张俊国
- 作品数：8 被引量：15H指数：2
- 供职机构：广东药科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系更多>>
- 发文基金：广东省自然科学基金广东省科技厅社会发展项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- SKAT与惩罚回归模型联合分析策略在遗传关联研究中的应用
- 背景： 全基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies，GWAS)成功鉴定出许多与人类各种疾病关联的常见遗传变异，但能解释的疾病遗传风险比例仍然很低。稀有变异由于在人类进化过程中通常新...
- 张俊国
- 关键词：肝癌感兴趣区域
- 层次结构定量数据组内相关系数的非参数Bootstrap估计被引量：1
- 2013年
- 【导读】探讨Bootstrap自抽样如何在层次结构数据中实现，为组内相关系数（ice）可信区间的计算方法提供选择。文中利用混合效应模型估计重复测量数据和两阶段抽样数据的ICC及利用Bootstrap法估计ICC的可信区间，比较不同的自抽样模式下ICC可信区间结果。重复测量实例结果显示Bootstrap整群抽样估计的可信区间包含ICC真值，如忽视数据的层次结构特征，Bootstrap方法得到无效的可信区间估计；两阶段抽样实例结果显示整群Bootstrap自抽样方法估计的ICC均数与原样本ICC偏差最小，可信区间宽泛。表明对层次结构数据进行Bootstrap自抽样，需考虑数据的产生机制，即高水平Bootstrap自抽样的统计量估计更接近原样本统计量。
- 梁融周舒冬李丽霞张俊国郜艳晖
- 关键词：组内相关系数
- SKAT与惩罚回归模型两阶段策略在基因组关联研究中的应用
- 2017年
- 目的本研究提出两阶段分析策略,将SKAT与惩罚回归模型联合应用,为遗传关联研究提供方法学选择的依据和指导。方法本研究使用遗传分析工作组18的数据,分别采用SKAT,LASSO,EN,cMCP,Gel以及两阶段统计分析策略(SKAT+EN,SKAT+LASSO,EN+SKAT,LASSO+SKAT)进行关联性分析。结果在基因水平,SKAT法的平均灵敏度与约登指数最高。除SKAT法外,其余统计策略的关联基因选出率均与对结局方差解释的比例和基因中包含SNPs的数目存在关联。在SNPs水平,EN法与EN+SKAT的灵敏度与约登指数最高。不同的统计策略均能把对结局效应贡献最大的真关联基因MAP4与SNPs筛选出来。结论SKAT和EN联合分析策略能够在数百万SNPs中筛选主要的疾病关联基因与SNPs,并在基因水平上统计推断,有着较高灵敏度,同时还能控制严重的假阳性错误,为遗传关联研究提供了一种较为高效的统计分析策略。
- 张俊国林志丰刘丽李丽霞杨翌郜艳晖
- 惩罚广义线性模型在遗传关联研究中的应用及R软件实现被引量：5
- 2016年
- 目的遗传关联研究中高维数据与日俱增。本文探讨基于岭估计、LASSO和弹性网的广义线性模型在遗传关联研究的应用及软件实现,为高维关联分析提供方法学参考。方法介绍惩罚广义线性模型原理及软件实现方法,并采用模拟的连锁平衡和连锁不平衡的SNPs关联研究数据,以惩罚logistic模型例证R软件glmnet包对广义线性模型的拟合。结果对连锁平衡和连锁不平衡SNPs模拟数据,LASSO与弹性网均给出稀疏解,较好地选择有关联SNPs而剔除无关联变量;而岭估计把所有变量都保留在模型中,模型复杂度高但相应的解释度未增加。结论 LASSO和弹性网可对高维遗传关联数据进行有效降维,筛选变量的同时提供参数估计,从而降低模型的复杂度。R软件的glmnet包灵活拟合各类惩罚广义线性模型,可在高通量遗传关联分析中推广应用。
- 张俊国刘丽李丽霞张敏郜艳晖
- 肝癌遗传关联研究中LncRNA H19遗传变异的生物信息学分析被引量：2
- 2015年
- 目的研究lncRNA H19遗传变异与肝癌易感性的关联,利用生物信息学的方法在实验前期筛选出H19中有潜在功能的SNPs。方法运用1000 Genomes Project和Ensembl等数据库确定H19 SNPs名录,利用Allele frequency calculator选取MAF值大于0.05的SNPs;结合文献查阅,运用SNP Function Prediction和F-SNP等功能预测软件筛选有潜在功能的SNPs。结果 5个SNPs在转录调控、蛋白质编码以及剪切调控中可能存在相应生物活性,值得进一步研究。结论对lncRNA H19的SNPs进行了科学合理的选择,可以更全面深入地探寻H19影响肝癌发生发展的遗传机制。
- 张俊国林志丰邓煜盛王臻祁永芬刘丽郜艳晖
- 关键词：肝癌H19SNP
- 稀有变异的关联性研究统计方法被引量：3
- 2015年
- 复杂疾病由遗传和环境因素共同作用。在过去的10年来，全基因组关联研究（genome．wideassociationstudies）在识别复杂疾病相关联的常见变异（commonvariants，CV：MAF〉5％）方面取得了很大成功，但也发现常见变异只能解释常见疾病遗传度中很小的比例，仍有较为严重的遗传缺失（missingheritability）。
- 梁融张俊国卜涛刘丽李丽霞张敏郜艳晖
- 佛山市勒流镇工人职业病危害接触及防护行为影响因素被引量：2
- 2015年
- 目的了解佛山市顺德勒流镇企业工人职业病防护行为及影响因素,为职业病防治工作提供建议。方法以勒流镇2 909例职业体检人群为对象,调查其职业危害接触情况、职业病防护知识、单位防护措施和个人防护行为,以及职工对防护必要性与单位防护满意度等内容。结果职业接触最多的前6类人群分别是噪声、粉尘、震动、有毒有害气体、有毒有害溶剂和高温作业工人;与防护措施差的单位相比,防护措施中与好的单位其工人个体防护行为率较高,具体为单位防护措施为中的个体（噪声OR=3.29,95%CI为2.00～5.40;震动OR=2.55,95%CI为1.31～4.96;高温OR=3.58,95%CI为1.15～11.14）、单位防护措施好的个体（噪声OR=6.95,95%CI为3.90～12.40;粉尘OR=3.28,95%CI为1.37～7.87;震动OR=3.55,95%CI为1.80～7.02;高温OR=6.18,95%CI为1.73～22.15）;对单位措施满意会增加个人防护行为发生率（粉尘OR=3.12,95%CI为1.37～7.87,有毒有害气体OR=2.85,95%CI为1.62～5.03;有毒有害溶剂OR=2.20,95%CI为1.21～3.98）,也可能作用相反（震动OR=0.61,95%CI为0.40～0.93）。结论佛山市顺德勒流镇职业病防护的重点和难点是接触粉尘、有毒有害气体和溶剂人群的防护,改善单位防护措施对提高个人防护行为意义重大。
- 马晓敏张俊国王晓霖余海峰谭艳秋王燕芳郜艳晖
- 关键词：影响因素
- 2014年佛山市三水区麻疹疑似病例检测结果分析被引量：1
- 2015年
- 目的 分析三水区麻疹流行特点,为本区麻疹监测工作的顺利、有效开展提供科学依据。方法收集2014年全区88例疑似麻疹患者标本,采用ELISA法检测麻疹病毒Ig M抗体;实时荧光定量PCR法检测病毒核酸,将结果汇总分析。结果 麻疹病毒Ig M抗体检测阳性率71.76%,鼻咽拭子核酸检测阳性率87.50%,二者差异具有统计学意义（P〈0.05）;7月为麻疹发病高峰期;阳性病例集中在0~2岁和21~40岁;本地与外地人口麻疹阳性检出率差异有统计学意义（P〈0.05）;不同采样时间,鼻咽拭子核酸检测阳性率差异没有统计学意义（P〉0.05）,Ig M抗体阳性检出率差异具有统计学意义（P〈0.05）。结论 荧光定量PCR检测麻疹病毒核酸可以弥补出疹早期（〈3 d）麻疹Ig M抗体滴度过低导致血清ELISA法漏检的不足。
- 许娟张俊国余小庆
- 关键词：麻疹ELISA荧光定量PCR
