何凡
- 作品数：3 被引量：7H指数：1
- 供职机构：南方医科大学公共卫生与热带医学学院更多>>
- 发文基金：广东省科技攻关计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- SARS冠状病毒S基因序列及细胞抗原表位预测
- 2004年
- 目的 比较SARS冠状病毒各分离株S基因序列及氨基酸序列之间的差异 ,预测SARS -CoV的S蛋白的抗原表位。方法 利用Lasergene软件包中的EditSeq从 2 1株SARS冠状病毒分离株截取S基因序列并翻译成氨基酸序列 ,然后用ClustalX软件对截取序列进行比较分析 ,确定基准株 ,最后用Protean软件对基准株进行抗原表位预测。结果 在 2 1株分离株的S基因中有 8株核苷酸序列、13株氨基酸序列没有发生点突变 ;预测出 78个可能性抗原表位。结论 SARS -CoV的S蛋白相当保守 ,只发生个别点突变 ,可能性抗原表位多 ,且在其中的 14个区域中可能性最显著。
- 何凡郭新雄赵卫龙北国江丽芳张文炳晏辉钧胡族琼
- 关键词：SARSS蛋白抗原表位冠状病毒
- SARS冠状病毒E、M基因序列比较及B细胞抗原表位预测被引量：6
- 2004年
- 为了比较SARS冠状病毒分离株E、M基因序列及氨基酸序列之间的差异 ,分析E、M蛋白的可能B细胞抗原表位。利用Lasergene软件包中的Editseq将E、M基因从SARS CoV全基因序列中截取出 ,再翻译成氨基酸序列 ,用ClustalX软件分析它们之间的异同 ,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析 ,预测E、M蛋白的B细胞抗原表位。结果证明SARS CoV的E、M基因序列相当保守 ,变异甚少 ,并分别预测出E、M蛋白有 2段和
- 何凡郭新雄赵卫龙北国江丽芳张文炳晏辉钧胡族琼
- 关键词：抗原表位E蛋白M蛋白
- SARS冠状病毒M基因变异规律分析被引量：1
- 2005年
- 目的测定SARS冠状病毒(SARS-CoV)GD322株M基因序列,与其他SARS-CoV M基因进行比较分析,初步了解SARS-CoV在流行过程中M基因的变异规律。方法提取GD322株RNA,经RT-PCR扩增M基因后克隆至T-载体,转化DH5α,并进行序列测定。以SARS冠状病毒多伦多株2(TOR2)M基因为基准,利用Clustal X软件与其他SARS-CoV M基因进行比较,了解变异情况,采用Protean软件预测α螺旋和B细胞抗原表位。结果完成GD322株基因测序(AY702026),通过对已发表81株SARS-CoV M基因序列初步分析,选定TOR2为基准株。发现36株M基因与TOR2株序列相同,5株存在同义突变,40株存在非同义突变。共有11个突变位点,其中9个非同义突变位点,2个同义突变位点。对非同义突变代表株Frankfurt1和TW5的M基因进行α螺旋和B细胞抗原表位预测,结果和基准株序列比,差异无统计学意义。结论SARS-CoV M基因虽然有随流行时间推移突变逐渐增大的趋势,但总突变率低,基因序列较稳定,且香港M旅馆相关毒株变异小于香港M旅馆无关毒株。变异对其抗原性无影响。
- 胡族琼赵卫晏辉钧张文炳刘志伟郭新雄何凡江丽芳龙北国
- 关键词：SARS-COVM基因B细胞抗原表位
