程铁军
- 作品数：4 被引量：0H指数：0
- 供职机构：中国科学院上海有机化学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术化学工程更多>>
- X-Score2: A Dual-Purpose Empirical Scoring Function for Evaluating Protein-Ligand Binding
- A new empirical scoring function, X-Score2, has been developed and validated. A total of 10 individual terms a...
- 王任小刘治国林赋程铁军李勋李嫣
- 文献传递
- 一种计算水溶解度的经验加合模型的适用范围与局限(英文)
- 2012年
- 我们发展了一种用于预测有机小分子化合物水溶解度(logS)的经验方法XLOGS.它本质上是一种加合模型,采用83种原子/基团类型和3个校正因子作为模型的描述符.该方法还可以根据一个合适的参照分子的logS实验值来计算未知化合物的logS值.我们将XLOGS模型在由4171个化合物组成的训练集上进行了参数化,多元线性回归获得的相关系数(R2)和标准偏差(SD)分别为0.82和0.96单位.将该训练集进一步分为仅含液体化合物和仅含固体化合物的两个子集.XLOGS模型在这两个子集上的回归结果显示前者优于后者(标准偏差分别为0.65单位和0.94单位).还利用log1/S和logP(脂水分配系数)之间的差值来研究XLOGS方法在液体和固体化合物数据集上的表现.研究结果表明:XLOGS等加合法模型更适合应用于这两者差值接近于0的化合物.还将XLOGS和其它三种流行的logS计算模型(包括Qikprop,MOE-logS和ALOGPS)在一个含有132个类药化合物的独立测试集上进行了比较.总体而言,我们的研究结果为加合法模型在水溶解度预测方面的合理应用提供了指导.
- 段宝根李嫣李婕程铁军王任小
- 关键词：水溶解度
- PDBbind数据库在计算机辅助药物设计中的应用
- 2009年
- 本文首先回顾了e-Science的产生背景与内涵,分析了信息化技术在现代计算机辅助药物设计中的重要作用与意义。然后介绍本课题组科研工作的主要内容与框架,以PDBbind数据库的构建和开发为案例,阐明本课题组的信息化应用架构,介绍了一些基于PDBbind数据库开发的软件方法以及研究实例。最后对e-Science在计算机辅助药物设计领域的发展方向做了一些思考和展望。
- 刘志海程铁军王任小
- 关键词：科研信息化信息化平台计算机辅助药物设计
- 药物分子关键性质的计算方法研究
- 有机小分子化合物的一些基本性质如与靶标分子的亲合性、吸收、分布、代谢、排泄等药代动力学性质以及毒性(ADMET)等对于其最终是否能够成药至关重要。本论文第一章中首先简要回顾了药物研究的历史和现状，并介绍了计算机辅助药物设...
- 程铁军
- 关键词：药物设计计算机辅助设计打分函数
