可能促进了植物体的细胞快速分裂与生长。结论:通过分子建模方式,首次构建出DoUBC9蛋白的基本模型,并通过不同的评价方式确定了以人泛素结合酶E2 H结构(2Z5D)为模板的为最优模型。; 马凌晖欧景丹刘荣荣胡睿王万军郭建秀; 关键词：铁皮石斛基因克隆

铁皮石斛DoTIFY基因家族全基因组鉴定及在原球茎发育过程中的表达被引量：1: 2021年; 在铁皮石斛基因组数据中共鉴定出20个铁皮石斛TIFY(DoTIFY)基因。根据铁皮石斛、拟南芥、水稻、向日葵、陆地棉中TIFY的系统发育分析,将DoTFY分为4类:JAZ、PPD、ZIM和TIFY。铁皮石斛原球茎发育5个时期的转录组分析表明,有11个DoTIFY基因有差异性表达,表明这些基因可能参与调控铁皮石斛原球茎的发育。进一步对其中4个DoTIFY基因qPCR分析,DoJAZ3、8、5和DoJAZ6的表达水平在铁皮石斛原球茎生长发育的P1~P7时期显著增加,表明它们可能在P1~P7时期中起作用。研究结果为进一步研究铁皮石斛原球茎发育调控机制和相关的育种改良提供重要参考。; 胡睿郭建秀郭小强陈凤颖王万军; 关键词：铁皮石斛生物信息学分析 RNA-SEQ

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郭建秀