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药物研发领域中的开放访问数据库被引量：1: 2015年; 开放访问数据库的发展极大推动了各领域的科学研究.本文以药物研发的几个代表性阶段为主线,介绍了该领域涉及的一批主流开放数据库,旨在为读者描绘药物研发领域值得关注的信息资源.另外,本文介绍了本课题组开发的PDBbind-CN数据库的构建过程和基本内容,这是一个致力于收集生物大分子复合物结构和亲合性数据的开放访问数据库,在药物分子设计领域中得到了国内外同行的广泛应用.; 刘志海李婕韩莉李嫣刘杰聂伟刘宇晨王任小; 关键词：药物研发

PDBbind数据库在计算机辅助药物设计中的应用: 2009年; 本文首先回顾了e-Science的产生背景与内涵,分析了信息化技术在现代计算机辅助药物设计中的重要作用与意义。然后介绍本课题组科研工作的主要内容与框架,以PDBbind数据库的构建和开发为案例,阐明本课题组的信息化应用架构,介绍了一些基于PDBbind数据库开发的软件方法以及研究实例。最后对e-Science在计算机辅助药物设计领域的发展方向做了一些思考和展望。; 刘志海程铁军王任小; 关键词：科研信息化信息化平台计算机辅助药物设计

完善评价蛋白-配体打分函数性能的CASF方法体系: 亲合性打分函数由于其具有计算消耗小,计算结果准确性尚可等优点而得到了广泛的应用。一个标准的评价体系可以帮助研究者客观了解打分函数的性能及其局限性,为打分函数的发展奠定一个扎实的基础。本课题组致力于发展一个高质量的打分函数...; 苏敏仪李嫣刘志海王任小; 关键词：打分函数性能评价

构建药物-靶标亲合性打分函数的评价方法体系被引量：2: 2015年; 定量计算药物-靶标亲合性一直是分子靶向药物设计中的核心问题之一.亲合性打分函数适用范围宽、计算速度快且精度良好,特别适合与分子对接等方法联用,在药物研发中得到了广泛的应用.经过20多年的发展,目前存在数量繁多的打分函数,这些方法难免良莠不齐.建立客观公正的针对打分函数性能的评价体系,不仅可以帮助用户做出合理的选择,也为发展打分函数的理论研究人员提供依据,因此是打分函数研究领域中的一个基础问题.近年来,我们逐步发展了评价药物-靶标亲合性打分函数性能的方法体系(comparative assessment of scoring functions,CASF),为解决该问题提供了一种可行的方案.我们提出了一整套衡量打分函数性能的基本指标,为每种指标设计了相应的定量方法,并确立了将打分过程与构象采样过程分开处理的原则.我们的方法体系中所使用的测试集,源自对PDBbind-CN数据库中蛋白-配体复合物样本的层层筛选,质量较高并且具备结构多样性的特点.与前人的类似工作相比,我们的方法体系具有较强的系统性和先进性,受到了国内外同行的广泛认可和应用.本文介绍了我们建立的CASF方法体系的设计思想、获得的重要研究成果以及学术影响.; 刘志海李婕韩莉李嫣王任小; 关键词：打分函数

系统收集PDB数据库中的亲合性数据:PDBbind数据库的最新进展: 生物大分子与有机小分子配体之间的相互识别在各种生命活动过程中扮演很重要的角色。生物大分子复合物的三维结构和亲合性信息是描述这些生命过程的底层机理所不可或缺的信息。PDBbind数据库的创建目的是完整收录Protein D...; 刘志海李嫣韩莉刘杰赵志雄聂伟刘宇晨王任小Jie Li; 关键词：亲合性复合物; 文献传递

建立蛋白-蛋白分子对接打分函数的评价体系: 蛋白质-蛋白质相互作用是生命活动中许多重要进程的基础。在模拟蛋白-蛋白相互作用的计算方法中,分子对接由于具有精度良好、适用性强、方便快速等优点而得以广泛的应用。目前,已经发展起来的蛋白-蛋白打分函数已有十数种,其性能难免...; 韩莉刘志海李嫣王任小; 关键词：蛋白-蛋白相互作用分子对接打分函数

建立蛋白-蛋白分子对接打分函数的评价体系: 蛋白质-蛋白质相互作用是生命活动中许多重要进程的基础。在模拟蛋白-蛋白相互作用的计算方法中,分子对接由于具有精度良好、适用性强、方便快速等优点而得以广泛的应用。目前,已经发展起来的蛋白-蛋白打分函数已有十数种,其性能难免...; 韩莉刘志海李嫣王任小; 关键词：蛋白-蛋白相互作用分子对接打分函数

完善评价蛋白-配体打分函数性能的CASF方法体系: 亲合性打分函数由于其具有计算消耗小,计算结果准确性尚可等优点而得到了广泛的应用。一个标准的评价体系可以帮助研究者客观了解打分函数的性能及其局限性,为打分函数的发展奠定一个扎实的基础。本课题组致力于发展一个高质量的打分函数...; 苏敏仪李嫣刘志海王任小; 关键词：打分函数性能评价

系统收集PDB数据库中的亲合性数据:PDBbind数据库的最新进展: 生物大分子与有机小分子配体之间的相互识别在各种生命活动过程中扮演很重要的角色。生物大分子复合物的三维结构和亲合性信息是描述这些生命过程的底层机理所不可或缺的信息。PDBbind数据库的创建目的是完整收录Protein D...; 刘志海李嫣韩莉刘杰赵志雄聂伟刘宇晨王任小Jie Li; 关键词：亲合性复合物

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刘志海

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