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孙瑞祥: 作品数：77 被引量：94H指数：6; 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学医药卫生更多>>

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代谢标记数据在蛋白质鉴定结果可靠性评估中的应用: 基于质谱技术的蛋白质鉴定是蛋白质组学研究的基础内容,而对定性结果进行质控是必不可少的关键环节。现在常用的质控方法是目标诱饵法(Target Decoy Approach,TDA)[1]。该方法通过统计来自诱饵库的鉴定结果...; 刘超迟浩曾文锋杨皓周文婧孙瑞祥贺思敏; 关键词：蛋白质组学质谱质控; 文献传递

一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统: 本发明涉及一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统，包括：将五糖核心中每个单糖作为一个节点，为各节点进行编号以明确节点所代表的单糖类别，根据各节点间的连接关系和编号，计算五糖核心中每个节点的正则表达式，并将所有正则表...; 张晓今曾文锋吴建强孙瑞祥贺思敏; 文献传递

一种蛋白质翻译后修饰的发现方法: 本发明提供一种蛋白质翻译后修饰的发现方法，包括：利用蛋白质样品的实验串联质谱数据中的肽色谱保留时间以及肽质量计算所有谱图之间的谱图差异向量；建立可能包含修饰质量的候选修饰质量区间；在每个所述的候选修饰质量区间上，估计所述...; 付岩贺思敏王海鹏孙瑞祥; 文献传递

pTop:整体蛋白质上的规模化鉴定算法: 目前,蛋白质鉴定广泛采用的方法是基于酶切肽段的串联质谱技术;最近五年多,高效的整体蛋白质分离技术和高分辨率的质谱技术的快速发展,使得研究人员开始采用基于整体蛋白质的串联质谱技术来鉴定蛋白质及其翻译后修饰[1,2]。相比于...; 孙瑞祥罗兰邬龙曾文锋迟浩刘超贺思敏; 关键词：TOP-DOWN 搜索引擎; 文献传递

一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统: 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，该方法包括：步骤1，用并行处理方法，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进...; 王乐珩王文平迟浩吴妍洁周郴付岩孙瑞祥贺思敏

N-糖肽的规模化质谱解析方法进展被引量：6: 2016年; 蛋白质糖基化修饰的鉴定是蛋白质翻译后修饰分析中最具挑战性的任务之一,近几年尤其受到关注.快速发展的质谱技术为规模化的蛋白质糖基化修饰研究提供了有效的手段.与其他基于质谱技术的翻译后修饰鉴定相比,糖基化鉴定的难点在于糖链是大分子而且存在微观不均一性,另外糖链本身可以在串联质谱中碎裂且与肽段的碎裂规律不同,导致蛋白质组学的质谱解析方法和软件难以完整地鉴定肽段序列和糖链结构.完整N-糖肽的鉴定是糖基化分析的热点内容之一,针对N-糖肽的鉴定,近年来,人们开发了多种多样的质谱解析方法,其中包括用N-糖酰胺酶切除糖链后鉴定N-糖基化位点的方法、基于电子转运裂解的糖肽肽段鉴定、基于高能碰撞裂解与电子转运裂解联用或碰撞诱导裂解与三级谱联用的完整N-糖肽鉴定等等.本文对这些质谱解析方法进行了整理和综述,简要指出了目前完整糖肽鉴定软件存在的一些不足,展望了未来的发展方向.; 曾文锋张扬刘铭琪吴建强张晓今杨皓刘超迟浩张昆孙瑞祥杨芃原贺思敏; 关键词：糖肽糖基化质谱

Open-pFind:新一代开放式搜索引擎显著提高肽段质谱鉴定率: 目前,蛋白质组学已经成为本世纪生命科学的研究重点[1]。其中,人们主要使用质谱技术对生物样品进行分析,基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学的核心技术[2]。尽管质谱仪和相关计算技术近年来发展迅速,但由于质谱数据的规...; 迟浩刘超杨皓曾文锋孙瑞祥贺思敏; 关键词：蛋白质鉴定; 文献传递

一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统: 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进行排序，并将...; 王乐珩王文平迟浩吴妍洁周郴付岩孙瑞祥贺思敏

基于质谱技术的计算蛋白质组学研究被引量：26: 2006年; 蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象,蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质.生物质谱技术已为蛋白质组学研究产生了大规模的质谱数据;而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质组的重要生物学知识为计算蛋白质组学的研究提出了重大需求,如蛋白质鉴定、翻译后修饰、定量分析,以及疾病模式的发现等.本文研究了如何应用计算技术来解决蛋白质组学研究中质谱信息处理的这几个关键问题.; 孙瑞祥付岩李德泉张京芬王晓彪盛泉虎曾嵘陈益强贺思敏高文; 关键词：质谱技术蛋白质鉴定生物信息学