王金华
- 作品数：15 被引量：8H指数：2
- 供职机构：国防科学技术大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学化学工程一般工业技术更多>>
- 剪接比对软件sim4的并行化研究与实现
- 随着人类基因组测序的完成,将序列比对到基因组序列之上成为研究序列功能结构的一种重要方法。sim4 程序是目前比较流行的序列剪接比对工具之一。但在全基因组范围内进行比对时程序花费时间较长,文章讨论了不同的并行化方案并对si...
- 张雯骆志刚赵翔王金华靳新
- 关键词：数据划分并行化
- 文献传递
- 多序列比对软件T-Coffee的并行化设计与实现被引量：2
- 2008年
- T-Coffee是广泛用于核酸或氨基酸的多序列比对工具。它通过生成基本信息库,扩展库,生成指导树,渐近式比对四个阶段来完成多序列的比对。分析了T-Coffee串行算法及其复杂度,并提出了基于SMP机的并行化版本。目标是使其充分并行化,实验结果表明它明显的提高了性能,并得到了很好的相对加速比。
- 靳新骆志刚蒋晓舟王金华张雯
- 基于并行的同源RNA序列快速搜索算法被引量：1
- 2006年
- cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围。文章基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的通信和负载平衡问题进行了优化。测试结果表明,此文方法具有良好的可扩展性,在120个处理器时,并行效率可达86.3%,能够用于全基因组范围内的大规模同源RNA序列搜索。
- 严繁妹骆志刚管乃洋丁凡王金华
- 关键词：同源RNA序列并行化
- 同源RNA序列搜索的并行化研究与实现
- cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围.本文在细致分析cmsearch串行程序的基础上,基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并...
- 严繁妹骆志刚管乃洋丁凡王金华
- 关键词：同源RNA序列并行化
- 文献传递
- 多序列比对软件T-Coffee的并行化设计与实现
- T-Coffee是广泛用于核酸或氨基酸的多序列比对工具.它通过生成基本信息库,扩展库,生成指导树,渐近式比对四个阶段来完成多序列的比对.本文分析了T-Coffee串行算法及其复杂度,并提出了基于SMP机的并行化版本.我们...
- 靳新骆志刚王金华张雯
- 文献传递
- 一种新的基于两序列比对的ncRNA基因识别模型
- 2007年
- 利用上下文相关隐Markov模型建立ncRNA基因基本二级结构模型,从两序列比对结果中提取序列相似性信息,并把该信息引入基本的上下文相关Markov模型中,从而构建出新的ncRNA基因识别模型。
- 管乃洋骆志刚严繁妹王金华
- 关键词：生物信息学非编码RNA基因识别
- 一种基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法
- 多数RNA分子的结构在进化申是高度保守的，其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题，很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。本文提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分...
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新张雯
- 文献传递
- 基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法被引量：3
- 2007年
- 多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优。
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新张雯
- 关键词：RNA二级结构
- 基于并行的同源RNA序列快速搜索算法
- cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围。文章基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的通信和负载平衡问题进行了优化。...
- 严繁妹骆志刚管乃洋丁凡王金华
- 关键词：同源RNA序列并行化
- 文献传递
- 一种新的非编码RNA基因识别模型
- 本文介绍了上下文相关的隐Markov模型的概念,并在此基础上提出了一种新的基于比较基因组的隐Markov模型,以用于非编码RNA基因的识别。
- 管乃洋骆志刚严繁妹张雯王金华
- 关键词：基因测序基因识别
- 文献传递
