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王国洋
作品数:
2
被引量:2
H指数:1
供职机构:
上海交通大学
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发文基金:
上海市国际科技合作基金
国家自然科学基金
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相关领域:
医药卫生
生物学
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合作作者
王景
上海交通大学
赵立平
上海交通大学
张梦晖
上海交通大学
张晓君
上海交通大学
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机构
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作者
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王国洋
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张梦晖
1篇
赵立平
1篇
王景
传媒
1篇
中国微生态学...
年份
2篇
2013
共
2
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基于16SrRNA基因可变区454焦磷酸测序序列分析的方法学研究
16S rRNA是细菌核糖体的组成部分,以其功能稳定、含量丰富、易于提取等特性而被广泛应用于微生物生态学。454焦磷酸测序技术是新一代测序技术,以其速度快、测序成本相对较低、数据量大等特点而成为16S rRNA基因相关研...
王国洋
关键词:
物种鉴定
文献传递
16S rRNA基因两个可变区对反映肠道菌群多样性与物种鉴定能力的比较分析
被引量:2
2013年
目的目前基于新一代测序技术开展的人类肠道元基因组学研究已成为微生物学乃至整个生物学中最活跃和最有潜力的学科方向。现阶段绝大部分以肠道菌群为靶标的研究主要基于16S rRNA基因可变区测序。本研究关注的是测序技术发展使得序列的读长能力延长后,选择16S rRNA基因V1-V3区与V3-V5区进行测序所反映的多样性与物种组成信息的异同点。方法以两个真实的16S rRNA基因全长Sanger测序数据为基础,对其中的V1-V3和V3-V5两种片段进行了模拟数据的分析,将它们分别与16S rRNA基因的全长片段在OTU多样性水平和物种组成信息方面进行比较。结果结果显示V1-V3区在OTU多样性上较V3-V5区更为接近全长序列;在物种组成表现上,两个可变区鉴定出的大部分的属的丰度与全长序列分析结果一致,但是各自有少数属的丰度结果与全长序列丰度结果存在差异。结论在多样性分析上,选择V1-V3区片段能得到与全长更为接近的结果;而具体到菌种的组成分析中,V1-V3区和V3-V5区都有其局限性。
王国洋
王景
赵立平
张晓君
张梦晖
关键词:
RRNA基因
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