谢斌
- 作品数：13 被引量：21H指数：3
- 供职机构：福建农林大学生命科学学院菌物研究中心更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- vv-2ogo,一个在草菇原基中高表达的基因被引量：1
- 2015年
- 本研究结合草菇子实体不同生长时期的表达谱数据及荧光定量PCR分析结果,获得一个在原基高表达的基因,推测它与草菇原基时期子实体的生长分化有关。基因组注释结果显示它是一个编码2-OG依赖性氧合酶(2-oxoglutarate dependent oxygenases)的基因,系统发育分析也支持基因注释的结果,该基因被我们命名为vv-2ogo。转录组Reads定位结果表明,该基因全长1 451 bp,含有3个外显子,2个内含子,编码440个氨基酸,其中第二个内含子在RNA加工过程中有保留现象。
- 谢斌王健汪健芳许鸣凤李肖严俊杰谢宝贵
- 关键词：草菇基因结构
- 利用粗糙脉孢菌鉴定金针菇PKAC-2基因响应胁迫的调控功能
- 本研究基于本实验室金针菇基因组和转录组数据筛选得到一个编码金针菇cAMP/PKA信号转导途径关键组成成分蛋白激酶A催化亚基的基因fv-pkac-2(gene8023)。为了揭示该催化亚基的功能,进一步探究cAMP/PKA...
- 谢斌
- 关键词：金针菇蛋白激酶A非生物胁迫定点诱变
- 金针菇JA/SA信号通路基因鉴定及其对外源JA/SA应答被引量：2
- 2016年
- 本研究鉴定了金针菇茉莉酸(JA)信号通路的4个关键基因:COI1、PDF1.2、MYC2-1、MYC2-2与水杨酸(SA)信号通路的4个关键基因:PR1-1、PR1-2、NPR1-1、NPR1-2。NBT染色法和荧光定量结果表明,金针菇JA/SA信号通路可应答外源JA/SA,50μmol·L^(-1)外源JA和500μmol·L^(-1)外源SA处理金针菇菌丝12h可显著提高JA/SA信号通路基因的转录水平,基因PDF1.2响应JA诱导最明显,可作为JA信号通路标记基因;JA/SA信号转导途径间存在协同或拮抗作用:SA信号转导通路中NPR1蛋白对JA信号转导通路中PDF1.2基因表达有抑制作用,外源JA/SA的相对浓度决定其作用的强弱。
- 李肖汪健芳严俊杰陈炳智谢斌陈仁良温志强江玉姬谢宝贵
- 关键词：金针菇茉莉酸NBT
- vv-2ogo,一个在草菇原基中高表达的基因
- 本研究结合草菇子实体不同生长时期的表达谱数据及荧光定量PCR分析结果,获得一个在原基高表达的基因,推测该基因表达的酶参与草菇原基时期赤霉素的形成,以促进菌丝生长和子实体增大。基因组注释结果显示它是一个编码2-OG依赖性氧...
- 谢斌王健汪健芳许鸣凤李肖严俊杰谢宝贵
- 关键词：草菇基因结构
- 文献传递
- 草菇NADPH Oxidase组成亚基的鉴定及非生物胁迫诱导vvcdc24上调表达的机制
- NADPH氧化酶(NADPH Oxidase)是真核生物细胞膜上产生活性氧信号以应答环境胁迫的主要酶复合体。本研究通过生物信息学方法注释获得草菇NADPH氧化酶六个组成亚基的编码基因,并对其基因结构、氨基酸序列特征进行系...
- 严俊杰谢斌张磊李肖谢宝贵
- 关键词：草菇NADPH氧化酶
- 文献传递
- 草菇多糖单加氧酶基因Vv-lpmo 1的序列分析及其表达规律
- 2015年
- 依据草菇（Volvariella volvacea）基因组和转录组数据,采用ZOOM软件将转录组Reads定位到基因组的分析方法,从草菇中鉴定了一个多糖单加氧酶基因Vv-lpmo1,对其进行生物信息学分析,并对其高效诱导物进行筛选,采用定量PCR方法研究其在降解稻草时表达量的变化规律。结果表明：草菇Vv-lpmo1基因DNA序列长1432bp,有9个内含子,预测编码305个氨基酸的蛋白质;生物信息学分析表明该蛋白质有分泌信号肽,且含有两个完整的保守结构域：N端的glycoside hydrolase family 61（GH61）结构域和C端的cellulose-binding domain（CBD）结构域。通过对葡萄糖、无碳源（饥饿诱导）、微晶纤维素、滤纸、稻草和木屑6种不同基质诱导草菇菌丝的定量PCR,结果筛选出稻草对Vv-lpmo1基因有最强的诱导作用。进一步研究稻草诱导不同时间的变化过程中,该基因的表达规律为0~4h先下调;4~12h恢复到初始水平;12h以后开始迅速上调并维持较高水平。本研究表明草菇多糖单加氧酶基因Vvlpmo1属于诱导表达型基因,可能在草菇降解稻草基质中起着重要作用。
- 陶永新黄千慧陈仁良谢斌连玲丹张磊丁宇斯江玉姬谢宝贵
- 关键词：草菇定量PCR表达量
- 真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）被引量：2
- 2017年
- 可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。
- 严俊杰张磊谢斌黄千慧龙莹谢宝贵
- 关键词：生物信息学方法
- 五节芒栽培糙皮侧耳的子实体质构分析被引量：6
- 2016年
- 利用质构分析仪,比较分析分别以五节芒(Miscanthus floridulus)和棉籽壳为主料栽培获得的糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)子实体的质构指标,同时测算二者干制率和杀青率差异。结果表明,相对于常规棉籽壳培养料栽培,菌草配方栽培糙皮侧耳的菌盖咀嚼性、硬度和回复性较差,菌柄回复性、硬度、内聚性和咀嚼性较差,而且子实体的干制率和杀青率也较低。
- 聂国添黄千慧苗娟李肖龙莹张磊连玲丹谢斌江玉姬谢宝贵
- 关键词：菌草栽培五节芒糙皮侧耳质构分析
- 固相萃取-亲水作用色谱法测定香菇中硫杂脯氨酸被引量：1
- 2016年
- 通过对色谱条件和样品前处理方法进行优化,建立固相萃取—亲水作用色谱法测定香菇（Lentinula edodes）中硫杂脯氨酸的检测方法。优化后的色谱条件为：Inertsil HILIC亲水作用色谱柱（4.6×250 mm,5μm）对样品进行分离测定,流动相采用乙腈-0.1%磷酸水（85∶15,v/v）等度洗脱,流速0.8mL/min,检测波长193nm,柱温30℃。前处理方法为：香菇样品采用甲醇-水（70∶30,v/v）提取,MAX阴离子固相萃取小柱进行净化处理,甲醇-1.0%甲酸（90∶10,v/v）作为洗脱剂对目标物进行洗脱。检测结果表明,硫杂脯氨酸在2-100μg/mL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9998,加标回收率为96.3%-101.7%,相对标准偏差在1.3%-4.8%之间,检出限为0.76μg/g,定量限为2.31μg/g。该方法回收率高、简单、快速、无需衍生化,适用于香菇子实体硫杂脯氨酸的定量检测分析。
- 何世行李肖谢斌严俊杰陈炳智黄泽铭詹艺舒江玉姬谢宝贵
- 关键词：香菇固相萃取甲醛
- 草菇翻译起始因子Vv‐IF4E及与其共表达转录因子的研究被引量：3
- 2015年
- 真核翻译起始因子IF4E(initiation factor 4E)可通过与m RNA的5’帽子端结合,在蛋白质的翻译起始过程中扮演重要角色。草菇Volvariella volvacea是一种富有商业价值的食用真菌,其生长发育与蛋白质的合成代谢密切相关。本文通过鉴定草菇编码IF4E的基因(Vv-IF4E),并根据生物信息学和实时荧光定量数据分析Vv-IF4E及相关转录因子基因表达量的变化规律。结果显示,草菇Vv-IF4E基因上游存在较多顺式作用元件,基因存在4种可变剪切体,只有一种具有翻译起始因子的保守结构域。预测开放阅读框(ORF)长度为3 083bp,所编码蛋白分子量为87.1k Da,存在35个磷酸化位点。Vv-IF4E蛋白结构有异于拟南芥IF4E,但与皱木耳Auricularia delicata IF4E相似。实时荧光定量结果表明,Vv-IF4E与转录因子YRR1、ECM22存在极强的共表达规律。
- 陈仁良严俊杰陶永新谢斌张磊吴塔菊李少杰谢宝贵
- 关键词：草菇蛋白质合成荧光定量PCR共表达
