申铁
- 作品数：17 被引量：20H指数：2
- 供职机构：贵州师范大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金博士科研启动基金长江学者和创新团队发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术农业科学医药卫生更多>>
- 基于帕累托前沿的代谢通量极限预测
- 2024年
- 代谢通量是描述生物体内代谢的重要指标,在医学与生物工程等领域有着广泛应用。代谢通量极限更是对揭示生物体内化学反应机制、预测生物体生长代谢特性和生态系统研究有着重要意义。代谢通量极限的计算也被广泛地应用于生物制造工程、寻找疾病治疗靶点和研发药物方面。但目前的传统计算代谢通量的方法仅依靠理化性质约束,所得到的代谢通量极限不一定会真实发生。论文在生物体进化的群体中引入帕累托前沿的概念,并基于已知的代谢通量数据进行代谢通量极限预测。
- 张梓学申铁
- 基于酶序列数据库的本地化构建及应用
- 2017年
- 细胞内的代谢网络包含成千上万个化学反应,每个化学反应都有一个特定的酶催化。在整个生物系统中,存在着成千上万个的酶,这些酶支配着生物的新陈代谢、营养和能量转换等催化过程,与生命过程密切相关。为此在国内外生物信息学数据库的基础上,利用java的jsoup的软件包获取到网页中代谢网络中酶的数据,构建酶的本地化信息数据库。方便研究人员查询物种的代谢网络中酶的基础信息,重构代谢网络。
- 刘江涛周文卫申铁
- 关键词：代谢网络数据库
- 铁限制诱导对聚球藻转录组的影响被引量：1
- 2021年
- 为探究Fe元素限制对聚球藻转录组的影响,该文以聚球藻Synechococcus sp.PCC 7002为研究对象,采用高通量测序技术对经过铁限制处理的聚球藻Synechococcus sp.PCC 7002进行转录组分析.以铁的3种摩尔浓度进行处理,其中每组数据重复3次实验,一共获得9组实验数据;对照组摩尔浓度为10.900 nmol·L^(-1),铁限制组摩尔浓度分别为0.410、0.003 nmol·L^(-1).实验发现:在铁限制环境下,聚球藻通过增加对胞外铁摄取、上调光合作用相关蛋白的表达和调整代谢通路来应对缺铁环境,且铁限制程度与差异基因数量成正相关关系.此外,在强缺铁时通过下调CRISPR系统中某些核酸酶的表达来影响聚球藻抵御外源病毒感染的能力,其转运磷酸基团ABC转运蛋白表达水平下降,从而极大地影响了聚球藻的生存.
- 何昕颖申铁
- 关键词：转录组高通量测序技术
- 四球茶转录组SSR位点信息分析被引量：8
- 2017年
- 对基于高通量测序拼接获得的99 741条四球茶嫩叶Unigenes进行了SSR(simple sequence repeats)位点分析,共揭示了23 732个SSR位点,分布于18 552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79%;含有SSR位点的Unigenes的总长度为226 188 bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07 kb,重复长度平均长度为9.53 bp。在四球茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53%和25.92%;在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38%、22.10%和6.49%,共占总SSRs的比例达69.97%。
- 黎瑞源邢辉申铁
- 关键词：转录组SSR
- 大肠杆菌基因缺失菌株中碳中心代谢系统的通量平衡分析和通量变异分析被引量：1
- 2013年
- 大肠杆菌(E. coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究等的模式微生物。本文首先通过COBRA工具包构建了大肠杆菌碳中心代谢系统的小规模网络,然后分别模拟敲除了其中的25种酶,并利用代谢通量平衡分析和代谢通量变异分析研究了基因敲除后的代谢网络。通过这些结果的综合分析,我们可以推断大肠杆菌碳中心代谢系统的不同的酶对整个体系的作用。
- 申铁金杰军金杰军乙引芮斌
- 关键词：大肠杆菌代谢通量
- 生物网络比对与代谢网络比对方法的研究进展
- 2022年
- 代谢网络是体现细胞生理特性的一整套生物化学反应的集合,是生物网络的一个重要组成。其节点代表代谢物,而边则对应着生化反应及其酶。代谢网络的研究手段中网络比对是非常重要的一个方向,其目的是区分代谢网络的异同,从而发现不同子代谢网络的拓扑和/或功能成分之间的相似网络。由于组学检测技术和大数据分析的发展,近年积累了大量代谢网络,推动了代谢网络比对的迅速发展。文章对代谢网络比对以及更广泛的生物网络比对方法进行了阐述。
- 周启航申铁
- 基于转录组的福鼎大白茶叶片两种发育阶段的 苯丙烷代谢合成途径分析比较被引量：5
- 2021年
- 以福鼎大白茶一芽一叶时的第一片嫩叶组织与一芽四叶时的第四片成熟叶组织转录组测序数据为研究对象,利用转录组技术筛选两种发育阶段的差异表达基因。将原始reads与参考基因组进行序列比对,各样品平均比对率为86.16%。将比对到参考基因组上的reads数据标准化并得到样品的FPKM值。相对于成熟叶,嫩叶有1097个基因上调,1436个基因下调;通过KEGG代谢通路分析,得到2种叶片中参与苯丙烷代谢途径关键基因的差异,为进一步研究福鼎大白茶苯丙烷代谢合成途径提供理论依据。
- 廖天悦申铁
- 关键词：转录组
- 运用COBRA方法研究聚球藻代谢网络
- 2019年
- 生物过程的系统级建模和模拟,在定量和动态获得细胞功能方面具有指导作用。利用基于约束的代谢网络分析方法在计算机中模拟细胞代谢,分析聚球藻代谢网络的基本拓扑结构和网络内在联系。通过对代谢网络中的反应进行逐一删除,使用FBA和FVA方法分析敲除反应后的代谢网络的流量分布,以及该反应的敲除对其余反应的影响,并找到代谢网络中对整个系统有影响的反应,进一步验证其网络理论和模型方法的可行性。
- 赵圆圆付子爔申铁
- 关键词：代谢网络聚球藻
- 代谢组学细胞快速取样淬灭仪
- 本实用新型公开了一种代谢组学细胞快速取样淬灭仪，包括外筒，所述外筒的顶部可拆卸连接有密封盖，所述外筒的中部转动连接有旋转杆，所述旋转杆的侧面均匀分布有多个旋转盘，多个所述旋转盘与旋转杆固定连接，所述外筒的一侧连通有与多个...
- 申铁
- 文献传递
- 基于参考序列的生物DNA测序数据压缩技术研究被引量：1
- 2020年
- 随着生物测序技术的不断发展,大量DNA短读片段产生。在相关计算机专家、生物学家对该领域研究的过程中,这些数.据的管理与分析处于重要地位。文章分析了基于高通量测序技术下的两种测序数据的压缩方法。最后得出结论:基于参考序列的压缩方法压缩比较高。
- 彭棋申铁黎瑞源
- 关键词：测序技术数据压缩
