徐涵
- 作品数：15 被引量：58H指数：5
- 供职机构：福建农林大学园艺学院园艺植物生物工程研究所更多>>
- 发文基金：福建省科技重大专项闽江学者奖励计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学环境科学与工程更多>>
- 石斛JmjC基因家族的鉴定及响应不同光周期的表达分析被引量：1
- 2020年
- 利用生物信息学方法对石斛组蛋白去甲基化关键酶基因JmjC进行全基因组鉴定,通过qRT-PCR检测DoJMJ组织表达模式及对不同光周期的响应。结果表明,在铁皮石斛(Dendrobium officinale)基因组上共鉴定到17个JmjC,保守结构域分析结果显示,该家族蛋白划分为5个亚家族(JARID1、JHDM3、JHDM2、JMJD6和JmjC-only),各亚家族所含保守结构域数量不等;基因结构分析发现,各亚家族的外显子和内含子数量有所差异,同一亚家族具有相似的外显子/内含子结构;启动子顺式作用元件分析发现DoJMJ家族成员启动子区域有诸多Auxin、ABA、GA、MeJA、SA等激素响应元件及光、干旱、低温、防御和胁迫等环境信号响应元件;qRT-PCR数据表明,金钗石斛(Dendrobiumnobile)中该家族10个成员在茎和叶片中表达量较高,少数成员在根中的表达较高,所有成员在果实中表达均较低,推测Do JMJ主要在茎和叶片发育过程发挥作用;此外,该家族成员在不同光周期下呈现不同的表达模式,11个成员在12 h(光照)/12 h(黑暗)下表达量较高,少数成员在4 h/20 h、8 h/16 h、24 h/0 h光周期下高表达。
- 赵桦张舒婷刘蒲东付帅叶炜陈裕坤林玉玲徐涵赖钟雄
- 关键词：铁皮石斛金钗石斛光周期
- 甜高粱品种"Keller"茎尖离体再生体系建立初探
- 本试验以甜高粱[Sorghum bicolor(L.)Moench]品种"Keller"为实验材料,对其茎尖离体再生体系进行探究.研究了不同灭菌方法对外植体灭菌效果的影响,不同柠檬酸浓度对愈伤组织形成过程中褐化的影响,及...
- 孙玉帅秦瑞鑫张玉苗徐涵
- 关键词：甜高粱外植体茎尖愈伤组织
- 霍山石斛转录因子MYB1R1密码子选用偏好性分析被引量：9
- 2017年
- 通过密码子选用偏好性分析确定霍山石斛转录因子MYB1R1(Dh MYB1R1)最优密码子,为基因表达寻找最适异源受体,从而为基因功能研究提供更理想的验证系统。本研究采用Codon W、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析其密码子选用偏好性参数,并进行了物种间基因组的比较。结果显示,物种间MYB1R1密码子选用偏好性存在一定差异;Dh MYB1R1密码子偏好以A或U结尾,虽然该选用偏好性较弱,但显示其更偏向双子叶植物类群;基于MYB1R1编码序列聚类分析得到的进化树比密码子选用偏好性聚类更接近APGIII的分类结果。密码子使用频率比较结果显示:相比属于真核的酵母菌,属于原核生物的大肠杆菌更适宜作为Dh MYB1R1基因表达的异源受体,同时烟草比拟南芥及其他单子叶植物更适合作为Dh MYB1R1转基因研究的异源受体。本研究结果不仅对霍山石斛基因表达最适异源受体提供了理论依据,同时也对霍山石斛与双子叶植物在进化中较晚分离提供了证据。
- 谢析颖李蓉林玉玲郭容芳陈裕坤赖钟雄徐涵
- 关键词：霍山石斛MYB转录因子聚类分析
- MAD2在文心兰‘柠檬绿’和拟南芥中的差异分析
- 2021年
- [目的]探究MAD2基因在文心兰‘柠檬绿’和拟南芥不同育性的株系中表达量的差异。[方法]通过对模式植物拟南芥的AtMAD2基因突变体的表型、结荚情况和花粉粒活力分析,结合已有研究结果综合分析拟南芥和文心兰中MAD2的表达差异。[结果]mad2突变体的抽梗时间早于野生型约4天。果荚长度单果荚种子数量都显著低于野生型植株,其中mad2突变体的果荚长度约为0.79 cm,单荚种子数约为7粒,野生型分别为1.07 cm、19粒。野生型拟南芥的花粉活力染色率为94%,mad2突变体的花粉活力染色率仅为69%,且拟南芥mad2突变体花粉粒部分发育异常。[结论]MAD2确实是影响花粉发育的关键基因之一,但在文心兰中育性与表达量同低,而在拟南芥中表达量增加会导致育性降低。
- 付帅陈仕朋叶炜林玉玲徐涵赖钟雄赖钟雄
- 关键词：文心兰拟南芥MAD2花粉活力
- 基于提高CRISPR/Cas基因编辑效率的研究进展被引量：5
- 2019年
- CRISPR 基因编辑技术发展迅速,为功能基因的研究及遗传改良提供了技术支持。提高基因组编辑效率成为使用基因编辑技术的基本点,目前已取得了重要进展。本文结合 CRISPR/Cas 系统的作用原理、晶体结构,着重介绍目前提高编辑效率的最新研究进展,对 CRISPR/Cas 基因编辑效率的提高进行分析并提出改进策略。
- 张玉苗李蓉鲁瑶林玉玲赖钟雄徐涵
- 文心兰类原球茎形态建成及电子传递蛋白和凯氏带蛋白基因的极性表达模式分析被引量：1
- 2020年
- 以文心兰‘柠檬绿’(Oncidium hybridum‘Honey Angel’)为材料进行类原球茎发育过程的形态和结构观察,对其离体形态建成进行分析,并对类原球茎(protocorm-like body,PLB)分化过程中的顶部和基部组织以及组培苗的根、茎、叶中的凯氏带蛋白基因CASP和电子传递蛋白基因Fd(ferredoxin)、FNR(ferredoxin-NADP+oxidoreductase)的表达模式进行分析。结果显示:类原球茎在分化过程中逐步建立了两极性。随着类原球茎的发育,自顶端向基部形成维管形成层,继而形成维管束;之后有叶原基产生并形成单子叶式茎尖结构和出现类原球茎胚轴的伸长,无胚根形成。类原球茎形成幼苗后植株基部有侧根的产生。实时荧光定量PCR结果表明:在根中高表达和在茎中高表达的CASP、FNR和Fd基因在类原球茎不同发育阶段和组织中存在极性的差异表达,参与了无胚根体细胞胚胎的生长发育过程。综上所述,文心兰体细胞胚在发育过程中从弱分化器官向茎叶器官转变,形成兰花特有的非同步体细胞胚胎发育现象——类原球茎。
- 王雪晶李蓉王姗姗张婧林玉玲陈裕坤林争春陈青青叶开温赖钟雄徐涵
- 关键词：文心兰类原球茎体细胞胚胎发生
- 植物耐盐性:演化和盐基因组学被引量：5
- 2020年
- 由于社会的发展需要使用盐地产出植物,因此植物耐盐性的研究变得日益重要。植物在长期演化中主要形成嗜盐植物和非嗜盐植物两类,在细胞乃至群体处理盐的机制方面发生了广泛和深度的遗传变异。鉴于发掘植物耐盐、使植物耐盐和改变植物盐环境的各领域都取得了重大进展,结合植物的演化扩展对植物耐盐的认识,从细胞机制、个体机制扩展到群体机制乃至多基因组参与的生态互作,进行以盐基因组学为视角的研究就显得非常重要。本文根据该领域的新近进展,对植物耐盐性进行演化和组学视角的回顾和分析,以期对今后的植物耐盐研究提供参考。
- 徐涵郭容芳郭容芳李蓉李蓉曹子谊王姗姗张可轩陈晓慧陈晓慧陈晓东陈裕坤叶开温林玉玲林玉玲
- 关键词：植物耐盐宏基因组生物演化
- 石斛PRMT基因家族的鉴定及其在不同光周期下的表达被引量：1
- 2022年
- 蛋白质精氨酸甲基转移酶(protein arginine methyltransferases,PRMTs)是真核生物基因组中重要的表观遗传调控因子之一,在植物信号转导、蛋白亚细胞定位和转录调控中发挥着重要作用.基于铁皮石斛基因组数据库,采用生物信息学方法对石斛PRMT基因家族进行成员鉴定,并对其基因结构、蛋白质保守基序(motif)、蛋白质理化特性和启动子顺式作用元件等进行分析.通过qRT-PCR检测DoPRMT在不同组织部位中的表达模式及对不同光周期条件的响应.在铁皮石斛(Dendrobium officinale)基因组上共筛选鉴定到6个PRMT成员,基因结构分析发现,该家族各成员内含子外显子数量有所差异,其中相差数量最多的达到25个.系统进化树可将石斛PRMT家族划分为3种类型(I、II、III)甲基转移酶,石斛中存在I型PRMT有5个,1个II型PRMT,III型甲基转移酶在其中不存在同源序列.保守结构域分析结果显示,该家族成员含有特定的PRMT和PrmA保守结构域,多数成员仅含有PrmA结构域.保守基序分析发现,该家族包含motif数量较多,各成员包含共有的motif1和motif4.启动子作用元件分析发现,该家族成员包含众多光响应元件及激素应答、厌氧诱导、逆境响应等相关响应元件.qRT-PCR数据表明,该家族各成员在金钗石斛(Dendrobium nobile)叶片中表达较高,茎中的表达较低,少数成员在根中表达较高.此外,DoPRMT在不同光周期下呈现差异性表达模式,各成员在24 h(光照)/0 h(黑暗)下相对表达量较高,在12 h/12 h、8 h/16 h、4 h/20 h等光周期条件下表达相对较低.本研究表明石斛PRMT家族成员表达具有组织特异性,并且可能在石斛响应光周期的过程中发挥重要作用.(图7表4参58)
- 赵桦张舒婷刘蒲东倪珊珊付帅叶炜陈裕坤林玉玲徐涵赖钟雄
- 关键词：铁皮石斛金钗石斛光周期
- 龙眼miR408与DlLAC12克隆及其在球形胚发生和非生物胁迫下的表达分析
- 2022年
- 为探讨miR408及靶基因DlLAC12在龙眼球形体细胞胚诱导及不同非生物胁迫下的表达模式,采用miR-RACE PCR和Tail-PCR克隆获得pri-miR408 cDNA和转录起始位点、dlo-miR408 gDNA、靶基因DlLAC12 cDNA及启动子pro-MIR408序列。研究结果显示:dlo-pri-miR408 cDNA、gDNA全长均为706 bp,5′端转录起始位点为胞嘧啶(C)。DlLAC12 cDNA全长为1725 bp,pro-MIR408全长为1532 bp。pro-MIR408序列上存在ABA、GA_(3)、JA等激素信号传导顺式作用元件和响应光、低温胁迫等相关元件。qRT-PCR结果显示,dlo-miR408-3p随外源添加的蔗糖浓度、Cu^(2+)浓度及培养温度的变化呈现动态表达;而dlo-miR408-5p1对蔗糖不敏感,在铜离子失衡和低温时下调表达。dlo-miR408-3p与DlLAC12负调控模式能响应高浓度ABA(≥500μmol•L^(-1))处理,而不同浓度GA_(3)处理下二者表达模式一致。dlo-miR408-3p与DlLAC12在球形胚诱导不同天数呈现负调控,说明在球形胚诱导过程发挥作用。试验表明,dlo-miR408与靶基因DlLAC12可参与龙眼体胚发生与非生物胁迫响应。
- 徐小萍曹清影蔡柔荻官庆栩张梓浩陈裕坤徐涵林玉玲林玉玲
- 关键词：龙眼体胚发生非生物胁迫
- 三明野生蕉抗寒特性的形态学与生理生化研究被引量：9
- 2019年
- 【目的】探究三明野生蕉(Musa itinerans)抗寒的形态学和生理生化机制。【方法】以三明野生蕉为材料,以不耐寒‘天宝蕉’(Musa acuminata‘Tianbaojiao’)为对照,采用石蜡切片法对比二者的叶片组织结构和在4℃低温处理24 h前后的表型变化。同时,比较低温处理前后叶片叶绿素荧光参数,超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)和多酚氧化酶(PPO)活性,丙二醛(MDA)、脯氨酸(Pro)和可溶性糖(SS)含量的变化差异。【结果】三明野生蕉海绵组织较薄,叶片细胞结构紧密度(CTR)更高。低温处理后,三明野生蕉叶片挺立、无损伤,叶绿素荧光参数均处于较高水平,冷害对其光合系统损伤不明显;低温处理前后,三明野生蕉SOD、POD和PPO活性和Pro含量均显著高于‘天宝蕉’。低温会导致三明野生蕉PPO活性和MDA含量显著降低,而‘天宝蕉’则表现出相反的趋势。室温条件下,三明野生蕉CAT活性与‘天宝蕉’差异不大,低温处理后却显著高于‘天宝蕉’。【结论】三明野生蕉在低温处理前后的表型和叶绿素荧光参数变化不大,推测三明野生蕉抗寒特性与较高的CTR、抗氧化酶活性和Pro含量有关。
- 李丹黄玉吉朱宁刘范田娜徐涵程春振程春振
- 关键词：叶绿素荧光低温胁迫抗氧化酶活性
