林志丰
- 作品数：3 被引量：2H指数：1
- 供职机构：广东药科大学更多>>
- 发文基金：广东省科技厅社会发展项目国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- SKAT与惩罚回归模型两阶段策略在基因组关联研究中的应用
- 2017年
- 目的本研究提出两阶段分析策略,将SKAT与惩罚回归模型联合应用,为遗传关联研究提供方法学选择的依据和指导。方法本研究使用遗传分析工作组18的数据,分别采用SKAT,LASSO,EN,cMCP,Gel以及两阶段统计分析策略(SKAT+EN,SKAT+LASSO,EN+SKAT,LASSO+SKAT)进行关联性分析。结果在基因水平,SKAT法的平均灵敏度与约登指数最高。除SKAT法外,其余统计策略的关联基因选出率均与对结局方差解释的比例和基因中包含SNPs的数目存在关联。在SNPs水平,EN法与EN+SKAT的灵敏度与约登指数最高。不同的统计策略均能把对结局效应贡献最大的真关联基因MAP4与SNPs筛选出来。结论SKAT和EN联合分析策略能够在数百万SNPs中筛选主要的疾病关联基因与SNPs,并在基因水平上统计推断,有着较高灵敏度,同时还能控制严重的假阳性错误,为遗传关联研究提供了一种较为高效的统计分析策略。
- 张俊国林志丰刘丽李丽霞杨翌郜艳晖
- 基于GWAS的lncRNA遗传变异与HBV感染结局的关联研究
- 目的：分析基于GWAS的lnc-ACACA-1和lnc-RP11-150O12.3.1-1遗传变异对HBV感染结局影响的单独作用及基因-环境交互作用。 方法：基于乙肝相关肝癌的全基因组关联研究（genome-wide ...
- 林志丰
- 文献传递
- 肝癌遗传关联研究中LncRNA H19遗传变异的生物信息学分析被引量：2
- 2015年
- 目的研究lncRNA H19遗传变异与肝癌易感性的关联,利用生物信息学的方法在实验前期筛选出H19中有潜在功能的SNPs。方法运用1000 Genomes Project和Ensembl等数据库确定H19 SNPs名录,利用Allele frequency calculator选取MAF值大于0.05的SNPs;结合文献查阅,运用SNP Function Prediction和F-SNP等功能预测软件筛选有潜在功能的SNPs。结果 5个SNPs在转录调控、蛋白质编码以及剪切调控中可能存在相应生物活性,值得进一步研究。结论对lncRNA H19的SNPs进行了科学合理的选择,可以更全面深入地探寻H19影响肝癌发生发展的遗传机制。
- 张俊国林志丰邓煜盛王臻祁永芬刘丽郜艳晖
- 关键词：肝癌H19SNP
