吕慧伟
- 作品数：3 被引量：5H指数：1
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- KSI：面向TB级别的DNA序列匹配软件库被引量：1
- 2015年
- 为了满足对不同物种进行DNA序列分析的需求和适应DNA序列数据的快速增长,针对目前DNA序列分析软件大都各自实现一套序列存储和查询功能,工作重复且没有考虑并行性、扩展性和分布式系统或环境的缺陷,基于DNA序列分析的基本操作k-mer匹配,设计并实现了一个面向TB量级的DNA序列匹配软件库——k-mer查找接口(KSI)。KSI提供了一套分布式环境下的编程接口,并且针对生物计算领域的DNA序列匹配进行优化。实验显示,KSI为DNA序列匹配提供了一个高效的解决方案。
- 赵喜全李旭吕慧伟谭光明
- 关键词：生物信息学应用程序编程接口
- 众核处理器和众核集群的并行模拟被引量：4
- 2013年
- 模拟器是计算机体系结构研究的重要工具.近年来并行计算机体系结构的发展给计算机模拟带来了巨大的挑战.一方面,随着体系结构朝着多核以及众核处理器发展,模拟的目标系统规模随着模拟核数以摩尔定律的速度增加而不断增大;另一方面,串行模拟的速度因为模拟器运行所在宿主机主频提速减缓而停滞不前.上述两方面的原因使得传统的串行模拟方式无法满足对新兴体系结构模拟规模和速度的需求.以众核处理器和众核集群这两种体系结构为例,并行模拟技术在并行计算机体系结构模拟中是必要而且可行的.对于众核处理器的模拟,使用并行离散事件模拟对其进行加速,在模拟精度不变的前提下,提高模拟速度10.9倍.对于众核集群的模拟,模拟的目标系统总规模达到1024核,并且支持MPI/Pthreads混合编程的运行环境.
- 吕慧伟程元白露陈明宇范东睿孙凝晖
- 关键词：MPI
- 一个针对并行模拟引擎的性能评测实例
- 2013年
- SimK是由中科院计算所体系结构国家重点实验室开发的一个并行离散时间模拟引擎。基于已经发布的SimK1.0版本,对任务划分及同步推进阻塞控制进行了功能扩展,开发了SimK的1.1版本。同时由于缺乏一个专门对SimK模拟性能评测的Benchmark以及全面的评测结果,首先讨论了并行模拟引擎Benchmark的设计准则,之后介绍了开发的Benchmark-PassBall,并且使用它对SimK的强弱扩展性、组件负载不均衡情况下的强扩展性进行了评测,同时对比了组件负载不均衡和均衡情况下的加速比,探讨了模拟计算量的变化对模拟加速比的影响,并讨论了Benchmark的适用性。通过实验讨论得出:a)PassBall可以作为并行模拟引擎SimK性能评测的Benchmark,亦可用于其他并行模拟引擎性能的评测;b)SimK具有良好的强弱扩展性;c)负载平衡和模拟计算量都会对并行模拟加速比产生影响。
- 吴志敏吕慧伟陈明宇
- 关键词：扩展性BENCHMARK
