徐海滨
- 作品数：8 被引量：52H指数：4
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所更多>>
- 发文基金：长江学者和创新团队发展计划国家科技支撑计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 铁皮石斛的完整叶绿体基因组序列
- [背景与目的]铁皮石斛具有很高的药用和经济价值,因价格昂贵,市场上常有以次充好、以假乱真的现象.本研究为石斛属植物的DNA条形码筛选、物种进化和叶绿体基因组工程研究提供依据.[材料与方法]选取铁皮石斛的幼嫩叶片,运用改良...
- 杨培周红钱俊徐海滨邵清松李永华姚辉
- 药用模式真菌赤芝全基因组简单重复序列分析
- 简单重复序列（SSRs）或微卫星序列是遗传标记最丰富的来源之一,其在基因功能和基因组组织方面具有重要作用。赤芝是一种全世界广泛使用的药用模式真菌,属于多孔菌目,伞菌纲,担子菌门。本文分析赤芝基因组中SSR的数目及其分布情...
- 钱俊徐海滨宋经元徐江朱英杰陈士林
- 关键词：简单重复序列多孔菌目
- 文献传递
- 鹅掌楸Genomic-SSR反应体系优化被引量：5
- 2013年
- 鹅掌楸属（Liriodendron L）,是木兰科（Magnoliaceae）植物,属古老属种之一。由于第三纪晚期气候剧变和更新世冰川作用,到目前为止仅剩中国马褂木（L.chinense（Hemsl.）Sarg.）和北美鹅掌楸（L.tulipifera L.）两个残遗种[1]。鹅掌楸属植物在植物系统学中有特殊地位,以及具有原始的花结构等,这使得它们成为研究植物进化、开花植物历史进程、群体结构以及交配系统等的理想材料[2-4]。此外,鹅掌楸植物具有重要的经济价值和生态价值[5]。除为生产提供优质木材外,还具较强抗性[6-7],内含丰富的医用化合物[8-9]以及生物质燃料的生[10-12]
- 贾波徐海滨徐阳龙晓飞陈金慧施季森
- 关键词：GENOMIC-SSR鹅掌楸正交试验
- 中药材薄荷的DNA条形码鉴定研究被引量：16
- 2012年
- 目的:利用DNA条形码鉴定技术快速、准确地鉴别中药材薄荷及其密切相关种。方法:提取薄荷药材及其易混品的DNA、对ITS2序列进行PCR扩增和测序,应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得ITS2序列。利用MEGA5.0软件计算物种种内种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果:薄荷药材与其他密切相关种之间的K2P遗传距离分布于0.071～0.231,大于薄荷种内K2P遗传距离(0～0.006);3种鉴定方法也表明ITS2序列适合鉴别薄荷药材与其密切相关种。结论:ITS2条形码可有效鉴别中药材薄荷及其易混品,为快速、准确地鉴定薄荷提供了科学依据。
- 庞晓慧徐海滨韩建萍宋经元
- 关键词：DNA条形码ITS2薄荷
- 应用ITS2条形码鉴定中药材麻黄被引量：25
- 2012年
- 目的:应用ITS2条形码快速、准确地鉴定中药材麻黄,为其用药安全、有效提供保障。方法:提取麻黄药材及其同属密切相关种的DNA、扩增ITS2序列并测序,采用软件CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,并进行质量控制。应用MEGA5.0软件计算种内种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。应用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建NJ系统聚类树直观反映鉴定结果。结果:麻黄药材基原物种种内K2P遗传距离分布于0～0.002,基原物种与其他密切相关种之间的K2P遗传距离分布于0.004～0.034;几种鉴定方法分析结果表明ITS2序列能将麻黄药材与其他密切相关种鉴别开。结论:ITS2条形码适用于鉴别中药材麻黄,进一步验证了DNA条形码技术鉴定中药材的有效性。
- 庞晓慧宋经元徐海滨姚辉
- 关键词：DNA条形码ITS2麻黄
- 用于质谱分析的丹参蛋白/多肽序列数据库的构建
- 2013年
- 丹参是我国传统中药材,目前已从中鉴定出数十种具有药用功效的化合物成分。针对丹参药用成分合成机制的蛋白组学研究可为丹参品种遗传改良提供理论依据。本研究以Illumina高通量测序手段获取的不同组织丹参转录组拼接序列为基础,构建了可用于蛋白组学分析的丹参特异的蛋白/多肽序列数据库,为后期开展丹参蛋白组学研究提供了基础。
- 徐海滨宋经元钱俊汪波谢丽芳罗红梅
- 关键词：丹参质谱分析数据库
- 丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发被引量：11
- 2013年
- 丹参为唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物,以根与根茎部位入药,广泛用于多种疾病的治疗。本研究采用生物信息学方法,从丹参基因组框架图序列中发掘出4 832个长度超过40 bp的基因组SSR位点。结果表明,二核苷酸重复基元和三核苷酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型,分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外,富含A/T碱基的SSR位点,包括AT/TA、AAT/ATT、ATA/TAT、TAA/TTA,分别占全部SSR位点总数的30.5%,21.6%,17.1%,20.4%,在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础,共设计基因组SSR引物序列1 079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作,为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。
- 徐海滨钱俊汪波孙超谢丽芳宋经元
- 关键词：丹参简单重复序列引物设计
- 丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发
- 丹参(Salvia miltorrhiza Bge)是唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物,以干燥根及新鲜根茎入药,具有活血化瘀、通经止痛的功效,应用于心脑血管疾病及高脂血症等疾病的治疗,具有较高的经济和药用价值。目前,我国...
- 徐海滨钱俊汪波孙超谢丽芳宋经元
