杨剑
- 作品数：27 被引量：78H指数：6
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院病原生物学研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划国际科技合作与交流专项项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学更多>>
- 一种结核病疫苗候选组分以及含有该组分的疫苗
- 本发明属于免疫学和分子生物学领域，涉及一种结核病疫苗候选组分以及含有该组分的疫苗。本发明还涉及一种诊断结核病的分子标记物。具体地，本发明涉及蛋白MYVA_1927在制备治疗和/或预防结核病的药物或者抑制结核分枝杆菌的药物...
- 金奇郑建华张笑冰陈丽宏杨剑刘立国
- 文献传递
- 酮古龙酸菌WB0104的全基因组分析被引量：11
- 2006年
- 酮古龙酸菌(Ketogulonigenium sp)可以将L-山梨糖转化为维生素C的前体2-酮基-L-古龙酸,具有重要的工业应用价值．酮古龙酸菌WB0104基因组由一长度为2765030 bp的环形染色体和2个环状质粒(267968和242707 bp)组成,染色体的(G+C)含量为61．69%,含2727个可读框(open reading frames,ORF),它的复制、转录和翻译以及碳水化合物和能量代谢系统是完整的,而修复系统不完全．WB0104中有640个左右的预测ORFs属于转运蛋白,占总预测基因数的四分之一左右,远远高于目前已知的其他细菌,推测与其适应土壤环境因素有关．
- 杨帆贾茜熊朝晖张笑冰吴洪涛赵颖杨剑朱俊萍董杰薛颖孙立连沈岩金奇
- 关键词：基因组
- 福氏2a志贺氏菌301株基因组水平的缺失基因分析被引量：5
- 2003年
- 在完成福氏2a志贺氏菌 301株全基因组序列测定工作的基础上, 以非致病性大肠杆菌K12 MG1655株的全基因组序列为参比对象, 进行比较基因组学分析. 结果显示, 与大肠杆菌基因组相比, 福氏2a志贺氏菌 301株基因组中共有136个长度大于1000 bp的片段缺失, 总长为717253 bp. 这些缺失片段中共包含670个可读框(ORF). 通过对ORFs编码产物的功能预测和分析, 发现这些缺失的ORFs主要编码与细菌代谢相关的酶类、结构蛋白、基因转录调控因子以及与细菌遗传物质水平转移相关的元件. 这不仅从全基因组水平揭示了两种具有不同生物学特性和表型的重要肠道细菌的分子差异, 而且为进一步探索其生理活动过程、致病机制以及肠道细菌间的进化等诸方面的问题提供了有价值的线索.
- 张笑冰刘红杨帆杨剑薛颖董杰孙立连杨国威朱俊萍楚雍烈金奇
- 关键词：比较基因组学缺失基因细菌性痢疾
- 红色毛癣菌部分表达序列标签的分析被引量：9
- 2004年
- 红色毛癣菌是最常见和流行范围最广的一种浅部致病真菌.在构建红色毛癣菌cDNA文库的基础上,获得4002条ESTs.与GenBank数据库中的序列同源性比较表明,其中30%(1226条)与其他生物已知功能的基因产物具有不同程度的同源性,24.81%(989条)仅得到简单的功能提示,45.19%(1787条)与目前已知的任何蛋白质都没有显著同源性,为全新的未知功能基因.对一些与红色毛癣菌生长代谢、信号传导、致病和耐药相关的重要功能基因做了初步分析,阐明了红色毛癣菌的部分重要代谢途径,为进一步探索其生理过程、致病和耐药机理,寻找新的药物靶标提供了重要的分子基础和线索.
- 马骊王玲玲冷文川杨剑朱俊萍董杰薛颖万哲李若瑜金奇
- 关键词：红色毛癣菌功能基因组CDNA文库表达序列标签药物靶标致病真菌
- 生物信息学在新发再发传染病研究中的应用
- 生物信息学是对各种高通量生物学数据进行整合、管理、挖掘和阐释的一门新兴的交叉学科。生物信息学是从海量数据中获取有效信息必不可少的支撑技术。在国际国内的几次重大新发再发传染病疫情及相关研究中，生物信息学在病原体鉴定、溯源和...
- 杨剑
- 关键词：生物信息学传染病进化分析宏基因组学
- 鼠类和蝙蝠病毒组比较分析和数据平台构建
- <正>近年来造成重大传染病疫情的新发病毒几乎均为动物源性。鼠类(咧齿目)和蝙蝠(翼手目)作为地球上种群最大的两类哺乳动物,由于具有分布广、种类多且与人类和家畜接触密切等特点,可能是多种人类病毒的天然宿主和储存宿主。事实上...
- 陈立宏刘博吴志强金奇杨剑
- 文献传递
- 两株刚果红结合突变型志贺菌大质粒全基因组比较研究
- 2005年
- 对福氏志贺菌(Shigellaflexneri)5型及志贺氏志贺菌(Shigelladysenteriae)1型两株与刚果红结合突变菌株的大质粒pSF5及pSD1进行了全基因组测序及分析.pSF5全长136694bp,包含165个ORFs,其中133个功能明确,32个功能未知.pSD1全长182726bp,共有224个ORFs,其中181个功能明确,43个功能未知.pSF5中IS序列为53787bp,pSD1中为49616bp,分别占整个基因组的39.3%,27.2%.二者中共有22种不同类型的IS出现,其中ISEc8,ISSbo6在志贺菌大质粒中为首次报道.与pCP301相比,pSF5和pSD1都发生了大范围基因缺失,并在多处发生基因片段倒置等现象.pSF5中除与侵袭相关ipa-mxi-spa基因岛完全缺失外,与O-抗原生物合成密切相关的shf-rfbU-msbB基因也部分缺失,而在pSD1中上述基因则完整存在,但pSD1中与侵袭基因表达调控相关的virF基因缺失.结果表明,在pSF5和pSD1中与侵袭相关的调控因子及侵袭基因的缺失是导致刚果红结合突变的原因之一,但是否是唯一的原因还需进一步的验证.
- 唐旭东熊朝晖杨帆张笑冰杨剑陈立宏聂桓燕永亮江艳王璟薛颖徐星烨朱亚芳董杰安黎哲王勋陵金奇
- 关键词：刚果红基因组比较突变型质粒
- 志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群基因组组成与进化分析被引量：1
- 2005年
- 利用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)对志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群共18个血清型代表菌株的基因组结构组成进行比较分析,结果显示,该亚群基因组的“共有骨架”包含2552个与非致病性大肠杆菌K12同源的ORFs.比对K12基因组,该亚群所有菌株基因组共同缺失ORFs为199个,主要涉及外膜蛋白编码基因和O-抗原合成相关基因,而属于亚群特异性的ORFs主要以噬菌体基因和未知功能ORFs为主,一些参与铁离子代谢、运输和Ⅱ型分泌系统基因在大多数的鲍氏菌株中存在.以比较基因组杂交法得到的进化分析显示:鲍氏亚群18个血清型代表菌株可分为4组,其中13型与其他菌株有较大的差异.这种分组结果与某些代谢相关的基因分布情况存在对应关系.通过对该亚群“共有骨架”、缺失基因和株特异基因,以及进化分类等方面的分析,以期探索该亚群基因组的进化规律,并为志贺氏菌属鲍氏亚群的致病机理、疫苗研制和药物开发等方面的研究提供重要线索.
- 张笑冰王璟彭俊平杨娥宾文杨剑董杰孙立连徐星晔金奇
- 关键词：比较基因组杂交比较基因组进化分析志贺氏菌亚群
- 红色毛癣菌孢子期与萌芽期基因表达比较分析被引量：3
- 2007年
- 红色毛癣菌(Trichophyton rubrum)是最常见和流行范围最广的一种浅部感染真菌,它的孢子萌发是和致病密切相关且非常重要的发育过程.为研究出芽时生理、生化以及细胞学方面的改变,从红色毛癣菌cDNA文库中选取了3364条有明确功能注释的表达序列标签(ESTs)制备了cDNA芯片,对孢子期及萌芽期进行了基因表达变化的研究.数据分析表明,孢子萌发过程中有335个基因表达上调,主要是翻译、修饰蛋白及结构蛋白.细胞壁和细胞膜组分大量合成,暗示它们是细胞形态发生的基础.二组分信号转导系统的组成部分表达上调,推测它可能在红色毛癣菌孢子萌发过程中起着重要作用.各种代谢途径表达旺盛,特别是参与糖酵解和氧化磷酸化的基因基本都上调,说明在氧气和葡萄糖充足的环境下,孢子主要通过有氧呼吸获得能量.本研究对了解红色毛癣菌孢子萌发过程中基因表达的变化及其信号转导和代谢特点提供了重要线索,对其他浅部真菌的研究也具有重要意义.
- 杨莉王玲玲彭俊平于录刘涛冷文川杨剑陈立宏张文亮张骞齐义鹏金奇
- 关键词：孢子CDNA芯片基因表达
- 联合固氮施氏假单胞菌A1501功能基因组学研究
- @@固氮施氏假单胞菌A1501基因组是一个长度为4.56 Mb的环状染色体，没有发现质粒。在该菌基因组编码的4146个基因中，大约aooo个基因可以在其他5株己完成基因组测定的假单胞菌中找到同源基因。基因组分析鉴定了一个...
- 燕永亮杨剑王瑞韩云蕾平淑珍王忆平金奇Claudine Elmerich林敏
- 关键词：功能基因组学
- 文献传递
