焦杰
- 作品数：10 被引量：25H指数：3
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- 南京地区9515例宫颈细胞HPV基因分型结果分析
- 焦杰俞杨邬兰张秀梅杜同信王峰王自正
- 乙型肝炎病毒耐药突变对病毒表面抗原编码区的影响被引量：7
- 2013年
- 目的在接受核苷(酸)类似物治疗的慢性乙型肝炎患者中,分析乙肝病毒(HBV)耐药突变对乙肝病毒表面抗原的影响,为深入研究这些突变的生物学意义奠定基础。方法采集用核苷(酸)类似物进行抗病毒治疗的653例慢性乙型肝炎患者的血浆标本,提取HBV基因组DNA,对涉及耐药突变位点并且和表面抗原基因在基因组结构中完全重叠的逆转录酶结构域进行PCR扩增和DNA测序,根据NCBI中的乙型肝炎病毒参考序列分析这些耐药突变位点对表面抗原氨基酸突变的影响。结果 653例标本中,逆转录酶结构域rtV173L、rtA181T、rtA181V、rtT184G、rtS202I、rtM204V和rtM204I的突变分别可以导致表面抗原氨基酸位点改变:E164D、172W突变为终止密码子、L173F、L176V、V194F、I195M和W196L以及W196L/S的突变,rtL180M和rtS202G未造成表面抗原的改变。结论乙型肝炎病毒耐药突变可导致表面抗原多个氨基酸位点的改变。
- 俞杨邬兰焦杰颜宁杜同信王自正
- 关键词：核苷类似物表面抗原基因突变
- 乙型肝炎病毒基因组中罕见大片段缺失突变的分析
- 2013年
- 目的对来源于一例慢性乙型肝炎患者的包含罕见大片段缺失的乙肝病毒(HBV)全基因组进行序列分析。方法提取乙肝病毒基因组DNA,扩增全长基因组,通过单克隆化分析不同准种中大片段缺失的位点和长度;将包含两段缺失突变的片段分别进行扩增,通过扩增产物的序列分析验证准种分析的结果。结果该标本的HBV基因组中的确存在超过1.4kb的大片段缺失突变,其中P基因上存在nt2449～489的1256 bp的缺失突变,C基因上存在大约nt2088～2298的209 bp的缺失突变。结论该患者HBV基因组中存在罕见大片段缺失突变。
- 俞杨邬兰焦杰杜同信王自正颜宁
- 关键词：乙型肝炎病毒缺失突变慢性乙型肝炎
- 5′端非翻译区和NS5B区在丙型肝炎病毒基因分型中意义的再评价被引量：1
- 2013年
- 目的研究丙型肝炎病毒(HCV)的5′端非翻译区(5′-UTR)和NS5B区对中国人群感染的HCV基因分型的确切意义。方法选择NCBI核苷酸数据库中来源于中国人的HCV全基因组,利用NCBI基因分型工具,对同一条HCV序列中5′-UTR区、NS5B区和全长基因组进行基因分型,确定5′-UTR区和NS5B区在HCV基因分型中的全基因组代表性。在此基础上,选择NS5B区对125例临床HCV-RNA大于1.0E3的标本进行了基因分型。结果与全长基因组的分型结果相比,5′-UTR区基因分型在基因型判断上存在差异,仅有45%的符合率,特别是其无法精确判断基因亚型;而NS5B区基因分型结果与全长基因组的分型结果无论在基因型还是在基因亚型的判断上都具有良好的一致性,符合率可达95%;利用NS5B区对临床125例标本成功进行了基因分型,结果显示以1b和2a两种亚型为主。结论 NS5B区在HCV基因分型中具有良好的全基因组序列的代表性,能够有效用于临床常规的HCV基因分型检测。
- 俞杨邬兰焦杰杜同信王自正
- 关键词：基因分型NS5B
- Siglec-9 V型结构域原核表达载体的构建、鉴定和初步表达
- 2013年
- 目的构建重组Siglec-9 V型结构域(Siglec-9-V)原核表达质粒,并在大肠杆菌中进行表达,初步摸索其可溶性表达的条件,为进一步研究其生物学意义奠定基础。方法合成Siglec-9-V的cDNA序列;通过PCR和TA克隆,构建重组表达载体pET-His6-SUMO-Siglec-9-V,利用酶切和DNA测序鉴定插入序列;将重组细菌用IPTG诱导表达,利用His6标签蛋白特异性染料鉴定蛋白质;通过尝试不同的诱导表达温度,摸索Siglec-9-V可溶性表达的条件。结果证实重组表达载体pET-His6-SUMO-Siglec-9-V构建正确;表达的融合蛋白相对分子质量约为29×103,证实为目的蛋白,在24℃时经IPTG诱导,能够实现可溶性表达。结论成功构建了重组表达载体pET-His6-SUMO-Siglec-9-V,实现Siglec-9-V的可溶性表达。
- 俞杨杜同信王自正邬兰焦杰
- 关键词：蛋白表达
- 慢性乙型肝炎患者HBsAg和HBsAb共阳性与preS区及S区突变关系的研究被引量：3
- 2013年
- 目的探讨HBsAg、HBsAb共阳性慢性乙型肝炎患者HBVpreS及S基因突变的关系。方法对6例HBsAg、HBsAb共阳性慢性乙型肝炎患者(试验组)、9例HBsAg阳性、HBsAb阴性慢性乙型肝炎患者(对照组)进行HBVDNA的提取及HBV基因组preS和S基因的PCR扩增和测序,比较组间突变率差异。结果试验组与对照组所感染HBV均为B型或C型。试验组未检出preS区缺失突变,对照组检出1例preS1区15bp缺失。试验组与对照组比较,preS/S、preS、preS1、preS2区核酸点突变率无统计学差异(P>0.05),S区核酸点突变率有统计学差异(P<0.05)。在氨基酸水平上,试验组与对照组preS/S、preS、S、preS1、preS2区及α决定簇点突变率比较无统计学差异(P>0.05)。结论 HBVpreS基因的缺失及S基因的氨基酸突变均不是B型或C型慢性乙型肝炎患者出现HBsAg、HBsAb共阳性的决定性因素。
- 邬兰杜同信焦杰王自正瞿卫颜宁俞杨
- 关键词：肝炎病毒乙型HBVS基因HBV基因缺失
- 人CISH基因结核杆菌易感相关+1320位点单核苷酸多态性检测方法的建立
- 2013年
- 目的建立使用单碱基延伸技术检测人CISH基因结核杆菌易感相关+1320位点单核苷酸多态性的方法。方法制备人全血基因组DNA样本,使用自行设计的引物扩增包含人CISH基因结核杆菌易感相关+1320位点的片段并纯化,通过单碱基延伸反应制备CISH+1320的样本,采用毛细管电泳检测CISH+1320的单核苷酸多态性,并使用DNA测序方法验证单碱基延伸方法的准确性。结果 7例样本的单碱基延伸法检测结果与DNA测序结果完全符合。结论单碱基延伸法可以用于人CISH基因结核杆菌易感相关+1320位点单核苷酸多态性的检测,结果准确可靠。
- 焦杰谢玉为邬兰杜同信王自正俞杨
- 关键词：结核分枝杆菌
- 南京地区9515例女性宫颈细胞HPV基因分型分析被引量：12
- 2017年
- 目的分析南京地区女性不同基因型HPV的感染情况和分型特点。方法收集门诊9515例女性宫颈脱落细胞标本,采用PCR-导流杂交法对标本行21种HPV基因分型检测,包括高危型15种(16、18、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66、68型)和低危型6种(6、11、42、43、44、CP8304型),分析感染率和基因型分布。结果HPV感染率:20~29岁为29.43%(407/1383),30~39岁为26.16%(741/2833),40~49岁为25.23%(809/3207),≥50岁为27.90%(565/2025)。HPV总感染率为26.80%;其中,高危型HPV感染率为23.71%,低危型HPV感染率为6.34%。HPV感染的前5位基因型分别为52、16、58、CP8304和53型。单一基因型HPV感染率为18.43%,前5位的基因型分别为16、52、58、CP8304和53型。混合基因型HPV感染率为8.37%,前5位的基因型组合为16+52型、52+CP8304型、52+53型、53+58型和16+58型。结论南京地区女性21种基因型HPV感染率为26.80%,主要HPV感染基因型为52、16、58、CP8304和53型。
- 焦杰俞杨邬兰杜同信王峰王自正
- 关键词：人乳头瘤病毒基因分型
- 1例未经恩替卡韦治疗的慢性乙肝患者出现恩替卡韦基因型耐药的分析被引量：1
- 2012年
- 核苷（酸）类药物是慢性乙肝患者抗病毒治疗的重要药物,其临床使用的主要缺点是乙肝病毒会在其选择压力下产生耐药突变株,从而导致治疗失败[1]。拉米夫定、阿德福韦酯和恩替卡韦是临床慢性乙肝患者抗病毒治疗的常用核苷（酸）类药物,和拉米夫定与阿德福韦酯相比,使用恩替卡韦进行初始治疗所发生的5年耐药率很低[2-3],而未经恩替卡韦治疗的患者发生恩替卡韦基因型耐药的情况则罕有报道。现发现1例,
- 俞杨杜同信王自正邬兰焦杰
- 关键词：慢性乙肝患者耐药突变株恩替卡韦阿德福韦酯
- 定量PCR技术快速分析噬菌体展示肽库的应用被引量：1
- 2016年
- 目的建立无需转染菌株的快速定量方法,用以分析噬菌体展示肽库筛选。方法选取Ph.D.-C7C噬菌体展示肽库,进行梯度稀释并提取基因组,在其载体序列上设计一对通用引物,运用SYBR Green的方法进行荧光定量PCR扩增,通过计算该方法的特异性、精密度和线性范围来确定该检测方法的可行性。结果通过溶解曲线得知该对引物可特异性筛选噬菌体展示七肽库。通过计算每个浓度的Ct值及其偏差可发现,该体系在2×10~4pfu/m L^2×10^(10)pfu/m L的浓度范围内线性关系良好,且在2×10~5pfu/m L^2×10^(10)pfu/m L的浓度范围内批间不精密度小于15%。结论建立的荧光定量PCR体系可以避免转染菌株所带来的繁琐人工劳动,并可以特异、准确、快速的对噬菌体展示肽库进行定量分析。
- 邬兰杜同信俞杨焦杰王自正
- 关键词：噬菌体展示实时荧光定量聚合酶链反应文库筛选
