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本研贯通课程“高等物理化学”的实例教学: 2017年; 在“高等物理化学”课程教学中引入实例教学可以有效帮助学生在理论语言与实验语言之间搭建桥梁,借助计算机“可视化”手段向学生展示实体实验难以描述的抽象概念.本课程从量子力学和分子力学出发,设计了由浅入深的7个实例,用计算机模拟方法分别计算了单分子的分子光谱、化学反应路径和溶液的微观异质性,帮助学生从微观层面形象化地理解抽象的物理概念,有效克服了学生的畏难心理,显著提高了学生解决实际问题的能力,改善了理论脱离实践的现状.; 刘迎春王琦张博方文军StafanFranzen; 关键词：实例教学分子模拟

SARS-CoV-2与受体ACE2独特的相互作用与结合/解离过程: 2022年; 2019年12月由新型肺炎冠状病毒(SARS-Co V-2)感染导致的肺炎(COVID-19)疫情大规模爆发,并于2020年3月被世界卫生组织宣布为全球大流行.其显著的传染性和致死率对全人类的生命安全构成了巨大的威胁,迫切需要从分子层面上了解并掌握病毒的感染/传播行为.新冠病毒和2003年爆发的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒(SARS-Co V)同属于蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-Co V)物种,其表面刺突糖蛋白具有高度的同源性,它们侵入人体细胞的关键步骤同为表面刺突蛋白的受体结合域(RBD)部分和人血管紧张素转化酶2(ACE2)的结合,许多实验工作报道了SARS-Co V-2拥有比SARS-Co V更强的结合能力.为了进一步诠释实验结果,本工作对这两种病毒的野生型RBD(RBDWT)和ACE2的结合进行了分子动力学模拟、拉伸分子动力学模拟和伞状取样,结果表明,β-loop区的不同行为导致关键结合残基和相互作用的不同,并进一步导致结合/解离机制的不同,SARS-Co V-2-RBD和ACE2的结合亲和力是SARS-Co V-RBD的约30倍.; 刘深鑫张博刘迎春王琦; 关键词：SARS-COV

异喹啉类生物碱和G-四链体结合的分子动力学研究被引量：2: 2020年; G-四链体是核酸的一种非经典二级结构,主要出现于富含鸟嘌呤(G)碱基的DNA或RNA序列。生物体内的G-四链体主要形成于端粒区域和某些原癌基因的启动子区域,是生物医学研究的重要对象。以G-四链体作为靶点的抗癌策略虽被多次提出,但目前还未有成功进入临床试验的案例。因此,有关原癌基因启动子区域的G-四链体与配体结合的研究,可以对靶向抗癌药物的设计提供指导性建议。使用分子动力学模拟的方法,研究了不同的异喹啉类生物碱与G-四链体的结合机理。通过考察四种异喹啉配体与G-四链体结合的过程,得到了异喹啉配体与G-四链体稳定结合的构象以及结合的主导因素。此工作从原子分子层面深化了对异喹啉类生物碱和G-四链体结合机理的微观认识,对抗癌药物设计具有指导意义。; 张博何依然刘迎春王琦; 关键词：分子模拟异喹啉类生物碱脱氧核糖核酸计算化学

过渡金属催化的双齿导向基辅助的惰性C(sp^3)—H键芳基化被引量：22: 2014年; 近年来,过渡金属催化的惰性碳氢键官能团化受到广泛关注,然而,C(sp3)—H键由于低极性、高解离能和低选择性,其选择性活化尤为困难.综述了过渡金属催化的双齿导向基辅助的C(sp3)—H键芳基化的最新研究进展,主要探讨了不同过渡金属催化下芳基化反应的底物范围、反应机理和合成应用.; 张博管晗曦刘斌史炳锋; 关键词：过渡金属芳基化

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张博