方小永
- 作品数：5 被引量：18H指数：3
- 供职机构：国防科学技术大学计算机学院更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的RNA二级结构被引量：3
- 2008年
- RNA伪结预测是RNA研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的RNA伪结预测方法。该方法使用已知结构的RNA比对序列(ClustalW比对和结构比对)测试此方法,侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息,并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分,通过逐步迭代求得含伪结的RNA二级结构。结果表明,此方法能正确预测伪结,其平均敏感性和特异性优于参考算法,并且结构比对的预测性能比ClustalW比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响,发现权重因子比值在λ1:λ2=5:1时,预测性能达到最优。
- 杨金伟骆志刚方小永王金华唐可成
- 关键词：RNA二级结构
- DNA序列拼接的分布式并行处理
- 生物信息学是一门综合利用生物学、计算机科学、数学等学科知识的新兴交叉学科，其主要任务是揭示海量生物学数据中蕴含的生物学意义、探索生命活动的奥秘。全基因组DNA序列拼接是生物信息学研究的重要课题。在大规模DNA测序中普遍使...
- 方小永
- 关键词：生物信息基因组DNA测序并行处理分布式
- DNA序列拼接的分布式并行处理被引量：5
- 2005年
- 针对分布式存储环境,本文提出一种DNA序列拼接的并行算法,分别对序列拼接中OVERLAP、LAYOUT 和CONSENSUS阶段的串行处理过程和并行算法进行了描述,并给出了算法复杂性分析。数值试验结果表明,算法是高 效的。
- 方小永骆志刚
- 关键词：生物信息学基因组计划DNA序列分布式并行处理
- 基于比较序列分析的RNA二级结构预测与评估
- 随着越来越多非编码基因及其功能被识别和揭示,人们逐渐认识到非编码RNA和蛋白质分子一样重要,甚至是主要的功能性分子。二级结构预测是非编码RNA识别及其功能研究的根本途径与核心基础,因此RNA二级结构预测方法的研究具有重要...
- 方小永
- 关键词：非编码RNARNA二级结构系统进化分析
- 文献传递
- DNA序列拼接的研究进展及挑战被引量：6
- 2007年
- 本文介绍DNA序列拼接的研究背景及内涵,给出两类拼接算法的基本处理过程与研究现状,分析DNA序列拼接面临的挑战和应对方法,对DNA序列拼接的未来研究内容给出预测。
- 骆志刚方小永丁凡
- 关键词：SCAFFOLDING
