赵贤
- 作品数:2 被引量:15H指数:2
- 供职机构:西北农林科技大学农学院更多>>
- 发文基金:国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域:农业科学生物学更多>>
- 乌拉尔图小麦叶绿体RNA编辑位点的预测与鉴定被引量:3
- 2017年
- RNA编辑是指在RNA水平分子发生的碱基的改变或修饰,从而引起其所携带的遗传信息发生改变的过程。作为一种重要的转录后水平调控方式,RNA编辑在高等植物的生长发育、逆境响应以及物质生物合成等方面具有重要作用。为了解乌拉尔图小麦叶绿体基因组RNA编辑的组成和特点,本研究利用生物信息学预测结合RT-PCR的方法对乌拉尔图小麦叶绿体的RNA编辑位点进行了预测与分析。生物信息学预测发现在76个蛋白质编码基因中,15个基因发生了RNA编辑现象,共计33个胞嘧啶(C)到尿嘧啶(U)的变化,其中ndhB基因发生的编辑位点最多;然后,随机选取5个基因进行了实验验证,初步验证了预测结果的准确性;进一步对这个5个基因编辑后其蛋白二级结构和跨膜结构域进行了预测,发现编辑后所有基因的二级结构均发生了改变,同时ndhB的跨膜结构域也发生了改变;最后,比较了乌拉尔图小麦与其他5个麦类作物叶绿体RNA编辑位点的异同,发现了叶绿体编辑位点在麦类作物中具有较强保守性,同时也发现了数个物种特异的编辑位点。本研究为进一步研究乌拉尔图小麦叶绿体RNA编辑的生物学功能提供帮助,为从RNA编辑视角揭示小麦的起源进化提供了重要参考。
- 葛玲巧Farhana Kumbhar赵贤王萌王莎宋卫宁聂小军
- 关键词:叶绿体RNA编辑RT-PCR
- 小麦LBD基因家族的全基因组鉴定、表达特性及调控网络分析被引量:12
- 2017年
- 为深入发掘小麦LBD基因的功能,利用小麦最新基因组数据,通过生物信息学手段,对小麦LBD基因家族进行了鉴定,并对其表达特性及调控网络进行了分析。鉴定结果表明,本研究得到了75个小麦LBD基因,根据系统进化分析结果,可将它们划分为ClassⅠ和ClassⅡ两个亚家族。染色体定位结果表明,除了5D和7D外,其余染色体均含有LBD基因。共表达调控网络分析表明,15个LBD基因参与了小麦功能基因调控。利用RNA-seq数据对所有小麦LBD基因在不同组织以及不同逆境胁迫下的表达情况进行分析表明,小麦LBD基因在不同组织间和胁迫下存在着差异表达,多个组织特异和胁迫响应相关LBD基因被鉴定到,可作为后续功能研究的候选基因。
- 邢光伟王梦醒马小飞赵贤张婷聂小军宋卫宁
- 关键词:小麦逆境胁迫表达谱