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PCR指纹图谱技术在酸奶质量监测中的应用被引量：7: 2006年; 用PCR指纹图谱技术对市售某品牌酸奶进行了短期动态监测,对于收集的3个生产批次的9个酸奶样品,用ERIC(EnterobacterialRepetitiveIntergenicConsensus,肠杆菌基因间保守重复序列)-PCR和PCR-DGGE(DenaturingGradientGelElectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对其菌种组成及其稳定性进行评价。ER-IC-PCR指纹图谱聚类分析结果显示,同一生产批次内3个不同包装的样品ERIC-PCR指纹图谱相似性为90%左右,而不同生产批次样品之间ERIC-PCR指纹图谱相似性有所下降,为82%。该结果进一步用DGGE指纹图谱进行证实。DGGE分析结果表明,G2样品明显缺少一条主带,经割胶回收测序发现,这条主带代表的微生物是Lacto-bacillusdelbrueckiisubsp.Bulgaricus,说明该产品不同生产批次间的稳定性不是很好。DGGE图谱和测序结果还显示,除G2样品外,该酸奶样品的菌种组成与产品标签说明是一致的。; 李武赵勇王凌华张晓君赵立平; 关键词：酸奶 REPETITIVE INTERGENIC

分子生态学方法在微生物肥料质量监测中的应用被引量：4: 2006年; 应用PCR—DGGE技术对某微生物肥料的质量进行了跟踪监测，并结合分离培养和克隆文库分析对其菌种组成进行了检测。结果表明，同一生产批次3个不同包装样品的细菌和真菌DGGE（denaturing gradient gel eleetrophoresis）图谱相似性为80％-100％，3个不同生产批次之间DGGE图谱相似性为80％-88％，表明该微生物肥料的菌种组成的稳定性较好。但分离培养和克隆文库分析结果显示样品的菌种组成与产品标签说明之间存在较大差异。对于产品标注的6种微生物组成，只有Lactobacillus属的微生物可与之对应，其他检测到的Bacillus、Monascus、Brevibacillus、Psudomonas和Penicillium属的微生物并未包括在产品说明中。研究表明用分子生态学方法可以比较客观准确的对微生物肥料质量进行评估和峪测。; 李武王凌华赵勇张晓君潘迎捷赵立平; 关键词：微生物肥料

DNA指纹图技术分析微生物肥料菌种组成稳定性: 2005年; 目的分析2种市售微生物肥料在不同生产批次中微生物菌种组成的稳定性.方法利用ERIC-PCR基因组DNA指纹图技术和16S rDNA V3扩增一温度梯度凝胶电泳(PCR-TGGE)指纹图技术.结果这2种微生物肥料在同一个生产批次不同包装之间的2种DNA指纹图谱相似性较高,分别在78%～95%和96%～100%,表明同一个批次内的菌种组成比较一致.但其在不同的生产批次之间菌种组成差异存在显著性,反映在2种DNA指纹图谱上,不同生产批次样品间ERIC-PCR指纹图相似性最低只有10%,PCR-TGGE指纹图相似性最低为46%.结论通过ERIC-PCR和PCR-TGGE DNA指纹图技术可以对微生物肥料中菌种组成的稳定性进行快速、准确的分析,如何保持菌种组成在批次之间的稳定一致,是复合菌种微生物肥料质量控制中面临的难题.; 王凌华赵勇李武赵立平; 关键词：微生物肥料 ERIC-PCR DNA指纹图

秸秆还田后土壤微生物群落结构变化的初步研究被引量：45: 2005年; 通过实验室条件下的小麦秸秆粉和油菜秸秆粉的还土试验,结合常规的分析手段和基于DNA的分子技术(变性梯度凝胶电泳(DGGE)及测序技术),初步研究了秸秆粉还田后土壤物理化学特性及生物学特性的变化。结果表明,培养60d后,秸秆还田土壤的肥力明显提高,其纤维素酶活性明显增强。DGGE图谱表明,对照土壤(S)以及处理土壤(SW和SR),在培养过程中,β-Proteobacteria类细菌组成都在发生变化。对其中一个样品的DGGE条带进行了割胶测序,测序结果表明,大部分条带代表的微生物是未培养的或不可培养的。采用传统分离培养技术,从秸秆还田土壤中分离了2株纤维素降解菌。以上结果说明,秸秆还田具有良好的土壤综合效应。; 赵勇李武周志华张晓君潘迎捷赵立平; 关键词：秸秆纤维素酶活性变性梯度凝胶电泳纤维素降解菌

基于PCR-DGGE和克隆文库技术分析一种微生物肥料菌种组成: 微生物肥料中的微生物种类组成和生产菌种的确认是保证微生物肥料质量和影响微生物肥料使用效果的重要因素.由于用传统的分离计数技术无法满足对微生物肥料的微生物菌群结构进行快速、准确的评价和监控,本研究尝试用分子生物学的方法解决...; 李武赵立平龙炼孙玲生宋士良黄循一王凌华; 关键词：微生物肥料 PCR-DGGE 克隆文库; 文献传递

一种快速的酸奶质量跟踪监测检验新方法被引量：1: 2005年; 分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDNAV3区PCR-DGGE分析、DGGE图谱条带割胶回收测序等一套完整的检测评价方法,结合常规分离培养方法,对样品微生物组成及其稳定性进行跟踪监测。结果显示,所有供试样品在整个动态监测期内DGGE指纹图谱都出现2条带,显示其微生物组成比较稳定,割胶回收测序结果表明其微生物组成与厂家标注完全一致,分别为Lacto-bacillusdelbrueckiisubsp.bulgaricus(保加利亚乳杆菌)和Streptococcusthermophilus(嗜热链球菌)。分离计数结果表明前者比后者低3个数量级,二者的DGGE条带亮度也有显著差别。本研究用菌种组成及其稳定性两个指标对酸奶样品质量进行评价,建立了DGGE评价方法,结果表明,该技术可以作为酸奶质量控制和动态监测的快速简便的新方法。; 李武王凌华张晓君庞小燕赵立平赵勇; 关键词：酸奶 LACTOBACILLUS 指纹图谱技术

应用PCR-RFLP及PCR-TGGE技术监测农田土壤微生物短期动态变化被引量：25: 2005年; 在一块农田里于一个月内连续采集5次土样,提取土样微生物总DNA,应用PCR RFLP及PCR TGGE技术监测土壤微生物的动态变化。结果表明,细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR RFLP图谱在5个采样时间点上基本一致;细菌的PCR TGGE图谱平均有40条带,其相似性在90%以上,真菌的平均有20条带,其相似性在70%以上。说明这块农田土壤细菌区系短期内变化不大,而真菌区系存在较小幅度的动态变化,并且细菌多样性远远高于真菌多样性。比较两种分子生物学方法的结果表明,PCR TGGE技术比PCR RFLP技术更能精确地反映土壤微生物的动态变化,并且能同时快速地对多个样品进行有效区分。; 赵勇李武周志华潘迎捷赵立平; 关键词：土壤微生物 PCR扩增 RFLP分析

土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取被引量：86: 2005年; 建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。; 赵勇周志华李武刘彬彬潘迎捷赵立平; 关键词：PCR扩增限制性片段长度多态性分析

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李武

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