陈晓云
- 作品数：7 被引量：1H指数：1
- 供职机构：中山大学中山眼科中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 针对小鼠VEGFA基因的siRNA干扰载体的构建和慢病毒包装
- 2011年
- 目的针对NM_001025250.3,NM_001025257.3,NM_009505.4,构建4个针对靶基因小鼠VEGFA(血管内皮生长因子A)的小干扰RNA(siRNA)干扰载体,并将其重组转成慢病毒载体。方法根据靶基因设计并合成4对siRNA干扰序列,将siRNA干扰序列克隆到pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR载体中,构建4个干扰质粒,转化入感受态细胞DH5α。干扰载体瞬时转染靶细胞同时设阴性对照质粒组和不转染组,并通过qPCR方法检测干扰载体对靶基因的干扰效果。使用Gateway重组技术将筛选出的干扰质粒pcDNATM6.2-GW/EmGFPmi-MR2构建慢病毒表达载体pLentii6.3-VEGFA-MR2。用构建的慢病毒表达载体和包装质粒(packaging mix)共转染293T细胞,包装病毒,收集病毒原液,超速离心浓缩,并测定滴度。结果成功构建针对靶基因的4个干扰质粒分别为:pcDNATM6.2-GW/EmGFP-mi-MR1,pcDNATM6.2-GW/EmGFPmi-MR2,pcDNATM6.2-GW/EmGFPmi-MR3和pcDNATM6.2-GW/EmGFPmi-MR4;其中MR2干扰载体的基因沉默效果最佳,干扰质粒转染小鼠肺癌细胞LLC后,检测干扰载体对于靶基因的沉默效果为58.43%;慢病毒滴度为7.5×108TU/ml。结论成功构建、筛选针对小鼠VEGFA基因沉默的特异性siRNA慢病毒。
- 毛娅妮黄娟肖伟陈晓云
- 关键词：RNA干扰慢病毒
- KH902对高糖环境下的人视网膜血管内皮细胞及糖尿病大鼠视网膜病变的作用
- 罗燕陈晓云黄娟肖伟李士清李涛吴荃罗德伦唐仕波
- 复方血栓通胶囊保护人视网膜血管内皮细胞抗氧化损伤的机制研究
- 罗燕陈晓云肖伟李建桥黄娟朱晓波丁小燕李涛唐仕波
- 新型线粒体靶向小分子肽SS31对体外t-BHP诱导的视网膜感光细胞氧化损伤的保护作用
- 马伟罗燕胡旭頲丁小燕李涛袁玲唐仕波陈晓云
- 复方血栓通对人视网膜色素上皮细胞氧化损伤的保护作用
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- 紧密连接蛋白Claudin-2在新生视网膜血管的表达变化和意义
- 罗燕肖伟李建桥陈晓云曾美珍李涛唐仕波
- 葡萄膜恶性黑色素瘤转移相关的非编码RNA表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析被引量：1
- 2022年
- 目的:利用生物信息学方法分析与葡萄膜恶性黑色素瘤转移相关的非编码RNA,以及它们作为竞争性内源RNA的作用机制。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载80例葡萄膜恶性黑色素瘤患者的RNA测序数据和临床资料,采用edgeR算法分析转移与非转移患者组织中差异表达(differentially expressed,DE)的长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miR)和mRNA,并构建lncRNA-miR-mRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,基因富集分析和通路分析研究网络中mRNA的生物学功能。Kaplan-Meier生存曲线分析ceRNA网络中核心RNA与生存率的关系。结果:从发生远处转移的葡萄膜恶性黑色素瘤样本中,共鉴定出346个上调的mRNA,118个下调的miR和45个上调的lncRNA。其中67个mRNA,7个miR和30个lncRNA相互组合形成616个ceRNA单元,并形成了一个具有181条边线ceRNA网络。基因富集分析表明:网络中的mRNA富集在肿瘤生成和转移相关的几个基因本体(Gene Ontology)和信号通路。拓扑分析确定了6个核心lncRNA(LINC00861、LINC02421、BHLHE40-AS1、LINC01252、LINC00513和LINC02389)和3个核心mRNA(UNC5D、BCL11B和MTDH)。所有核心lncRNA、核心mRNA的表达水平和5个miR(miR-221、miR-222、miR-506、miR-507、miR-876)的表达水平均与总体生存率显着相关(均P<0.05)。结论:本研究揭示了几种lncRNA及其相关的ceRNA网络在葡萄膜恶性黑色素瘤转移中的作用,为进一步研究葡萄膜恶性黑色素瘤的发生和/或转移提供了新的方向。
- 陈晓云杨伟敏邓小茜季娴肖伟
- 关键词：葡萄膜恶性黑色素瘤长链非编码RNA
