代航 作品数:10 被引量:30 H指数:3 供职机构: 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 更多>> 发文基金: 国家科技重大专项 国家自然科学基金 国家重点基础研究发展计划 更多>> 相关领域: 医药卫生 更多>>
模拟粪便标本单增李斯特菌和伊氏李斯特菌TaqMan双重实时荧光定量-聚合酶链反应检测方法 被引量:3 2014年 目的建立一种TaqMan双重实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time PCR),用于模拟粪便标本中单增李斯特菌和伊氏李斯特菌的快速检测。方法以单增李斯特菌特异基因hly和伊氏李斯特菌特异基因smcL作为靶基因,合成2对引物和其相应的荧光探针,制作标准曲线,建立从模拟粪便标本中直接检测单增李斯特菌和伊氏李斯特菌的TaqMan双重real-time PCR。利用李斯特菌属中其他种李斯特菌及常见致病菌验证引物、探针的特异性;通过制备模拟粪便标本并对其进行二次增菌后,分别提取DNA,采用TaqMan双重real-time PCR进行检测,以达到快速检测单增李斯特菌和伊氏李斯特菌的目的。结果采用本研究建立的TaqMan双重real-time PCR对模拟粪便标本的检测结果显示特异性良好,与其他种李斯特菌和其他病原菌均无交叉反应。模拟粪便标本中单增李斯特菌和伊氏李斯特菌的检测下限分别为2.45×103cfu/g和2.92×103cfu/g;模拟粪便标本在3 h内可得出检测结果,当模拟粪便标本中单增李斯特菌含量为6 cfu/g和伊氏李斯特菌含量为5 cfu/g时,经过增菌后使用双重real-time PCR可检测出阳性结果。结论本研究建立了以单增李斯特菌的特异基因hly和伊氏李斯特菌的特异基因smcL为靶基因的TaqMan双重realtime PCR检测方法,该方法具有特异性好、敏感性高、快速易操作等优点,可用于临床、食品及环境标本的快速诊断,以及我国人群中单增李斯特菌和伊氏李斯特菌的携带或感染状况的调查分析。 许华青 王艳 王毅 代航 王和 叶长芸关键词:单增李斯特菌 中国部分食品来源单增李斯特菌中致病相关基因的分布研究 被引量:7 2013年 目的了解中国食品来源部分单增李斯特菌(Listeria monocytogences,LM)中致病相关基因的分布情况。方法 383株LM分离自2002-2011年中国14省(市)的生肉、熟食、蔬菜、冷饮、水产等食品。采用PCR(polymerase chain reaction)和DNA打点杂交方法在单增李斯特菌中进行了55个致病相关基因的检测。结果 50个致病相关基因检出率均为100%,inlF、fbpA和mprF基因检出率为99.73%,aut基因检出率为99.22%(380/383),vip基因检出率为98.17%(376/383)。结论 383株食品来源单增李斯特菌中,大部分致病相关基因均存在,部分毒力基因的缺失存在多样性。 贺春月 王艳 王天姝 叶正兴 代航 许柯 俞骅 汪永禄 张兰荣 王连秀 曾莹春 许学斌 王红 陈伟伟 冉陆 姚颖波 王和 叶长芸关键词:单增李斯特菌 致病相关基因 聚合酶链反应 一株同时携带SGI1和SXT/R391耐药基因岛的奇异变形杆菌 被引量:1 2019年 目的分析1株人源奇异变形杆菌CA151922的2个耐药相关基因岛SGI1和SXT/R391的基因结构和耐药基因。方法聚合酶链式反应(PCR)检测SGI1和SXT/R391基因岛特异性整合酶基因,采用二代测序方法测定CA151922基因组。分别以SGI1和SXT/R391基因岛的参考序列,从基因组序列中提取基因岛片段并组装。在线预测并注释开放读码框(ORFs)。基因岛的同源序列通过在线工具BLASTn获得,采用cd-hit获得非冗余的同源基因,利用R语言构建同源基因的聚类进化关系树。利用微量肉汤稀释法进行耐药表型检测。结果奇异变形杆菌CA151922同时含有SGI1(SGI1-B)和SXT/R391(ICEPmi Jpn1)2个耐药相关基因岛。SGI1-B和ICEPmi Jpn1与已知序列相似性分别为97%~99%和96%~99%。SGI1-B和ICEPmi Jpn1携带的耐药基因种类有所差异,但两者携带不同的编码β-内酰胺酶的基因。CA151922为多耐药菌株,耐药达18种,与基因岛耐药基因有关的耐药表型为氨苄西林和磺胺类药物,提示菌株耐药表型不完全由该耐药岛内的耐药基因决定。结论首次在奇异变形杆菌中发现,同时携带SGI1和SXT/R391耐药相关基因岛,增加了菌株耐药的复杂性和严重性,提示应加强对多耐药菌株耐药相关基因岛的监测。 肖桃 鲁炳怀 代航 蔡红艳 黄振洲 王多春关键词:奇异变形杆菌 2017年安徽省马鞍山市环境来源气单胞菌的分子特征和耐药分析 被引量:7 2019年 目的了解2017年安徽省马鞍山市环境来源气单胞菌的流行特征、毒力基因特征及耐药状况。方法 2017年对来自马鞍山市监测的海水产品、包装食品、生活用水、游泳池水样、食物中毒样本等进行气单胞菌分离检测,采用管家基因rpoD序列分析进行种水平鉴定,PCR检测气单胞菌6种毒力基因(Fla、Elastase、hlyA、ast、act和ascF-G)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型分析分子型别,药敏试验检测药物敏感性。结果共检测样品869份,气单胞菌检出率为7.6%(66/869),检出率最高的是农村生活用水、食物中毒样品和海水产品。66株气单胞菌分为7个种,最多的种是维氏气单胞菌(36.4%,24/869)、嗜水气单胞菌(19.7%,13/869)和简氏气单胞菌(19.7%,13/869)。64株气单胞菌携带至少1种毒力基因,Fla和act总检出率最高(53.1%),Fla在豚鼠气单胞菌中检出率最高(83.3%),act在嗜水气单胞菌检出率最高(69.2%)。66株气单胞菌分为64个PFGE带型,表现为多样性。药敏实验显示,气单胞菌对头孢替坦等7种抗生素100%敏感,对头孢唑啉等5种抗生素部分敏感(耐药率1.5%~21.2%),而对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦的耐药率均高达90.0%。结论 2017年马鞍山地区气单胞菌污染较为严重,携带较高比例的多种毒力基因,并且对多种抗生素耐药性较高,应该加强对气单胞菌及其耐药性的监测。 汪永禄 黄振洲 王利 王蓉 代航 蔡红艳 杜小莉 王多春关键词:气单胞菌 分子特征 药物敏感性 基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析 被引量:6 2021年 目的构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异。方法利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)、Tajima检验进行基因多态性分析。用MEGA 6.06软件的邻接距离矩阵法对90株测试菌株和54株模式菌株构建16S rRNA和gyrB基因的进化树。用MEGA 6.06软件的Kimura’s 2-parameter模型,确定90株测试菌株的菌种后,计算16S rRNA和gyrB基因的遗传距离和序列相似性。比较两者对施万菌种水平鉴定能力差异。结果16S r RNA和gyr B基因序列相似性平均值分别为95.0%、80.8%。在16S r RNA基因进化树中,S.marinintestina和S.sairae、S.livingstonensis和S.vesiculosa的进化分支几乎完全相同,gyrB基因则能在种水平将所有菌株区分开。16S rRNA基因的种内和种间相似性范围小。结论与16S rRNA基因相比,gyrB基因能够更准确的用于施万菌的种水平鉴定。 蔡红艳 方玉洁 于可艺 黄振洲 代航 王多春关键词:GYRB 鉴定单增李斯特菌4b血清型亚型的多重PCR方法的建立 被引量:1 2014年 目的利用多重PCR(multiplex PCR)技术,建立针对单增李斯特菌4b血清型亚型(ECI、ECII、ECIV、non-EC)的鉴定方法。方法以LMOf2365_2798、LMOh7858_0487、ORF2110和gtcA作为靶基因设计引物,建立同时鉴别ECI、ECII、ECIV、non-EC的多重PCR反应体系,并对16株4b血清型单增李斯特菌进行亚型鉴定。结果 16株4b血清型单增李斯特菌可用本方法进行分型:其中ECI亚型11株,ECII亚型1株,ECIV亚型2株,非流行克隆群(non-EC)2株。结论本方法能准确鉴定单增李斯特菌4b血清型菌株的4个亚型,可用于食品、临床标本的病原学诊断和疫情暴发的溯源调查。 王毅 王艳 叶正兴 代航 王天殊 贺春月 许华青 叶长芸关键词:单增李斯特菌 多重PCR 鉴定单增李斯特菌四个进化家系及两个亚系的多PCR方法的建立(英文) 被引量:3 2013年 目的利用多重PCR(multiplex PCR)技术,建立针对单增李斯特菌4个进化家系(LineageⅠ、LineageⅡ、LineageⅢ、LineageⅣ)及2个亚系(LineageⅢA、LineageⅢC)的鉴定方法。方法以InlA、Lmo0733、Lmo0038、Lmo0735和LmaA作为靶基因设计引物,建立同时鉴别LineageⅠ、LineageⅡ、LineageⅢA、LineageⅢC和LineageⅣ菌株的多重PCR反应体系,并对387株单增李斯特菌进行了所属进化家系及亚系的鉴定。结果 387株单增李斯特菌可用本方法进行所属家系和亚系的分型,包括LineageⅠ246株、LineageⅡ123株、LineageⅢA 4株、LineageⅢC 13株和LineageⅣ1株。结论本方法能准确鉴定单增李斯特菌的4个进化家系及2个亚系的菌株,可用于食品、临床标本中单增李斯特菌的病原学诊断和疫情暴发时的溯源调查。 王毅 王艳 叶正兴 马爱静 代航 许华清 李东迅 叶长芸关键词:单增李斯特菌 多重PCR 某屠宰场猪粪便中单增李斯特菌携带调查 2014年 为了初步探索猪的李斯特菌携带情况以及屠宰加工环境中污染的可能性,并进一步对分离到的单增李斯特菌进行分型分析,以了解其分子流行病学特征,为预防控制食源性李斯特菌病提供参考。2011年3月至2012年2月每月月初定点采集某一屠宰场的猪粪便标本和加工场所环境水样标本,进行李斯特菌的病原学分离,对分离到的单增李斯特菌进行血清分型、多位点序列分型(MLST)和脉冲场电泳分型(PFGE)分析。1322份猪粪便标本和104份环境标本中,共分离到7株单增李斯特菌、56株无害李斯特菌。5株单增李斯特菌属于1/2c血清型(ST9型),1株1/2a血清型(ST199型),1株1/2b血清型(ST5型)。4株1/2c型菌株具有完全相同的PFEG带型,与另外1株1/2c型菌株具有相似带型,而与其他2株菌株(分别为1/2a型和1/2b型)的带型具有较大差异。猪的单增李斯特菌携带率较低,但存在污染加工环境的可能性,进而导致生猪肉食品受到污染。对屠宰及加工场所采取有效的消毒灭菌措施能够避免单增李斯特菌的污染和传播。 刘凯 王艳 王天姝 贺春月 代航 于波 袁雪娇 叶正兴 王毅 许华青 孟双 叶长芸关键词:单增李斯特菌 分子分型 中国福氏志贺菌优势序列型ST91获得SRL和Tn7多重耐药岛分析 2014年 目的分析中国福氏志贺菌优势序列型ST91(sequence type 91)中志贺菌耐药岛(Shigella resistance locus,SRL)和Tn7耐药岛的分布及变化情况。方法对包括14种血清型(1a[7株],1b[1株],1d[1株],2a[5株],2b[1株],3a[3株],3b[1株],4a[1株],4av[1株],4b[1株],X[9株],Xv[25株],Y[2株]和Yv[1株])和7种ST型(ST91[50株],ST109[1株],ST18[3株],ST142[1株],ST143[1株],ST103[2株],ST16[1株])的59株中国福氏志贺菌基因组中SRL、Tn7耐药岛的编码基因及核酸序列进行分析,并与参考菌株2002017和YSH600的SRL和Tn7岛进行比较。结果所有50株中国分离的福氏志贺菌ST91菌株,1株ST109和1株ST142菌株均携带SRL和Tn7岛。1株ST18菌株仅携带2个耐药岛的3个耐药基因。其他ST型菌株均未发现耐药岛。与参考菌株2002017相比,9株ST91菌株的SRL耐药岛发生了插入或缺失。其中,7株ST91菌株缺失了编码四环素耐药性的tet基因;1株ST91菌株缺失了编码β-内酰胺酶的oxa-1和编码氯霉素乙酰转移酶的cat基因;1株ST91的SRL岛上插入了1个编码广谱β-内酰胺酶的blaTEM-1基因。所有50株ST91、1株ST109和1株ST142菌株携带的Tn7岛的核酸序列和编码基因与参考菌株相比未发现差异。结论福氏志贺菌ST91型中国分离菌株均携带SRL和Tn7耐药岛。在SRL岛上发生了基因的插入和缺失。处于进化早期的ST18菌株,在获得耐药岛的过程中可能发挥了重要作用。 张楠 孙强正 王建平 代航 徐建国关键词:福氏志贺菌 麦氏弧菌多位点序列分型方法的建立与应用 被引量:2 2020年 目的建立针对麦氏弧菌的多位点序列分型(MLST)方法,评价该方法的分型效果,并对收集的麦氏弧菌进行MLST分析。方法筛选出7个管家基因(ftsZ、gapA、mreB、gyrB、purM、recA、ropA),设计特异引物,在17株麦氏弧菌中PCR扩增管家基因序列。用DnaSP 6.12.03软件和Split tree 4.0软件评价基因多态性、中性进化和基因重组情况;根据7个管家基因的序列差异获得对应的序列分型(ST)型别,用BioNumerics 7.1软件对不同ST型别构建最小生成树和聚类图,并用eBURST 3.0软件计算克隆复合体(CCs)。结果所选的管家基因具有足够多的等位基因位点、序列差异和足够高的分辨率;7个管家基因的Split tree对所有麦氏弧菌的聚类一致;中性试验结果显示,7个管家基因在进化过程中受遗传漂变的影响较小。MLST将17株麦氏弧菌分成14个ST型别,大多数菌株(64.70%)均单独形成一个ST型别,其中ST007形成了可能的优势克隆群。这些菌株之间存在相对较远的遗传距离,在垂直传播上呈现出潜在的地域聚集性。结论本研究建立的麦氏弧菌的MLST方法能分析麦氏弧菌的种群结构和遗传进化关系。 黄振洲 于可艺 代航 蔡红艳 徐潇 王多春关键词:麦氏弧菌 多位点序列分型 管家基因