李华云
- 作品数：6 被引量：19H指数：3
- 供职机构：中央民族大学生命与环境科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市大学生科学研究与创业行动计划国家大学生创新性实验计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学电子电信更多>>
- 蒙古沙冬青miRNA的鉴定及与新疆沙冬青的比较转录组学分析
- 基于前期蒙古沙冬青转录组和基因组测序基础,通过小RNA 测序鉴定了分属于34 个家族的166 个保守miRNA、53 个保守性较差或不保守的miRNA、100多个潜在的新miRNA,以及其前体。降解组测序确定了这些miR...
- 高飞王宁李华云付晨熙肖自华韦春香冯金朝周宜君
- 关键词：MIRNA
- 蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测被引量：1
- 2014年
- 蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）是生长在荒漠中的木本植物,对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性,是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。MicroRNA（miRNA）是一类长度约为21个核苷酸的内源性非编码小分子RNA,在植物生长发育和逆境应答等生物学过程中发挥着重要的调控作用。目前,许多植物物种的miRNAs已经获得鉴定,但未见蒙古沙冬青miRNAs的相关报道。文章应用高通量测序和生物信息学分析方法对蒙古沙冬青幼苗保守miRNAs的类型、表达丰度以及靶基因进行了分析和预测。共鉴定了10个家族的19种保守miRNAs,其表达丰度介于55~1920269个拷贝之间。通过在线软件psRNATarget预测了其中14个保守miRNAs的靶基因。对于这些靶基因的功能分析表明,蒙古沙冬青的保守 miRNA 主要通过转录调控、激素信号途径、物质代谢和胁迫应答等生物学过程参与植物生长发育和环境响应。
- 高飞孙鹏陈静李章磊张孜宸李华云王宁周宜君
- 关键词：MICRORNAS高通量测序
- 黄芪miRNA的预测及其干旱表达模式分析被引量：7
- 2017年
- 目的利用生物信息学手段预测黄芪Astragalus membranaceus的miRNA及其靶基因,应用定量PCR分析其干旱胁迫表达模式,为黄芪miRNA研究奠定基础。方法下载公共核酸数据库中的黄芪高通量测序序列,使用Trinity软件拼接获得转录本数据。利用生物信息学预测方法进行黄芪miRNA及其靶基因的预测,并对靶基因进行功能分类分析。利用茎环引物荧光定量PCR方法验证miRNA的存在,并分析miRNA在干旱胁迫下的表达模式。结果序列拼接获得88 263条黄芪转录组数据。使用这些数据预测到分属于17个家族的17个miRNA序列以及相应的茎环结构前体。这些miRNA靶向的145个基因主要参与基因转录调控、物质代谢、信号转导、胁迫应答和蛋白翻译后修饰等生物学过程。随机选取8个miRNA进行茎环引物荧光定量PCR验证,其干旱逆境表达模式分析表明miR2118和miR166可能参与了黄芪的干旱胁迫应答。结论预测的黄芪miRNA、靶基因以及干旱应答miRNA,为理解miRNA在黄芪中的生物学功能提供了重要数据。
- 韦春香肖自华黄曦李华云高飞周宜君
- 关键词：MIRNA生物信息学定量PCR干旱胁迫
- 蒙古沙冬青AmDREB2.1基因的克隆及表达分析被引量：7
- 2015年
- 基于已建立的蒙古沙冬青[Ammopiptanthus mongolicus(Masxim.)Cheng f.]根的转录本数据库,分离到1个编码DREB类转录因子基因,命名为AmDREB2.1。该序列全长978 bp,包括531 bp的开放阅读框(ORF),编码176个氨基酸,具有典型的DREB转录因子保守的AP2结构域。实时荧光定量PCR分析表明,该基因能在根、叶中表达,但对干旱、低温响应不同,AmDREB2.1主要参与根的干旱胁迫应答。
- 李章磊高飞曹玉震张至玮王宁李华云周宜君
- 甘草microRNA及其靶基因的生物信息学预测被引量：5
- 2016年
- 目的利用生物信息学手段预测甘草Glycyrrhiza uralensis的micro RNA(mi RNA),并实验验证其存在,确定相应的靶基因,为理解甘草mi RNA的生物学功能奠定基础。方法下载公共核酸数据库中的甘草高通量测序序列和表达序列、标签序列,使用Trinity和Assembler等软件拼接以获得转录本数据。基于mi RNA前体序列在植物物种间的保守性,将mi RBase数据库中的已知植物mi RNA前体与甘草转录组序列进行Blast比对,按照mi RNA前体应具备的标准进行筛选。通过stem-loop q RT-PCR实验验证mi RNA。使用ps RNATarget软件进行mi RNA的靶基因预测,并对靶基因进行功能分析。结果序列拼接获得88 263条甘草转录组数据。使用这些数据预测到分属于17个家族的49个mi RNA序列,以及相应的30个茎环结构前体,随机选取其中12个,经实验验证,确实存在。这些mi RNA靶向的172个基因主要参与基因转录调控、信号转导、发育调控和防御反应等生物学过程。结论新预测的甘草mi RNA及其靶基因为进一步研究mi RNA在甘草中的生物学功能奠定了基础。
- 李华云王宁韦春香张彤付晨熙高飞周宜君
- 关键词：甘草MIRNA靶基因生物信息学转录组
- 盐芥TsGPX3基因的克隆、亚细胞定位与原核表达被引量：2
- 2016年
- 以盐芥(Thellungiella salsuginea)为材料,获得TsGPX3的cDNA全长序列,其开放阅读框(ORF)序列长591bp,编码196个氨基酸,具有GPXs家族的3个保守的特征结构域。系统进化分析显示,TsGPX3与同属于十字花科的萝卜RsGPX3、油菜BnGPX3和花椰菜BoGPX3等具有较高的同源性。构建植物表达载体pRTL2-TsGPX3-GFP,利用PEG转化拟南芥原生质体细胞进行瞬时表达,发现TsGPX3蛋白主要定位在细胞膜上。构建原核表达载体pET-TsGPX3,采用不同浓度IPTG对转入E.coliBL21(DE3)的pET-TsGPX3进行诱导表达,获得了分子量约为27kD的蛋白,该蛋白在37℃、诱导培养5h时可获得较高的表达量。
- 王宁陈静高飞李华云隋欣周宜君
- 关键词：盐芥亚细胞定位原核表达
