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李旭
作品数:
1
被引量:1
H指数:1
供职机构:
中国科学院计算技术研究所
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发文基金:
国家重点基础研究发展计划
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相关领域:
生物学
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合作作者
谭光明
中国科学院计算技术研究所
吕慧伟
中国科学院计算技术研究所
赵喜全
中国科学院计算技术研究所
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2015
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KSI:面向TB级别的DNA序列匹配软件库
被引量:1
2015年
为了满足对不同物种进行DNA序列分析的需求和适应DNA序列数据的快速增长,针对目前DNA序列分析软件大都各自实现一套序列存储和查询功能,工作重复且没有考虑并行性、扩展性和分布式系统或环境的缺陷,基于DNA序列分析的基本操作k-mer匹配,设计并实现了一个面向TB量级的DNA序列匹配软件库——k-mer查找接口(KSI)。KSI提供了一套分布式环境下的编程接口,并且针对生物计算领域的DNA序列匹配进行优化。实验显示,KSI为DNA序列匹配提供了一个高效的解决方案。
赵喜全
李旭
吕慧伟
谭光明
关键词:
生物信息学
应用程序编程接口
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