高雷
- 作品数：4 被引量：14H指数：2
- 供职机构：中国科学院理论物理研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学更多>>
- 原核生物系统发生学与分类学的一致性:组份矢量树与原核生物分类系统的详尽比较被引量：3
- 2007年
- 截至2006年12月31日,NCBI共有432个原核生物的全基因组可供下载.基于这些数据,我们用组份矢量方法构建了原核生物的进化树.最新的《伯杰系统细菌学手册》的在线大纲体现了细菌学家的分类系统.我们对两者从各个分类单元、各个分支进行了详尽的比较.组份矢量方法所得到的亲缘树和伯杰分类系统在整体结构和绝大多数的细微分支上都相当一致.同时,两者的多数不同之处也已经在一定程度上为生物学家所知,从而为原核生物分类系统的修正提供了一定的启示.本文重点阐述两者之间分岐之处的生物学含义,而不再对居主导地位的相同之处做详细叙述.
- 高雷戚继孙健冬郝柏林
- 关键词：RRNA
- 冠状病毒和人类SARS病毒的分子亲缘关系研究被引量：9
- 2003年
- 组分矢量方法是一种从全基因组出发,研究物种亲缘关系的新方法。本文使用这一方法,通过对外类群的适当选取,研究包括SARS病毒的冠状病毒进化关系。SARS病毒作为一个单系,由于彼此之间的序列相似程度非常高,难以为其选取适当的外类群。我们利用核苷酸的突变计数来构造距离矩阵,并将其超度规化,在此基础上揭示SARS病毒自身的演变关系。本文采用了更多的序列和新的方法,反映了更为详细的冠状病毒进化关系,使得不同方法的比较成为可能,为冠状病毒进化关系的研究提供了新的视角。
- 高雷戚继戚继孙奕钢郝柏林
- 关键词：冠状病毒SARS病毒严重急性呼吸综合征分子进化
- 组分矢量方法(CVTree)的收敛性分析及其对病毒亲缘关系的应用
- 组分矢量方法是郝柏林小组发展的用于研究生物之间系统发育关系的新方法。它基于全基因组，避开了传统的联配方法。它已经成功的用到了原核生物、冠状病毒(包括人类SARS病毒)以及叶绿体的进化研究中。为了进一步理解和探究该方法的理...
- 高雷
- 关键词：系统发育
- 寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究被引量：2
- 2005年
- 在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量),根据密码子的GC含量对氨基酸对应密码子构建了粗粒化向量。比较了融合JensenShannon离散量、JensenRenyi离散量、αKL离散量和αJensenShannon离散量等不同向量所获得的精度,结果表明,在对水稻基因编码区‘终止子’的识别效率上,构建的密码子粗粒化向量融合新引进的度量方法比Bernaola等人的方法(2000)提高了4～5倍。
- 孙奕钢高雷张忠华薛庆中
- 关键词：编码区水稻
