靳新
- 作品数：9 被引量：6H指数：2
- 供职机构：国防科学技术大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金湖南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学一般工业技术更多>>
- 多序列比对软件T-Coffee的并行化设计与实现
- T-Coffee是广泛用于核酸或氨基酸的多序列比对工具.它通过生成基本信息库,扩展库,生成指导树,渐近式比对四个阶段来完成多序列的比对.本文分析了T-Coffee串行算法及其复杂度,并提出了基于SMP机的并行化版本.我们...
- 靳新骆志刚王金华张雯
- 文献传递
- 基于迭代策略的多序列比对算法研究
- 多序列比对是生物信息学的核心研究内容之一。通过多序列比对,生物学家可以进行系统发育分析、蛋白质家族构建、RNA、蛋白质的结构预测等,有助于进行更准确的深入分析。多序列比对问题的高计算复杂性,决定了它不能使用标准动态规划算...
- 靳新
- 关键词：生物信息学并行计算
- 一种基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法
- 多数RNA分子的结构在进化申是高度保守的，其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题，很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。本文提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分...
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新张雯
- 文献传递
- 基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法被引量：3
- 2007年
- 多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优。
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新张雯
- 关键词：RNA二级结构
- 剪接比对软件sim4的并行化研究与实现
- 2006年
- 随着人类基因组测序的完成,将序列比对到基因组序列之上成为研究序列功能结构的一种重要方法。sim4程序是目前比较流行的序列剪接比对工具之一。但在全基因组范围内进行比对时程序花费时间较长,文章讨论了不同的并行化方案并对sim4程序进行了优化及并行化,实验测试证明该方法可获得较好的运行性能。
- 张雯骆志刚赵翔王金华靳新
- 关键词：数据划分并行化
- RNA二级结构预测中协变信息的检测
- 实现了一种RNA二级结构预测中协变信息检测的方法。该方法利用的是建立在进化树上的马尔可夫概率模型。它充分挖掘了序列的进化信息,是一个比较合理地反映两序列间进化关系的模型。
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- 文献传递
- 剪接比对软件sim4的并行化研究与实现
- 随着人类基因组测序的完成,将序列比对到基因组序列之上成为研究序列功能结构的一种重要方法。sim4 程序是目前比较流行的序列剪接比对工具之一。但在全基因组范围内进行比对时程序花费时间较长,文章讨论了不同的并行化方案并对si...
- 张雯骆志刚赵翔王金华靳新
- 关键词：数据划分并行化
- 文献传递
- 多序列比对软件T-Coffee的并行化设计与实现被引量：2
- 2008年
- T-Coffee是广泛用于核酸或氨基酸的多序列比对工具。它通过生成基本信息库,扩展库,生成指导树,渐近式比对四个阶段来完成多序列的比对。分析了T-Coffee串行算法及其复杂度,并提出了基于SMP机的并行化版本。目标是使其充分并行化,实验结果表明它明显的提高了性能,并得到了很好的相对加速比。
- 靳新骆志刚蒋晓舟王金华张雯
- microRNA靶标研究进展
- microRNA(miRNA)是一类重要的短小非编码RNA,在后生代的动植物中起着广泛的基因调节功能,识别miRNA的靶标是认识其调节功能的关键。本文回顾了miRNA特征和作用机制,并重点
- 靳新骆志刚王金华管乃洋
- 文献传递
