董杰
- 作品数：11 被引量：76H指数：5
- 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病毒基因工程国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划国际科技合作与交流专项项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 一种从感染的培养细胞中分离细菌RNA的方法被引量：5
- 2004年
- 病原菌全基因组表达谱研究是阐明其致病机理的必要的基础 ,已经成为当前生命科学领域的热点和重点 ;然而由于难于从感染的组织中快速固定并分离细菌RNA ,从而极大的制约了该研究的进展。介绍一种从感染的细胞中分离细菌RNA的方法———冷酸酚法 ,其主要特点是 :(1)使用可以破碎真核细胞但不影响细菌细胞完整性的SDS浓度 ,实现了从感染的细胞中快速分离完整的细菌 ,减少了宿主细胞RNA的污染 ;(2 )在将细菌从细胞中分离的同时即利用苯酚 乙醇混合液将其总RNA快速固定 ,既减少了RNA的降解 ,又最大限度地保持了细菌在哺乳细胞内原有的表达模式 ;(3)可以从 10 8个菌体中提取到至少 30 μg的总RNA ,足够用于反转录等其他研究。该方法将为利用DNAMicroarray技术进行的病原菌表达谱研究提供有益的借鉴。
- 刘红董杰刘墨青金奇
- 关键词：志贺氏菌RNA提取
- 福氏2a志贺氏菌sitC插入突变体的构建、检测及微阵列分析被引量：1
- 2005年
- 针对在低拷贝自杀质粒pCVD442中难以进行基因操作的缺陷,将Gateway技术应用在基因敲除前期的重组质粒构建过程.应用这一改进的系统构建了福氏2a志贺氏菌301株转铁相关基因sitC的插入突变体MTS.对突变体分别在培养基、细胞和动物实验水平进行了功能检测, 并利用芯片技术进行了限铁条件下突变体和野生型菌株的表达谱比较.结果显示,在添加150 μmol/L铁螯合剂DIP(2,2’-dipyridyl)条件下,MTS生长水平明显低于野生株,补加铁离子或锰离子可使突变株生长回复到丰富培养基条件下的生长水平;在HeLa细胞和U937细胞的胞内存活增殖能力和胞间扩散能力以及豚鼠角膜结膜炎实验中,MTS没有显现出明显的毒力改变,但在HeLa细胞侵袭过程中添加65 μmol/L 的DIP,MTS的胞内存活增殖能力和Sf301相比下降了51.6%.限铁条件下的表达谱结果表明,整体上MTS对缺铁变化比Sf301更敏感,上调的基因比野生株多106个,主要涉及膜转运、氨基酸代谢和功能未分类基因,而下调基因中参与能量代谢和碳水化合物代谢的较多.缺铁条件下,已知的转铁相关基因普遍上调,且MTS中上调的基因数目及上调幅度要高于Sf301.此结果再次证实了Sit铁转运系统对志贺氏菌生长的重要性.
- 刘墨青刘红孙立连董杰薛颖陈淑霞金奇
- 关键词：志贺氏菌福氏2A增殖能力缺铁
- 志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群基因组组成与进化分析被引量：1
- 2005年
- 利用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)对志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群共18个血清型代表菌株的基因组结构组成进行比较分析,结果显示,该亚群基因组的“共有骨架”包含2552个与非致病性大肠杆菌K12同源的ORFs.比对K12基因组,该亚群所有菌株基因组共同缺失ORFs为199个,主要涉及外膜蛋白编码基因和O-抗原合成相关基因,而属于亚群特异性的ORFs主要以噬菌体基因和未知功能ORFs为主,一些参与铁离子代谢、运输和Ⅱ型分泌系统基因在大多数的鲍氏菌株中存在.以比较基因组杂交法得到的进化分析显示:鲍氏亚群18个血清型代表菌株可分为4组,其中13型与其他菌株有较大的差异.这种分组结果与某些代谢相关的基因分布情况存在对应关系.通过对该亚群“共有骨架”、缺失基因和株特异基因,以及进化分类等方面的分析,以期探索该亚群基因组的进化规律,并为志贺氏菌属鲍氏亚群的致病机理、疫苗研制和药物开发等方面的研究提供重要线索.
- 张笑冰王璟彭俊平杨娥宾文杨剑董杰孙立连徐星晔金奇
- 关键词：比较基因组杂交比较基因组进化分析志贺氏菌亚群
- 斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501反硝化相关基因结构及功能分析被引量：10
- 2005年
- 在A1501株的基因组上鉴定了4个反硝化相关的基因簇:nar,nir,nor和nos,共40个基因,基因的转录产物与其他种群中物质运输、基因调控以及还原酶类蛋白高度同源.nir,nor和nos基因簇在染色体上位置靠近,与nar基因簇相隔较远.与其他反硝化细菌比对的结果表明,A1501株中的40个反硝化基因组成了一套完整的反硝化催化系统.在A1501株中,该系统有以下特点:(ⅰ)nar基因簇中,narK基因只发现一个拷贝.(ⅱ)在narK与narG之间有一个narM基因.(ⅲ)在narX,narL基因的下游鉴定了两个基因dnrE和orf1,其中dnrE基因是一个属于FNR家族的转录因子.(ⅳ)A1501株中nir基因有16个,是所有已知反硝化细菌nir基因数量最多的.(ⅴ)在A1501株中,同时也是在假单胞杆菌属中首次报道norR基因.(ⅵ)nos基因簇相对保守,无论在基因组成还是排列方式与参照的菌株都完全一致.
- 燕永亮杨剑陈立宏杨帆董杰薛颖徐星晔朱雅芳姚志健林敏王忆平金奇
- 关键词：基因组成基因数量FNR
- 痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析被引量：20
- 2002年
- 福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中
- 刘红杨帆张笑冰张继瑜杨国威董杰薛颖侯云德袁正宏闻玉梅徐建国陈洪松马大龙王宇杨剑沈岩强伯勤吴洪涛贺秉坤吕渭川金奇
- 关键词：全基因组序列痢疾杆菌
- 酮古龙酸菌WB0104的全基因组分析被引量：11
- 2006年
- 酮古龙酸菌(Ketogulonigenium sp)可以将L-山梨糖转化为维生素C的前体2-酮基-L-古龙酸,具有重要的工业应用价值．酮古龙酸菌WB0104基因组由一长度为2765030 bp的环形染色体和2个环状质粒(267968和242707 bp)组成,染色体的(G+C)含量为61．69%,含2727个可读框(open reading frames,ORF),它的复制、转录和翻译以及碳水化合物和能量代谢系统是完整的,而修复系统不完全．WB0104中有640个左右的预测ORFs属于转运蛋白,占总预测基因数的四分之一左右,远远高于目前已知的其他细菌,推测与其适应土壤环境因素有关．
- 杨帆贾茜熊朝晖张笑冰吴洪涛赵颖杨剑朱俊萍董杰薛颖孙立连沈岩金奇
- 关键词：基因组
- 福氏2a志贺氏菌301株基因组水平的缺失基因分析被引量：5
- 2003年
- 在完成福氏2a志贺氏菌 301株全基因组序列测定工作的基础上, 以非致病性大肠杆菌K12 MG1655株的全基因组序列为参比对象, 进行比较基因组学分析. 结果显示, 与大肠杆菌基因组相比, 福氏2a志贺氏菌 301株基因组中共有136个长度大于1000 bp的片段缺失, 总长为717253 bp. 这些缺失片段中共包含670个可读框(ORF). 通过对ORFs编码产物的功能预测和分析, 发现这些缺失的ORFs主要编码与细菌代谢相关的酶类、结构蛋白、基因转录调控因子以及与细菌遗传物质水平转移相关的元件. 这不仅从全基因组水平揭示了两种具有不同生物学特性和表型的重要肠道细菌的分子差异, 而且为进一步探索其生理活动过程、致病机制以及肠道细菌间的进化等诸方面的问题提供了有价值的线索.
- 张笑冰刘红杨帆杨剑薛颖董杰孙立连杨国威朱俊萍楚雍烈金奇
- 关键词：比较基因组学缺失基因细菌性痢疾
- 红色毛癣菌部分表达序列标签的分析被引量：9
- 2004年
- 红色毛癣菌是最常见和流行范围最广的一种浅部致病真菌.在构建红色毛癣菌cDNA文库的基础上,获得4002条ESTs.与GenBank数据库中的序列同源性比较表明,其中30%(1226条)与其他生物已知功能的基因产物具有不同程度的同源性,24.81%(989条)仅得到简单的功能提示,45.19%(1787条)与目前已知的任何蛋白质都没有显著同源性,为全新的未知功能基因.对一些与红色毛癣菌生长代谢、信号传导、致病和耐药相关的重要功能基因做了初步分析,阐明了红色毛癣菌的部分重要代谢途径,为进一步探索其生理过程、致病和耐药机理,寻找新的药物靶标提供了重要的分子基础和线索.
- 马骊王玲玲冷文川杨剑朱俊萍董杰薛颖万哲李若瑜金奇
- 关键词：红色毛癣菌功能基因组CDNA文库表达序列标签药物靶标致病真菌
- 痢疾志贺氏菌亚群的比较基因组学研究与进化分析被引量：1
- 2005年
- 利用大肠杆菌K12MG1655株全基因组ORFs和痢疾志贺氏菌A1型Sd51197株特异性ORFs探针制备的芯片,研究了痢疾志贺氏菌13个血清型代表株的基因组组成.结果显示,该血清群成员的基因组中包含有2654个保守的源于大肠杆菌ORFs;共同缺失了219个涉及前噬菌体基因、分子伴侣、特异性O抗原合成等大肠杆菌原有的基因;并通过水平转移获得了一些特异性基因,如Ⅱ型分泌系统相关组分、铁转运相关因子等.根据基因组组成所作的进化树,发现A1,A2,A8和A10这四型菌与其他痢疾志贺氏菌亲源关系较远.研究所得结果为进一步深入探索痢疾志贺氏菌的生理过程、致病性和进化奠定了基础.
- 宾文杨娥彭俊平张笑冰王璟杨剑董杰楚雍烈张景海金奇
- 关键词：痢疾志贺氏菌比较基因组学进化分析亚群特异性基因进化树
- 两株刚果红结合突变型志贺菌大质粒全基因组比较研究
- 2005年
- 对福氏志贺菌(Shigellaflexneri)5型及志贺氏志贺菌(Shigelladysenteriae)1型两株与刚果红结合突变菌株的大质粒pSF5及pSD1进行了全基因组测序及分析.pSF5全长136694bp,包含165个ORFs,其中133个功能明确,32个功能未知.pSD1全长182726bp,共有224个ORFs,其中181个功能明确,43个功能未知.pSF5中IS序列为53787bp,pSD1中为49616bp,分别占整个基因组的39.3%,27.2%.二者中共有22种不同类型的IS出现,其中ISEc8,ISSbo6在志贺菌大质粒中为首次报道.与pCP301相比,pSF5和pSD1都发生了大范围基因缺失,并在多处发生基因片段倒置等现象.pSF5中除与侵袭相关ipa-mxi-spa基因岛完全缺失外,与O-抗原生物合成密切相关的shf-rfbU-msbB基因也部分缺失,而在pSD1中上述基因则完整存在,但pSD1中与侵袭基因表达调控相关的virF基因缺失.结果表明,在pSF5和pSD1中与侵袭相关的调控因子及侵袭基因的缺失是导致刚果红结合突变的原因之一,但是否是唯一的原因还需进一步的验证.
- 唐旭东熊朝晖杨帆张笑冰杨剑陈立宏聂桓燕永亮江艳王璟薛颖徐星烨朱亚芳董杰安黎哲王勋陵金奇
- 关键词：刚果红基因组比较突变型质粒
