张磊
- 作品数：17 被引量：36H指数：5
- 供职机构：福建农林大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家现代农业产业技术体系建设项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学经济管理更多>>
- 草菇NADPH Oxidase组成亚基的鉴定及非生物胁迫诱导vvcdc24上调表达的机制
- NADPH氧化酶(NADPH Oxidase)是真核生物细胞膜上产生活性氧信号以应答环境胁迫的主要酶复合体。本研究通过生物信息学方法注释获得草菇NADPH氧化酶六个组成亚基的编码基因,并对其基因结构、氨基酸序列特征进行系...
- 严俊杰谢斌张磊李肖谢宝贵
- 关键词：草菇NADPH氧化酶
- 文献传递
- 草菇多糖单加氧酶基因Vv-lpmo 1的序列分析及其表达规律
- 2015年
- 依据草菇（Volvariella volvacea）基因组和转录组数据,采用ZOOM软件将转录组Reads定位到基因组的分析方法,从草菇中鉴定了一个多糖单加氧酶基因Vv-lpmo1,对其进行生物信息学分析,并对其高效诱导物进行筛选,采用定量PCR方法研究其在降解稻草时表达量的变化规律。结果表明：草菇Vv-lpmo1基因DNA序列长1432bp,有9个内含子,预测编码305个氨基酸的蛋白质;生物信息学分析表明该蛋白质有分泌信号肽,且含有两个完整的保守结构域：N端的glycoside hydrolase family 61（GH61）结构域和C端的cellulose-binding domain（CBD）结构域。通过对葡萄糖、无碳源（饥饿诱导）、微晶纤维素、滤纸、稻草和木屑6种不同基质诱导草菇菌丝的定量PCR,结果筛选出稻草对Vv-lpmo1基因有最强的诱导作用。进一步研究稻草诱导不同时间的变化过程中,该基因的表达规律为0~4h先下调;4~12h恢复到初始水平;12h以后开始迅速上调并维持较高水平。本研究表明草菇多糖单加氧酶基因Vvlpmo1属于诱导表达型基因,可能在草菇降解稻草基质中起着重要作用。
- 陶永新黄千慧陈仁良谢斌连玲丹张磊丁宇斯江玉姬谢宝贵
- 关键词：草菇定量PCR表达量
- 草菇芳香醇氧化酶基因vvaao1的序列特征与差异表达被引量：2
- 2018年
- 对芳香醇氧化酶编码基因vvaao1序列特征及差异表达进行分析,以期为研究vvaao1在草菇基质降解与子实体发育中的生物学功能提供依据。应用ZOOM软件分析基因结构与序列准确性;通过生物信息分析网站预测氨基酸序列的信号肽、亚细胞定位及三级结构;采用MEGA 5.1构建系统发育树;结合数字基因表达谱(DGE)、荧光定量PCR(RT-q PCR)、蛋白质组(i TRAQ)分析进行差异表达分析。结果显示,vvaao1全长3 091 bp,含有9个外显子、8个内含子,开放阅读框长1 803 bp,编码600个氨基酸;生物信息分析结果显示:Vv AAO1具备信号肽,为分泌蛋白;其三级结构由20个α-螺旋和19个β-折叠组成,与模式蛋白3FIM的一致性(Identity)达到48%。进化树结果显示,Vv AAO1属于AAO家族,与侧耳属菌株Pleurotus.eryngii和P.pulmonarius的AAO序列最为接近。DGE、RT-q PCR及i TRAQ的分析结果表明,vvaao1在可孕异核体菌丝上的表达量分别是两个同核体菌株之和的51.0、49.8和2.13倍;进一步对不同发育阶段的子实体样品进行RT-q PCR检测,结果显示vvaao1在原基时期的表达量均显著高于其他时期的样品。Vv AAO1具备信号肽,为分泌蛋白,其编码基因在异核体菌株H1521的表达水平显著高于两个同核体菌株之和,存在协同增效表达,且在原基时期表达量最高,vvaao1的高表达可能有利于草菇子实体的形成。
- 严俊杰仝宗军刘媛媛张磊张云谢宝贵
- 关键词：原基形成基因结构
- 真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）被引量：2
- 2017年
- 可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。
- 严俊杰张磊谢斌黄千慧龙莹谢宝贵
- 关键词：生物信息学方法
- 五节芒栽培糙皮侧耳的子实体质构分析被引量：6
- 2016年
- 利用质构分析仪,比较分析分别以五节芒(Miscanthus floridulus)和棉籽壳为主料栽培获得的糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)子实体的质构指标,同时测算二者干制率和杀青率差异。结果表明,相对于常规棉籽壳培养料栽培,菌草配方栽培糙皮侧耳的菌盖咀嚼性、硬度和回复性较差,菌柄回复性、硬度、内聚性和咀嚼性较差,而且子实体的干制率和杀青率也较低。
- 聂国添黄千慧苗娟李肖龙莹张磊连玲丹谢斌江玉姬谢宝贵
- 关键词：菌草栽培五节芒糙皮侧耳质构分析
- 草菇超氧化物歧化酶家族基因的序列特征及其差异表达
- 超氧化物歧化酶是细胞防御活性氧毒害作用的第一道防线,在生物体应答胁迫以及细胞分化等过程中起到十分重要的作用.本研究基于草菇基因组测序结果注释获得1个extracellular Cu-ZnSOD(ecCu-ZnSOD)编码...
- 严俊杰王瑞清谢斌张磊徐伟南李肖谢宝贵
- 关键词：草菇超氧化物歧化酶家族基因基因序列基因差异表达
- 金针菇疏水蛋白Fv-Hyd1及其潜在的转录因子Fv-Rtg3的共表达分析被引量：2
- 2016年
- 疏水蛋白(hydrophobin,Hyd)普遍存在于真菌的气生菌丝、侵染结构或子实体表面,且存在时空性高丰度表达。不同真菌疏水蛋白在其各个发育阶段发挥不同的功能,如气生菌丝的生长、子实体原基的形成及其形态分化等。虽然已有众多报道指出Hyd与生物或非生物环境刺激所产生的抗逆性有关,但是对它与细胞分裂分化等生物学功能及其信号转导调控的关系仍了解甚少。通过培养金针菇(Flammulina velutipes)菌丝以及金针菇出菇实验,结合基因组及转录组数据、蛋白结构预测、系统发育进化树聚类分析等生物信息学分析鉴定金针菇中一个编码疏水蛋白基因Fv-Hyd1,并利用其上游序列预测该疏水蛋白基因潜在的调控转录因子,辅以实时荧光定量PCR(real time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)数据和皮尔森相关系数鉴定它们的表达关系。结果表明,Fv-Hyd1与金针菇菌丝扭结和子实体原基的形成具有一定的相关性,与其潜在的转录因子Fv-Rtg3之间存在较强的共表达规律,并以此结合蛋白磷酸化位点预测,推测基因Fv-Hyd1的表达调控机制。
- 陈仁良李肖龙莹张磊严俊杰黄千慧熊宏民谢宝贵
- 关键词：金针菇扭结原基荧光定量PCR共表达
- 基于担孢子形成过程四分体随机分离规律揭示草菇的有性生活史被引量：6
- 2017年
- 本研究观察了草菇担子上着生担孢子的类型、担孢子细胞核数量,扩增了单孢菌株交配型A因子特异序列,基于减数分裂后四分体随机分离进入担孢子的遗传规律,分析了异核担孢子和同核(或单核)担孢子的比例。研究结果表明,草菇担孢子中异核担孢子的比例平均为7.14%,同核或单核担孢子的比例平均为92.86%。单核或同核的担孢子萌发后需要质配形成异核体才能完成有性生殖,交配方式类似异宗配合;异核担孢子萌发直接形成异核菌丝,其有性生殖类似同宗配合。
- 陈炳智傅俊生龙莹张磊章小寅张翔胡锋黎江玉姬谢宝贵
- 草菇测序菌株杂交子H1521菌丝对非生物胁迫的耐受性被引量：1
- 2015年
- 采用生长速度测定法,对草菇异核体菌丝H1521进行非生物胁迫耐受能力的测定.结果表明,H1521菌丝在p H=4、p H=11、0.3 mol·L-1Na Cl、10 mmol·L-1H2O2等胁迫条件下生长受到明显抑制但不致死,适合作为草菇应答非生物胁迫机制研究的胁迫条件;将菌丝置于4℃低温短时间处理后放回35℃进行培养还可正常生长,但在处理1 h后与空白对照出现显著性差异,4℃胁迫1 h适合作为后期低温胁迫机制研究的备选条件.
- 严俊杰张云张磊谢斌邱庆林谢宝贵
- 关键词：草菇氧化胁迫
- 金针菇转运蛋白基因fv-mfs1的序列与表达分析被引量：9
- 2017年
- 通过分析金针菇(Flammulina velutipes)子实体原基期、伸长期、成熟期的转录组数据,得到一个差异表达基因fv-msf1。对其结构、序列特征及表达情况进行分析,结果显示该基因全长2709 bp,包含13个外显子,12个内含子,开放阅读框长1770 bp,编码589个氨基酸。结构域分析表明该基因编码的蛋白含主要协助转运蛋白超家族(major facilitator superfamily,MFS)保守结构域。通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative fluorescence PCR,q-PCR)对子实体不同发育阶段以及菌盖不同发育时期的表达量进行分析,结果显示该基因在金针菇伸长期的菌盖(尤其是0.3~0.9cm)中高表达,由此推断该基因在金针菇菌盖发育中发挥一定作用。
- 仝宗军严俊杰张磊黄蓉梅徐伟南韩星许鸣凤陶永新谢宝贵
- 关键词：金针菇子实体实时定量PCR
