郑直
- 作品数：7 被引量：3H指数：1
- 供职机构：中国医学科学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项协和青年科研基金更多>>
- 相关领域：医药卫生文化科学更多>>
- 探索式教学模式在研究生生物医学大型仪器课程中的应用和评价被引量：2
- 2021年
- 目的尝试和评价生物医学大型仪器理论与实验课程的探索式教学(IT)模式,为该教学模式的常规实施提供依据。方法在课程中开展IT小实验,总结其设计、实施、效果等;采用教育测量学理论和统计学方法对问卷进行评价,采用信度、相关性和区分度对问卷进行质量分析。结果IT小实验分别在2017级和2018级研究生选学本课程的部分学生中开展,取得了初步成果。参加人数达23人;问卷信度良好(α=0.852);27题项中有23题,与中间值比较,均有显著性差异(P<0.05)。结论问卷具有较好的区分度、信度、相关性和总体覆盖性,可用于评价教学中IT模式的需求。IT实验的合理设计、难度适中和时间安排是影响其实施效果的主要因素。
- 孙海丹郭正光周军骈红茹杨明珠王欣郑直
- 关键词：创新思维探索式教学问卷教学效果
- 基于直接TaqMan-PCR的无创检测脂质代谢相关SNP基因分型技术
- 2024年
- 目的建立一种基于直接TaqMan-PCR的无创多重单核苷酸多态性分型技术用于高通量检测与脂质代谢相关的rs688和rs964184位点,以满足风险人群快速筛查的需求。方法采用提取的DNA对设计的TaqMan探针进行PCR退火延伸温度和扩增程序的优化;将口腔拭子放入样品处理液后进行短暂震荡和离心,取少量上清进行直接qPCR扩增分析;探索探针冻融稳定性和样品保存时间对分型结果的影响。结果本方法仅需对口腔拭子样本简单处理后即可进行qPCR分析,并且可在室温情况下保存4 d。优化后的方法能够较好地区分rs688和rs964184位点的野生纯合子、突变纯合子及杂合子。结论建立了一种快速便捷、高通量、低成本的SNP分型新技术,为大规模筛查携带易感基因的风险人群提供了高效且准确的新方法。
- 孙元宏谢吕范利华郑直
- 关键词：高通量
- 捕获和连接的环介导等温扩增技术
- 2020年
- 目的建立捕获和连接的环介导等温扩增(CLIP-LAMP)技术,为医学诊断和病原体检测提供新的技术手段。方法根据靶标DNA或RNA序列设计特异性的捕获探针和具有茎环结构的检测探针。无需核酸提取,直接裂解全血和干血片等样本后,通过捕获探针将靶核酸固定于96孔板上。检测探针进行特异性的连接反应,形成扩增模板,进行荧光定量的环介导等温扩增反应。将此方法应用于疟疾的检测中,定量检测疟原虫的18S rRNA,评估方法的灵敏度、特异性和重复性,并将其应用于临床样本的检测。结果此法具有较高的灵敏度和特异性,可检测到低至0.01个/μL的疟原虫,较传统的镜检和RDT灵敏度高,可准确检测到疟原虫的感染样品。此方法可在4 h内完成96个样本的检测,快速高效。结论建立了一种捕获和连接的等温扩增技术,为疾病的分子诊断和基因筛查提供了新的灵敏、高效的方法。
- 骈红茹杨明珠郑直
- 关键词：环介导等温扩增核酸检测疟原虫
- 基于磁珠捕获和连接的免核酸提取的恒温扩增技术被引量：1
- 2021年
- 目的建立基于磁珠捕获和连接的环介导恒温扩增(CLIP-LAMP)方法体系,以适用于大体积样品处理,为病原体检测提供一种新的技术方法。方法在NCBI数据库搜索免疫缺陷病毒(HIV)的一段保守序列,使用实验室特有软件根据该保守序列设计相应的捕获探针和检测探针。磁珠表面通过亲和作用偶联寡核苷酸来抓取捕获探针;由于特异性捕获探针的存在使得核酸提取步骤被省略,靶标DNA或RNA直接特异地结合捕获探针;检测探针经过连接步骤后作为最终模板参与荧光定量环介导恒温扩增反应。将此方法用于HIV体外转录(IVT)合成的RNA检测,并且评估方法的灵敏度和特异性。结果构建的方法体系成功应用于HIV的IVT检测;现阶段可以检测到32 CPs/μL。该方法有可能处理>1 mL的大体积样本,并且可在2 h内完成检测。结论建立了基于磁珠的CLIP-LAMP技术,为快速、简便地进行大体积病原体检测提供了新的方法和思路。
- 邱栎臻杨明珠骈红茹郑直
- 关键词：磁珠HIV
- 免提核酸的高通量DNA检测技术
- 2019年
- 目的介绍一种基于捕获的高通量DNA检测技术,无需核酸提取,适用于不同样品的各种应用,以提供遗传分析有力的技术手段。方法全血、唾液、干血斑和口腔拭子等样品裂解后释放DNA,经热变性后,通过与一系列特异探针杂交使靶DNA被捕获至96孔板;洗去未结合探针后,直接利用特异性引物进行荧光定量扩增(qPCR),或用酶连接连续排列的杂交探针,形成两端为特定序列的单链DNA模板,最后用通用引物进行qPCR分析;以全血中P16基因为靶标评估免提核酸技术的DNA检测效果,并将其应用于全血、血清及干血片样品中寄生虫DNA的检测,评估其灵敏度和特异性,同时评估了不同储藏方法下唾液及口腔拭子DNA检测的稳定性。结果成功应用于全血、干血斑、唾液、口腔拭子等多种样品的DNA检测;无需核酸提取,唾液及拭子样品在室温及4℃下保存15d后检测仍具有较高的稳定性;该方法对疟原虫的检测下限低至0.06个疟原虫/μL,较传统镜检具有更高的灵敏度,可准确检测到被感染样品中的寄生虫DNA。结论建立了无需核酸提取的高通量DNA检测技术,适用于不同样本类型及靶标检测,为大规模基因筛查分析提供一个灵敏、高效的工具。
- 赵亚玲郑直
- 关键词：DNA检测杂交捕获高通量
- 无创性免核酸提取的多重SNP基因分型技术
- 2018年
- 目的介绍一种无创性免核酸提取的样品前处理方法,结合高通量基因分型技术,为大规模流行病学监测及遗传学分析提供新的技术手段。方法无需核酸提取,直接裂解唾液或口腔拭子样品,加入带有通用尾部序列的多个寡核苷酸特异探针,通过夹心杂交将样品中的靶DNA捕获到96孔板中,利用基于延伸连接的多重探针扩增(MELPA)技术及核酸飞行质谱(MassARRAY)实现多重单碱基突变(SNP)检测。以具有抗疟药物(伯氨喹)诱导溶血风险的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)的23个SNP突变检测作为应用对象,测试唾液样品的反应条件。通过与商业化SNP测定的基于核酸飞行质谱的多重SNP分型技术(iPLEX)进行比较,评估该方法的准确性,重复性和可靠性。结果本方法可成功的对G6PD的23个SNP进行分型,40μL唾液或1个口腔拭子样本足够进行2个检测。36 h内(手工操作时间约2 h)可完成384个样品检测分析。其检测结果与测序结果一致,重复性较好,可靠性高,准确度优于传统的以血液为样品的iPLEX方法。结论建立了适用于高通量的无创性免核酸提取的多重SNP基因分型技术,为大规模基因分型筛查提供了一个高效、准确的方法。
- 赵烨赵亚玲周军郑直
- CLIP-PCR直接检测血液中疟原虫雌性配子体特异转录产物s25 mRNA
- 2022年
- 目的建立一种疟原虫雌性配子体的分子检测法。方法根据疟原虫雌性配子体特异性mRNA靶标(待测靶序列)即动合子表面蛋白(s25)的转录产物,设计特异性的捕获探针和连接探针。血液样品经裂解释放的mRNAs,无需核酸提取,通过“三明治”杂交被捕获到96孔板表面。洗去未结合探针后,将结合在mRNA靶标上的连接探针进行连接,得到两端为特殊设计序列的单链扩增模板。再用通用引物进行染料法qPCR扩增,或在端部设计TaqMan探针序列,用通用引物和通用TaqMan探针进行探针法qPCR扩增。评价这一基于捕获和连接扩增的方法(CLIP-PCR)的灵敏度、特异性和重复性并与普通的RT-qPCR方法进行比较,将其应用于临床样品的检测。结果该CLIP-PCR具有较高的灵敏度和特异性。与普通的RT-qPCR一样,均可检测低至11拷贝数的s25 mRNA靶标;而且该CLIP-PCR操作更简便。该CLIP-PCR可准确检测到疟疾患者血液中的雌性配子体。可将96个样品的检测时间缩短至3 h。结论建立了灵敏高效的染料法和通用TaqMan探针法CLIP-PCR检测疟原虫雌性配子体,为疟疾传播的控制、配子体大规模筛查奠定了基础。
- 杨珺源骈红茹杨明珠郑直
- 关键词：疟原虫配子体
