钱俊
- 作品数：10 被引量：63H指数：4
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所更多>>
- 发文基金：长江学者和创新团队发展计划国家科技支撑计划中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 本草基因组方法学研究被引量：13
- 2010年
- 本草基因组计划(HerbGP)是针对具有典型代谢途径和重大经济价值的药用植物进行的全基因组测序和后基因组研究的系列计划。本文全面介绍物种基因组大小、染色体数目测定方法和第二代高通量测序方法,以及全基因组组装和基因组注释、基因组比较等生物信息学分析手段,并简要阐述重测序在药用植物全基因组研究中的应用方法。本草基因组计划的实施,将促进现代科学最新技术和方法在中药研究中的应用,使中药学研究位于生命科学的最前沿。
- 陈士林何柳刘明珠钱俊闫海霞程翔林钱忠直
- 关键词：基因组大小染色体数目高通量测序
- 丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发被引量：11
- 2013年
- 丹参为唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物,以根与根茎部位入药,广泛用于多种疾病的治疗。本研究采用生物信息学方法,从丹参基因组框架图序列中发掘出4 832个长度超过40 bp的基因组SSR位点。结果表明,二核苷酸重复基元和三核苷酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型,分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外,富含A/T碱基的SSR位点,包括AT/TA、AAT/ATT、ATA/TAT、TAA/TTA,分别占全部SSR位点总数的30.5%,21.6%,17.1%,20.4%,在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础,共设计基因组SSR引物序列1 079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作,为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。
- 徐海滨钱俊汪波孙超谢丽芳宋经元
- 关键词：丹参简单重复序列引物设计
- 铁皮石斛的完整叶绿体基因组序列
- [背景与目的]铁皮石斛具有很高的药用和经济价值,因价格昂贵,市场上常有以次充好、以假乱真的现象.本研究为石斛属植物的DNA条形码筛选、物种进化和叶绿体基因组工程研究提供依据.[材料与方法]选取铁皮石斛的幼嫩叶片,运用改良...
- 杨培周红钱俊徐海滨邵清松李永华姚辉
- ITS2序列鉴定筋骨草及其近缘种被引量：16
- 2008年
- 本研究对筋骨草ITS2区段测序,探讨该片段用于中药筋骨草、白苞筋骨草、白毛夏枯草和夏枯草种间分子鉴别和系统学研究中的意义,我们对核基因ITS2区段进行PCR扩增并测序,获得了该区间的完整序列,所得序列用软件MEGA4.0进行相关分析。测得筋骨草、白苞筋骨草、夏枯草和白毛夏枯草的ITS2片段长度分别为312bp,304bp,303bp,304bp。四个物种ITS2片段序列的遗传距离(Kimura2)为0.010～0.175,各个筋骨草种内的不同产地该序列无差异。用MP法根据ITS2序列的遗传距离建立系统发生树,聚类结果和形态分类相符。根据ITS2序列特征,能有效区分筋骨草和其他易混中药材。ITS2具有做为鉴定的条形码序列的潜力。应用该序列可以有效鉴定筋骨草及其近缘种。
- 韩建萍石林春陈士林钱俊罗焜陈科力
- 关键词：筋骨草
- 用于质谱分析的丹参蛋白/多肽序列数据库的构建
- 2013年
- 丹参是我国传统中药材,目前已从中鉴定出数十种具有药用功效的化合物成分。针对丹参药用成分合成机制的蛋白组学研究可为丹参品种遗传改良提供理论依据。本研究以Illumina高通量测序手段获取的不同组织丹参转录组拼接序列为基础,构建了可用于蛋白组学分析的丹参特异的蛋白/多肽序列数据库,为后期开展丹参蛋白组学研究提供了基础。
- 徐海滨宋经元钱俊汪波谢丽芳罗红梅
- 关键词：丹参质谱分析数据库
- 药用模式真菌灵芝交配型座位A和B的鉴定
- 本文以药用模式真菌灵芝的基因组及转录组数据为基础,通过生物信息学分析定位并分析灵芝交配型位点A和B。结果表明,灵芝交配型位点A位于灵芝基因组scaffold 1,其HD1编码基因为GL30607,HD2编码基因为GL30...
- 徐江李建琴王丽芝李秋实郭溆朱英杰李西文钱俊骆翔季爱佳廖保生宋经元孙超陈士林
- 关键词：灵芝交配型
- 文献传递
- 基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物(英文)被引量：24
- 2010年
- 肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, 获得了该区间的完整序列, 用 K-2P 法建立了系统进化树, 聚类结果与形态分类相符。所得结果显示, psbA-trnH 片段序列在肉苁蓉及混淆品种间存在丰富的变异, 肉苁蓉属各种的种间遗传距离从 0.077% 到 0.743%, 种内遗传距离从 0% 到 0.007%, 种内和种间存在明显的"barcoding gap"。肉苁蓉属各种与黄花列当的遗传距离为 0.979% 至 1.149%, 与草苁蓉的遗传距离为 1.066% 至 1.224%。研究结果表明psbA-trnH 基因间区可以作为条形码来鉴定肉苁蓉及其混淆品。
- 韩建萍宋经元刘昶陈君钱俊朱英杰石林春姚辉陈士林
- 关键词：肉苁蓉
- 药用模式真菌赤芝全基因组简单重复序列分析
- 简单重复序列（SSRs）或微卫星序列是遗传标记最丰富的来源之一,其在基因功能和基因组组织方面具有重要作用。赤芝是一种全世界广泛使用的药用模式真菌,属于多孔菌目,伞菌纲,担子菌门。本文分析赤芝基因组中SSR的数目及其分布情...
- 钱俊徐海滨宋经元徐江朱英杰陈士林
- 关键词：简单重复序列多孔菌目
- 文献传递
- 药用模式真菌灵芝交配型座位A和B的鉴定
- 本文以药用模式真菌灵芝的基因组及转录组数据为基础,通过生物信息学分析定位并分析灵芝交配型位点A和B。结果表明,灵芝交配型位点A位于灵芝基因组scaffold 1,其HD1编码基因为GL30607,HD2编码基因为GL30...
- 徐江李建琴王丽芝李秋实郭溆朱英杰李西文钱俊骆翔季爱佳廖保生宋经元孙超陈士林
- 关键词：灵芝交配型
- 药用模式真菌灵芝交配型座位A和B的鉴定
- 本文以药用模式真菌灵芝的基因组及转录组数据为基础,通过生物信息学分析定位并分析灵芝交配型位点A和B.结果表明,灵芝交配型位点A位于灵芝基因组scaffold 1,其HD1编码基因为GL30607,HD2编码基因为GL30...
- 徐江季爱佳廖保生宋经元孙超陈士林李建琴王丽芝李秋实郭溆朱英杰李西文钱俊骆翔
- 关键词：灵芝基因组学育种工作
- 文献传递
