李婕 作品数:13 被引量:15 H指数:2 供职机构: 中国科学院上海有机化学研究所 更多>> 发文基金: 国家高技术研究发展计划 国家自然科学基金 “重大新药创制”科技重大专项 更多>> 相关领域: 医药卫生 理学 化学工程 自动化与计算机技术 更多>>
药物研发领域中的开放访问数据库 被引量:1 2015年 开放访问数据库的发展极大推动了各领域的科学研究.本文以药物研发的几个代表性阶段为主线,介绍了该领域涉及的一批主流开放数据库,旨在为读者描绘药物研发领域值得关注的信息资源.另外,本文介绍了本课题组开发的PDBbind-CN数据库的构建过程和基本内容,这是一个致力于收集生物大分子复合物结构和亲合性数据的开放访问数据库,在药物分子设计领域中得到了国内外同行的广泛应用. 刘志海 李婕 韩莉 李嫣 刘杰 聂伟 刘宇晨 王任小关键词:药物研发 苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用 本发明公开了一种苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用,该类化合物能够在分子水平上有效地、选择性地抑制细胞凋亡过程中的关键蛋白Bcl‑2家族中的Bcl‑XL、Bcl‑2或Mcl‑1。同时,它们对癌细胞,尤其... 王任小 洪然 田杰 樊文杰 李嫣 周宓 李晴 孔文娜 李杨峰 李婕文献传递 有机化合物脂水分配系数和溶解度的计算方法 被引量:13 2010年 有机化合物的脂水分配系数和溶解度在药物化学以及环境化学的研究中是十分重要的物理化学性质,在许多涉及有机化合物在生物体内的吸收、转运、代谢以及在环境中迁移等过程的定量构效关系研究(QSAR)中发挥着不可替代的作用.目前在实践中应用较多的计算有机化合物脂水分配系数和溶解度的理论方法主要有片段加合法和基于描述符的方法.本文总结了这两大类方法的优缺点以及在该领域中未来可能的发展方向. 王艳玲 李婕 王任小关键词:溶解度 LOGS 靶向PRMT5先导化合物的筛选及其抗肿瘤作用探讨 2013年 目的筛选可能作用于PRMT5蛋白的化合物并检测其抗肿瘤作用。方法以PRMT5蛋白为靶标,通过虚拟筛选技术挑选并购买得到101种化合物样品;以MTS法筛选所有化合物对人慢性粒细胞白血病K562细胞生长的抑制作用并计算IC50值;以化合物处理K562细胞48 h,收集细胞提取全蛋白,使用蛋白质印迹技术检测PRMT5下游甲基化蛋白H4RSDM的变化。结果以MTS法测试101种化合物,发现对K562细胞生长具有明显抑制作用的化合物共20个(其中8个化合物IC50<30μmol);蛋白质印迹技术进一步验证甲基化的H4RSDM蛋白表达水平并无明显变化,说明这些以PRMT5蛋白为靶标虚拟筛选获得的化合物并非通过抑制PRMT5甲基化来抑制K562细胞增殖的。结论所有测试的化合物中发现有8个对K562细胞的生长具有良好的抑制作用,但是其在分子水平上的作用机理还有待进一步研究。 施晓柯 李婕 王任小 潘景轩关键词:K562细胞系 Discodermolide及其衍生物三维定量构效关系的研究 2008年 Discodermolide是一种新颖的作用于微管蛋白的抗肿瘤化合物,具有良好的药用前景.为了设计出药效更好的类似物,我们用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对discodermolide及其衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)的研究,并建立了相关的预测模型.其中,CoMFA模型的交叉验证相关系数(q2)为0.592,非交叉验证相关系数(r2)为0.982,标准偏差(SEE)为0.094,F值为119.761;CoMSIA模型的q2为0.544,r2为0.980,SEE为0.098,F值为108.715.计算结果表明,获得的CoMFA和CoMSIA模型具有良好的预测能力,可以应用于指导该类化合物的设计. 张伟 李婕 李艳妮关键词:DISCODERMOLIDE 三维定量构效关系 微管蛋白 一种噻唑酰胺类化合物、其制备方法、药物组合物及应用 本发明公开了一种噻唑酰胺类化合物、其制备方法、药物组合物及应用。本发明提供了一种一种如式I所示的噻唑酰胺类及其药学上可接受的盐,该类化合物能够在分子水平上有效地、选择性地抑制细胞凋亡过程中的关键蛋白Bcl‑X<Sub>L... 王任小 郭春 俞飚 李杨峰 李嫣 安然 徐耀春 周宓 李晴 孔文娜 李婕一种苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用 本发明公开了一种苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用。本发明化合物能够在分子水平上有效地、选择性地抑制细胞凋亡过程中的关键蛋白Bcl‑2家族中的Bcl‑xL、Bcl‑2或Mcl‑1,尤其是Mcl‑1。同时... 王任小 洪然 樊文杰 田杰 李嫣 周宓 李晴 孔文娜 李杨峰 李婕文献传递 构建药物-靶标亲合性打分函数的评价方法体系 被引量:2 2015年 定量计算药物-靶标亲合性一直是分子靶向药物设计中的核心问题之一.亲合性打分函数适用范围宽、计算速度快且精度良好,特别适合与分子对接等方法联用,在药物研发中得到了广泛的应用.经过20多年的发展,目前存在数量繁多的打分函数,这些方法难免良莠不齐.建立客观公正的针对打分函数性能的评价体系,不仅可以帮助用户做出合理的选择,也为发展打分函数的理论研究人员提供依据,因此是打分函数研究领域中的一个基础问题.近年来,我们逐步发展了评价药物-靶标亲合性打分函数性能的方法体系(comparative assessment of scoring functions,CASF),为解决该问题提供了一种可行的方案.我们提出了一整套衡量打分函数性能的基本指标,为每种指标设计了相应的定量方法,并确立了将打分过程与构象采样过程分开处理的原则.我们的方法体系中所使用的测试集,源自对PDBbind-CN数据库中蛋白-配体复合物样本的层层筛选,质量较高并且具备结构多样性的特点.与前人的类似工作相比,我们的方法体系具有较强的系统性和先进性,受到了国内外同行的广泛认可和应用.本文介绍了我们建立的CASF方法体系的设计思想、获得的重要研究成果以及学术影响. 刘志海 李婕 韩莉 李嫣 王任小关键词:打分函数 一种苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用 本发明公开了一种苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用。本发明化合物能够在分子水平上有效地、选择性地抑制细胞凋亡过程中的关键蛋白Bcl‑2家族中的Bcl‑xL、Bcl‑2或Mcl‑1,尤其是Mcl‑1。同时... 王任小 洪然 樊文杰 田杰 李嫣 周宓 李晴 孔文娜 李杨峰 李婕苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用 本发明公开了一种苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用,该类化合物能够在分子水平上有效地、选择性地抑制细胞凋亡过程中的关键蛋白Bcl‑2家族中的Bcl‑XL、Bcl‑2或Mcl‑1。同时,它们对癌细胞,尤其... 王任小 洪然 田杰 樊文杰 李嫣 周宓 李晴 孔文娜 李杨峰 李婕