孙红梅
- 作品数：4 被引量：1H指数：1
- 供职机构：哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院更多>>
- 发文基金：黑龙江省教育厅科学技术研究项目黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基于功能基因组数据整合方法研究前列腺癌风险基因
- 2012年
- 目的:利用生物信息学方法,将高通量基因表达数据与单核酸多肽(SNP)基因型数据进行整合分析,研究并注释前列腺癌风险基因。方法:本文基于EST、SAGE、基因芯片三类功能基因组数据整合的方法研究前列腺癌风险基因。首先,通过三类数据寻找前列腺癌中异常表达和差异表达基因。利用全基因组关联分析得到前列腺癌相关基因的SNPs。定位所得到的前例腺癌差异表达基因与SNPs到染色体,获取与SNPs在同一区段的差异表达基因,并通过各种数据库注释所得基因。结果:通过数据整合分析,最终得到前列腺癌风险基因84个,其中20多个基因已被证实与前列腺癌极其相关。结论:整合前列腺癌高通量表达数据与SNP基因型数据,能够快速有效的获得前列腺癌显著相关基因。此方法可以推广于其它癌症的研究。
- 马晔田进伟孙红梅徐良德
- 关键词：全基因组关联分析SNP基因表达前列腺癌
- 基于蛋白质互作网络的功能模块挖掘
- 2012年
- 有一些研究已经表明生物系统是由功能模块间的相互作用组成的。因此,鉴别这些功能模块对于理解生物系统的模块性和组织结构是十分必要的。本文提出了一个框架来鉴别功能模块通过整合蛋白质互作网络和基因表达谱数据。应用算法于双重加权酵母蛋白质互作网络中,得到了120个功能模块。这些模块显著的富集在蛋白质相关的GO的生物学过程上。因此,本文提出的算法可以很好的挖掘蛋白质互作网络中功能模块。
- 马晔孙红梅
- 关键词：蛋白质互作网络基因表达功能模块
- 融合基因关系网和功能预测恶性胶质瘤基因方法研究被引量：1
- 2014年
- 目的:建立挖掘恶性胶质瘤候选基因的方法并进行系统分析。方法:结合恶性胶质瘤已知通路内基因和发生点突变和拷贝数改变的基因构建扩展基因关系网络,计算并分别寻找在网络中度和中心性得分高,脆弱性为正数的节点(基因),将满足一种或多种测度并与已知恶性胶质瘤基因共功能的基因作为恶性胶质瘤候选基因。最后,通过文献验证方法评价多种测度预测恶性胶质瘤基因的效能。结果:融合基因功能后,利用基因在网络中的度和脆弱性可识别大部分恶性胶质瘤基因,但利用中心性预测的结果较差;当将三个测度融合后,效能并没比单独使用脆弱性高。结论:融合基因功能关系和网络脆弱性是预测恶性胶质瘤基因的最佳测度。
- 孙红梅常志强张淑娟许艳
- 关键词：中心性恶性胶质瘤
- 初探E2F1对基因组内跨膜信号转导基因的调控作用
- 2012年
- 目的:从基因组全局性角度研究E2F1对包括离子通道和G蛋白偶联受体在内的重要的跨膜信号转导基因的调控作用。方法:对从TRED和IUPHAR获取的E2F1靶基因数据和基因组离子通道及G蛋白偶联受体基因数据进行数据联配,获取E2F1调控的离子通道基因(ICG)和G蛋白偶联受体基因,并对调控基因进行家族富集性分析和组织特异性分析。结果:发现E2F1对7个ICG具有调控作用,且具有钾离子通道富集性,调控的离子通道基因具有心脏、脑、消化系统组织表达特异性。获得的11个受E2F1调控的G蛋白偶联受体基因家族富集性不明显,组织特异性表达不一致。结论:E2F1可能通过对钾离子通道基因的表达调控,实现对相应组织的作用机理影响,相应调控作用的紊乱也将导致心脏、脑或消化系统疾病,但难以确定E2F1对GPCR的调控作用效果。
- 孙红梅马晔陈方徐良德
- 关键词：转录调控离子通道G蛋白偶联受体组织特异性
