廖锡文
- 作品数：9 被引量：21H指数：2
- 供职机构：广西医科大学第一附属医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广西医疗卫生重点科研课题广西壮族自治区科学研究与技术开发计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 结肠癌肝转移相关miRNAs的初步研究被引量：1
- 2022年
- 目的初步探索与结肠癌肝转移相关的miRNAs及其对生存预后的影响。方法本研究基于GEO数据库中的结肠癌原发灶组织和肝转移灶组织的miRNAs数据集进行差异分析,筛选出可能影响结肠癌肝转移的差异表达的miRNAs(DEMs),随后利用TCGA数据库中的结肠癌(COAD)相关数据进行生存分析,评估DEMs对患者生存预后的影响。结果结肠癌原发灶组织与肝转移灶组织之间共筛选出13个DEMs(miR-122、miR-10b、miR-143-3p、miR-143-5p、miR-127-3p、miR-708、miR-28-3p、miR-497、miR-145、miR-195、miR-125b、let-7i、miR-152),提示这些DEMs与结肠癌肝转移相关。随后通过单因素生存分析发现miR-497与患者的生存预后相关,miR-497低表达者的生存时间更长(P<0.05)。结论本研究利用生物信息学技术及单因素生存分析,对结肠癌肝转移相关的DEMs进行了初步的探索,结果提示miR-497与结肠癌肝转移相关且与患者的生存预后相关。
- 傅天豪廖锡文周鑫王向坤刘峻奇韦仲柳朱广志龚艺贞彭涛
- 关键词：结肠癌肝转移生物信息学MIRNAS
- 基于TCGA全基因组RNA测序数据集探索结肠腺癌发病机制的研究
- 2019年
- 目的通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠腺癌(COAD)患者癌组织和癌旁正常结肠组织的全基因组RNA测序数据集进行富集分析(GSEA),探索结肠腺癌发病的相关机制。方法从TCGA数据库下载COAD相关的RNA测序数据集。以COAD患者癌组织和癌旁正常结肠组织作为分组变量,以"c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt"和"c5.all.v6.2.symbols.gmt"作为> 1、Norminal-P <0.05和错误发现率(FDR)<0.25的富集结果为差异有统计学意义。结果 GSEA的GO分析结果显示COAD患者的癌组织和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制与修复、脂质代谢和离子转运等生物学功能相关;KEGG富集结果显示COAD患者癌和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制、PPAR信号通路、趋化因子信号通路和自噬的调节等代谢通路有关。结论本研究从全基因组层面在转录水平上初步探索了参与COAD发生的分子机制,可为后续研究提供参考。
- 龚艺贞邓腾廖锡文王向坤马辉
- 关键词：结肠腺癌
- 基于全基因组表达谱芯片数据集对结肠癌肝转移可能机制的初步研究
- 2020年
- 目的通过GEO数据库中结肠癌肝转移的全基因组表达谱芯片数据集进行基因集富集分析(GSEA),探索结肠癌肝转移的相关机制。方法从GEO数据库中下载结肠癌肝转移的相关数据集GSE92914,以结肠癌肝转移患者的结肠原发癌组织、结肠癌旁正常组织和肝转移灶组织作为分组变量,以“c5.all.v7.0.symbols.gmt”作为参照基因集,使用GSEA-4.0.2版本进行分析。结果结肠原发癌的发生可能与激素代谢过程、T细胞增殖的正调控、NF-κB转录因子活性的正调控等生物学功能有关。对比肝转移灶组织和结肠癌旁正常组织,发现在肝转移灶组织中可以显著富集到泛素依赖蛋白分解代谢过程的正调控、去磷酸化调节和磷酸酶活性的调节等生物学功能表现。对比结肠原发癌组织和肝转移灶组织,发现在肝转移灶组织中可以显著富集到淋巴细胞分化、白细胞分化和电子传递活性等生物学功能表现。结论结肠癌肝转移灶的产生机制相较于结肠癌原发灶可能出现了改变,淋巴细胞分化、白细胞分化和电子传递活性等生物学功能可能参与了结肠癌肝转移的发生。
- 刘正乾廖锡文王向坤周鑫杨成昆刘峻奇朱广志彭涛
- 关键词：结肠癌肝转移
- 广西原发性肝细胞癌合并肝吸虫病患者的转录组测序分析
- 2024年
- 目的:利用转录组学数据探索肝细胞癌(HCC)合并肝吸虫病的分子机制与免疫环境特征。方法:收集2022年1月至2023年12月在广西医科大学第一附属医院接受手术切除的6例HCC患者(其中3例合并肝吸虫病,3例未合并肝吸虫病)的癌组织及其癌旁组织样本,进行转录组测序。比较合并与未合并肝吸虫病的HCC患者的基因表达谱,使用“Limma”包鉴定差异表达基因,并对这些基因进行功能富集(GO)分析以确定所涉及的生物学通路。使用Cibersort算法对HCC患者肿瘤微环境中的免疫细胞浸润模式进行精确量化,并构建蛋白—蛋白相互作用(PPI)网络,揭示这些差异表达基因之间的潜在相互作用和信号传导机制。结果:从合并肝吸虫病患者中鉴定出131个差异表达基因以及31个枢纽基因,它们均与代谢和炎症信号通路相关。免疫分析显示,HCC合并肝吸虫病患者肿瘤组织中静息的记忆CD4+T细胞浸润上调。结论:代谢途径的重编程、炎症信号通路的异常激活以及免疫微环境的改变可能共同构成了肝吸虫感染背景下HCC患者预后较差的潜在生物学基础。
- 黄新磊黄在达彭凯蓝晨露覃海飞韦勇光廖锡文杨成昆韩创业朱广志
- 关键词：肝细胞癌肝吸虫病转录组测序代谢途径
- 基于TCGA数据库对RUVBL1基因在结肠腺癌中的诊断和预后价值研究被引量：3
- 2019年
- 目的通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)患者癌组织和癌旁正常结肠组织的RUVBL1基因RNA测序数据进行分析,研究其在结肠腺癌中的诊断和预后的价值。方法从TCGA数据库下载COAD的RNA测序数据集及临床资料,绘制散点图比较RUVBL1基因在COAD癌组织和癌旁正常组织中的表达差异;绘制ROC曲线研究RUVBL1基因表达对COAD的诊断价值;Kaplan-Meier法绘制生存曲线分析RUVBL1基因表达与COAD总体生存时间的关系;采用单因素与多因素Cox回归模型分析临床参数与COAD临床预后的关系,其中风险比(Hazard Ratio,HR)与95%置信区间(95% Confidence Interval,95%CI)用于量化评估临床参数与预后的相关性。结果RUVBL1 基因在癌组织中的表达量为(2486.000 ± 39.590),高于其在癌旁正常结肠组织中的表达量(966.300 ± 35.450),差异有统计学意义(P < 0.001);ROC曲线显示RUVBL1基因对COAD有较高的诊断价值(AUC = 0.972,95%CI :0.958~0.986);Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示RU?VBL1基因表达与总生存时间相关,低表达患者总体生存时间优于高表达患者(P = 0.027);单因素分析结果显示患者性别、年龄与患者的预后无关(Log-rankP = 0.545,0.114),而肿瘤TNM分期(P < 0.001)、RUVBL1基因表达与COAD预后相关(CrudeP = 0.028;CrudeHR = 1.587,95%CI :1.051~2.397)。进一步进行校正肿瘤TNM分期的Cox多因素分析,结果显示RUVBL1基因高表达是影响COAD预后的独立危险因素(AdjustedP = 0.038;AdjustedHR = 1.565;95%CI : 1.026~2.386)。结论RUVBL1基因可能是COAD诊断和预测预后潜在的生物学标记物,未来需要更进一步研究来验证其价值。
- 龚艺贞廖锡文阮国添闫岭马辉
- 关键词：结肠腺癌
- 基于全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法对直肠癌发病机制的初步探讨被引量：1
- 2019年
- 目的采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法(GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制。方法从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集,以癌组织与癌旁正常组织作为表型分组依据,从GSEA网站的Molecular Signatures Database(MSigDB)中选取c2和c5作为对照基因集。结果共下载到167个直肠癌组织和10个癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集。在c2、c5富集分析结果中,在癌组织表型分组中分别获得170条、151条差异具有统计学意义的基因集,在癌旁正常组织表型中则分别获得341条、710条基因集。直肠癌发病机制可能与调控细胞周期、DNA修复、DNA复制等生物学过程和NF-κB等信号通路有关。结论直肠癌发病机制可能涉及细胞基本状态的调控。
- 廖存廖锡文韦瑞丽黄伟龚艺贞马辉
- 关键词：直肠癌
- 基于TCGA数据库分析NMB基因在结肠腺癌的诊断和预后价值被引量：1
- 2019年
- 目的探讨分析NMB基因在结肠腺癌的诊断和预后价值。方法从TCGA公共数据库下载NMB基因在结肠腺癌及癌旁正常组织中的mRNA表达量和对应病例的临床资料,然后绘制小提琴图比较NMB基因在结肠腺癌组织和癌旁正常组织的差异表达,绘制诊断性ROC曲线探讨其在结肠腺癌的诊断价值,另外运用Kaplan-Meier生存曲线、单因素和多因素Cox模型来探讨NMB基因的预后价值。结果小提琴图结果提示NMB基因在结肠腺癌癌组织的表达水平高于癌旁正常组织(P <0.001),诊断性ROC曲线结果说明NMB基因在结肠腺癌的诊断中有较高价值(P <0.0001, AUC=0.976,95%CI:0.963~0.990)。探索NMB基因的预后价值发现NMB与结肠腺癌患者总生存时间有关(Adjusted P=0.007,HR=1.778,95%CI:1.167~2.710),NMB低表达的结肠腺癌患者有更好的预后。结论 NMB基因可能是结直肠癌诊断和预后的一个独立潜在的生物学标志物。
- 朱丽晨阮国添马辉廖锡文廖存闫岭龚艺贞
- 关键词：结肠腺癌
- 肝细胞癌切除术后行经导管肝动脉灌注化疗术患者ALT水平改变相关的单核苷酸多态性位点分析被引量：1
- 2016年
- 目的探讨影响原发性肝细胞癌(PHC)切除术后行经导管肝动脉灌注化疗术(TAC)患者血清ALT水平变化相关的单核苷酸多态性(SNP)位点。方法纳入肝癌肝切除术后行TAC治疗的PHC患者59例,获取其术中切取标本以提取组织DNA,通过芯片技术获取全外显子SNP。通过EMMAX检验多因素分析选择与术后ALT/术前ALT比值相关的SNP位点。通过KOBAS 2.0 program数据库筛选有关的候选SNP位点,采用线性回归模型分析影响患者术后ALT变化的基因型。结果 KOBAS 2.0 program筛选结果显示,位于12号染色体SLCO1B1基因上的rs2306283与患者术后ALT/术前ALT比值升高相关(最小等位基因频率=0.132,P=3.65×10^(-5))。线性回归分析结果显示,相对于GG基因型,SLCO1B1基因的AA+AG基因型OR=2.55(P<0.05),rs2306283为显性遗传模型,AA基因型和AG基因型为风险基因型。结论肝细胞癌切除术后行TAC患者SLCO1B1基因rs2306283的AA和AG基因型可能与术后ALT水平升高相关。
- 陈治伟刘晓光韩创业朱广志苏浩于龙鲁磊廖锡文覃玮杨成昆刘征涛叶新平李佳荃桂滢莫曾南胡艳玲肖开银彭涛
- 关键词：原发性肝细胞癌谷丙转氨酶全基因组关联分析
- 原发性肝细胞癌根治术后行肝动脉化疗栓塞术生存分析被引量：14
- 2018年
- 目的由于原发性肝细胞癌的早期症状比较隐匿,大多数患者确诊时已经是中晚期,彻底根治较为困难。但是随着人们对肝癌治疗认识的不断深入,术后应用辅助性治疗得到了业界的广泛认可。本研究通过回顾性分析比较原发性肝癌根治术及术后行经导管肝动脉介入化疗栓塞(transcatheter arterial chemoembolization,TACE)对原发性肝癌的治疗效果,综合分析影响肝癌患者预后的因素。方法回顾性分析2007-01-01—2011-10-31在广西医科大学第一附属医院肝胆外科诊断为原发性肝癌的患者资料共170例,观察组(n=85)为肝癌根治性切除术后行TACE介入治疗组,对照组(n=85)为单纯行肝癌根治性切除组。使用Log-rank检验进行分组变量之间的生存分析,Cox风险模型分析影响肝癌切除术及术后行TACE介入治疗效果的独立预后因素。结果观察组1、2、3和5年的累积生存率分别为85.9%(73/85)、81.2%(69/85)、72.9%(62/85)和47.1%(40/85)。1、2、3和5年的复发率分别为50.6%(43/85)、70.6%(60/85)、72.9%(62/85)和81.2%(69/85)。而对照组1、2、3和5年的累积生存率分别为82.4%(70/85)、68.2%(58/85)、60.0%(51/85)及27.1%(23/85)。1、2、3和5年的复发率分别为51.8%(44/85)、65.9%(56/85)、75.3%(64/85)及80.0%(68/85)。Cox回归多因素分析显示,肿瘤肝内转(HR=6.601,95%CI为1.502~20.549,P=0.010)、术前甲胎蛋白(alpha fetoprotein,AFP)值(HR=4.357,95%CI为1.096~18.136,P=0.037)是总生存时间的影响因素。而肿瘤肝内转移(HR=5.640,95%CI为1.160~27.415,P=0.032)、肿瘤直径(HR=7.713,95%CI为1.521~39.112,P=0.014)和镜下癌栓(HR=5.698,95%CI为1.187~27.343,P=0.030)是无瘤生存时间的独立预后因素。结论对于术前AFP≥400μg/L、肿瘤直径≥5cm及术前出现肝内转移的患者,术后行TACE可延长无瘤生存时间及总生存时间,降低肿瘤复发的概率。
- 鲁磊肖开银朱广志廖锡文韩创业陈治伟覃玮叶新平陈滨尚丽明苏智雄苏铭文张陈希纲郭雅彭民浩彭涛
- 关键词：原发性肝细胞癌介入治疗肿瘤复发
