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肽段-谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置: 本发明提出一种肽段‑谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置，包括：将待检测结果中图谱数据输入至开放式搜索引擎，得到待检测结果的鉴定结果；获取限定式搜索引擎对待检测结果的打分，得到第一分值，同时提取第一分值排前n名候...; 周文婧杨皓曾文锋张昆迟浩贺思敏; 文献传递

N-糖肽的规模化质谱解析方法进展被引量：5: 2016年; 蛋白质糖基化修饰的鉴定是蛋白质翻译后修饰分析中最具挑战性的任务之一,近几年尤其受到关注.快速发展的质谱技术为规模化的蛋白质糖基化修饰研究提供了有效的手段.与其他基于质谱技术的翻译后修饰鉴定相比,糖基化鉴定的难点在于糖链是大分子而且存在微观不均一性,另外糖链本身可以在串联质谱中碎裂且与肽段的碎裂规律不同,导致蛋白质组学的质谱解析方法和软件难以完整地鉴定肽段序列和糖链结构.完整N-糖肽的鉴定是糖基化分析的热点内容之一,针对N-糖肽的鉴定,近年来,人们开发了多种多样的质谱解析方法,其中包括用N-糖酰胺酶切除糖链后鉴定N-糖基化位点的方法、基于电子转运裂解的糖肽肽段鉴定、基于高能碰撞裂解与电子转运裂解联用或碰撞诱导裂解与三级谱联用的完整N-糖肽鉴定等等.本文对这些质谱解析方法进行了整理和综述,简要指出了目前完整糖肽鉴定软件存在的一些不足,展望了未来的发展方向.; 曾文锋张扬刘铭琪吴建强张晓今杨皓刘超迟浩张昆孙瑞祥杨芃原贺思敏; 关键词：糖肽糖基化质谱

pFind:蛋白质组海量质谱数据的深度解析系统: 质谱技术是蛋白质组学研究中样品分析的重要利器。然而,当前质谱数据的解析率水平仅有30%-50%,也就是说,至少有一半数据在采集之后被白白浪费[1,2]。质谱数据解析能力的不足也直接制约着蛋白质组信息的进一步挖掘。因此,我...; 迟浩曾文锋张昆杨皓刘超孙瑞祥贺思敏; 关键词：蛋白质组学质谱搜索引擎; 文献传递

肽段-谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置: 本发明提出一种肽段‑谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置，包括：将待检测结果中图谱数据输入至开放式搜索引擎，得到待检测结果的鉴定结果；获取限定式搜索引擎对待检测结果的打分，得到第一分值，同时提取第一分值排前n名候...; 周文婧杨皓曾文锋张昆迟浩贺思敏; 文献传递

pNovo:基于串联质谱的从头测序方法的研究: 利用串联质谱进行蛋白质鉴定通常有两大类方法:数据库搜索与肽段从头测序。从头测序方法不需要数据库的辅助,而是直接从谱图中推导出肽段序列[1,2]。理论上,如果一条肽段碎裂得比较充分,以至于质谱中存在它的所有或大多数碎裂位置...; 杨皓迟浩刘超张昆曾文锋孙瑞祥贺思敏; 关键词：串联质谱从头测序; 文献传递

蛋白质基因组学:运用蛋白质组技术注释基因组被引量：4: 2013年; 随着高通量DNA测序技术的飞速发展,越来越多的物种完成了基因组测序.定位编码基因、确定编码基因结构是基因组注释的基本任务,然而以往的基因组注释方法主要依赖于DNA及RNA序列信息.为了更加精确地解读完成测序的基因组,我们需要整合多种类型的组学数据进行基因组注释.近年来,基于串联质谱技术的蛋白质组学已经发展成熟,实现了对蛋白质组的高覆盖,使得利用串联质谱数据进行基因组注释成为可能.串联质谱数据一方面可以对已注释的基因进行表达验证,另一方面还可以校正原注释基因,进而发现新基因,实现对基因组序列的重新注释.这正是当前进展较快的蛋白质基因组学的研究内容.利用该方法系统地注释已完成测序的基因组已成为解读基因组的一个重要补充.本文综述了蛋白质基因组学的主要研究内容和研究方法,并展望了该研究方向未来的发展.; 张昆王乐珩迟浩卜德超袁作飞刘超樊盛博陈海丰曾文锋罗海涛孙瑞祥贺思敏谢鹭赵屹; 关键词：基因组注释蛋白质组学质谱技术

规模化蛋白质鉴定中母离子的准确检测技术研究被引量：1: 2013年; 蛋白质组学的基础研究之一是蛋白质鉴定.规模化的蛋白质鉴定通常采用"鸟枪法",即选择一些酶切肽段(母离子)碎裂生成二级谱图,通过二级谱图及其母离子质量鉴定肽段,再推断对应的蛋白质.在鉴定过程中,母离子质量是一个关键参数.母离子是否是肽段的单同位素峰决定了正确肽段是否能进入候选,母离子的质量精度决定了候选肽段的数目.本文从判断单同位素峰和系统误差校准这两个角度研究了母离子的准确检测技术.判断单同位素峰的技术在蛋白质上已有研究,包括电荷判断、单同位素峰判断和重叠同位素峰判断.可以借鉴蛋白质水平的技术研究母离子的单同位素峰判断方法.同时母离子的系统误差校准也有较为成熟的方法.这两个角度的研究有助于提高规模化蛋白质的鉴定率.; 袁作飞邬龙刘超迟浩樊盛博张昆曾文锋孙瑞祥贺思敏; 关键词：蛋白质组学蛋白质鉴定

蛋白质结构与相互作用研究新方法--交联质谱技术被引量：10: 2014年; 蛋白质的空间结构信息以及蛋白质间的相互作用信息对于研究蛋白质的功能有重要意义.研究蛋白质结构与相互作用的传统技术,如核磁共振技术、X射线晶体衍射技术等,对于蛋白质的纯度、结晶性和绝对量均有比较高的要求,限制了其广泛应用.交联质谱技术是近十多年来发展起来的新技术,它将质谱技术与交联技术相结合,在研究蛋白质结构与相互作用方面具有速度快、成本小、蛋白质各方面性状要求低等优势.本文就交联质谱技术各个环节的技术方法加以综述,包括交联质谱实验分离富集技术、常见交联剂特性、交联质谱数据库搜索算法、结果验证研究和交联质谱技术的应用等方面,并展望了该研究方向未来的发展.; 樊盛博吴妍洁杨兵迟浩孟佳明卢珊张昆邬龙孙瑞祥董梦秋贺思敏; 关键词：蛋白质结构蛋白质相互作用蛋白质组学质谱技术

pAnno:蛋白质基因组学自动化注释软件: 蛋白质基因组学[1]利用蛋白质组学串联质谱数据注释基因组,相比以往的基于基因组学和转录组学的基因组注释方法,在验证和校正已注释基因,发现新基因上具备独特的优势[2]。通过文献调研,我们发现蛋白质基因组学分析可大致划分成蛋...; 张昆迟浩刘超孙瑞祥徐平贺思敏; 关键词：质谱基因组注释结核分枝杆菌; 文献传递

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张昆