王景
- 作品数：4 被引量：8H指数：2
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市国际科技合作基金更多>>
- 相关领域：生物学天文地球医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 16S rRNA基因二代测序中的测序深度与测序错误对微生物群落多样性分析的影响
- 16S rRNA全长约为1540nt,存在于所有细菌的核糖体中。因其结构与功能的高度保守性,在微生物生态学研究中,常通过高通量测序对其基因片段进行测定,根据测序序列相似度的高低来反映微生物亲缘关系的远近,根据序列的出现次...
- 王景
- 关键词：微生物生态学
- 文献传递
- 惰性的类腐殖质溶解有机质在能量匮乏的海洋沉积物中支持深部微生物群落
- 2023年
- 海洋沉积物孔隙水中溶解有机质(Dissolved organic matter,DOM)的主要组成部分是类腐殖质DOM,通常被认为是惰性的.然而,针对自然环境中类腐殖质DOM的生物活性的研究非常有限,这使得我们对其在支持深部生命和调节长时间尺度碳循环中发挥的作用的认知尚不明确.本研究从富营养的珠江口到寡营养的南海北部海盆采集了5根沉积物重力柱,通过模拟其中类腐殖质DOM的反应速率,分析其与微生物群落的相关性,来评估类腐殖质DOM的生物活性.研究发现,近岸与深海沉积物中类腐殖质DOM与微生物的相互作用关系存在明显的差异.在有机质丰富的近岸沉积物中,一些在深层沉积物中富集的微生物类群与类腐殖质DOM相关,然而大部分的微生物类群与类蛋白质DOM高度相关.微生物参与的类蛋白质DOM的转化可能导致类腐殖质DOM的产生.然而在有机质匮乏的深海沉积物中,超过70%的微生物类群与类腐殖质DOM紧密相关,并且类腐殖质DOM在深层沉积物中被净消耗.深海沉积物中,微生物对类腐殖质DOM的消耗使得表层约5m的沉积物中类腐殖质DOM的产生通量只有近岸沉积物的十分之一,显著降低了深海沉积物向海水扩散惰性DOM的通量,从而影响长时间尺度的海洋碳循环.
- 陈云如隋维康王景何丁董良Joanna J.WANIEK王风平
- 关键词：海洋沉积物微生物转化
- 16S rRNA基因两个可变区对反映肠道菌群多样性与物种鉴定能力的比较分析被引量：2
- 2013年
- 目的目前基于新一代测序技术开展的人类肠道元基因组学研究已成为微生物学乃至整个生物学中最活跃和最有潜力的学科方向。现阶段绝大部分以肠道菌群为靶标的研究主要基于16S rRNA基因可变区测序。本研究关注的是测序技术发展使得序列的读长能力延长后,选择16S rRNA基因V1-V3区与V3-V5区进行测序所反映的多样性与物种组成信息的异同点。方法以两个真实的16S rRNA基因全长Sanger测序数据为基础,对其中的V1-V3和V3-V5两种片段进行了模拟数据的分析,将它们分别与16S rRNA基因的全长片段在OTU多样性水平和物种组成信息方面进行比较。结果结果显示V1-V3区在OTU多样性上较V3-V5区更为接近全长序列;在物种组成表现上,两个可变区鉴定出的大部分的属的丰度与全长序列分析结果一致,但是各自有少数属的丰度结果与全长序列丰度结果存在差异。结论在多样性分析上,选择V1-V3区片段能得到与全长更为接近的结果;而具体到菌种的组成分析中,V1-V3区和V3-V5区都有其局限性。
- 王国洋王景赵立平张晓君张梦晖
- 关键词：RRNA基因
- 大数据时代的深渊微生物研究
- 2023年
- 近年来,我国载人、无人深潜技术和深海装备领域的重大突破,使得大范围、系统性地获得深渊沉积物和水体样本成为了可能。以测序技术为代表的多组学技术的大力发展,以及人工智能在生命科学领域的前沿探索,使得深渊微生物的研究迎来了大样本量、大数据量、多数据类型和多学科交叉的大数据时代。充分利用大数据所提供的优势解析深渊微生物所涉及的生物学和生态学科学问题,并进一步通过微生物大数据为海洋学和地球科学提供新的线索,是新时代所面临的关键机遇与挑战。该文对深渊微生物研究的历程与现状进行了小结,并通过对标国际人类微生物组、地球微生物组以及Tara Oceans计划等其他先行的微生物大数据研究范例,对大数据时代开展深渊微生物研究的新思路和新范式进行了梳理和展望。
- 王景赵维殳肖湘
- 关键词：大数据
