张岩
- 作品数：21 被引量：27H指数：3
- 供职机构：哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金哈尔滨市科技创新人才研究专项资金黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生文化科学理学更多>>
- 癌症中DNA甲基化基因模块筛选被引量：2
- 2014年
- 肿瘤的发生受遗传学和表观遗传学修饰的共同影响。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,在癌症的发生与发展中起着重大的作用。因此找到癌症的甲基化标记物在癌症的诊断和治疗中具有重大意义。本文利用权重基因共表达网络分析的方法(WGCNA)筛选出甲基化基因模块,并分析模块向量基因,进行功能注释,最后对基因模块进行功能分析,得到DNA甲基化与肿瘤间的关系。结果显示,这些甲基化异常的基因模块与癌症的发生有着显著的关联。同时还发现某些甲基化异常的基因模块与多种癌症的发生都有着显著的关联。
- 张淑梅张彬刘军厚刘洪波苏建忠王芳张岩
- 关键词：表观遗传修饰肿瘤甲基化
- 癌症相关的DNA甲基化连锁区域
- 2014年
- DNA甲基化是重要的表观遗传标记之一,在转录调控中起直接作用。DNA甲基化的异常与癌症的发生发展密切相关。高通量测序使得在单碱基分辨率下检测全基因组的DNA甲基化水平成为可能。本文基于临近CpGs位点甲基化水平的相关性挖掘DNA甲基化连锁区域。结果发现DNA甲基化连锁区域的甲基化水平和模式在癌症中存在异常,而且显著富集到分化/发育相关的生物学功能。DNA甲基化连锁区域的挖掘有助于对具有生物学功能的表观遗传标记的进一步理解,有助于对癌症诊断的表观遗传标记的挖掘。
- 王丽波王芳张岩
- 关键词：DNA甲基化癌症相关系数
- 组合数学在生物信息学教学中的应用被引量：1
- 2012年
- 从试验中获取的生物信息进行储存、检索和分析是生物信息学研究的基本工作,所得的生物信息往往是离散的数据,而组合数学研究的对象就是离散数据,并有成熟的理论体系和组合算法思想,因此可以利用组合算法模型,以计算机为工具研究生物信息数据。本文浅谈组合数学在生物信息学教学中应用,以及在生物信息学专业中开设的重要性。
- 苏建忠张岩刘洪波王芳崔颖
- 关键词：组合数学生物信息学
- 基于ChIP-seq的差异组蛋白修饰区域的筛选被引量：1
- 2014年
- 组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰,随着ChIP-Seq的广泛使用,高通量数据的积累,为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样本间筛选疾病相关的调控区域的方法,因而本文开发了一种多细胞系的差异筛选算法来识别差异组蛋白修饰区域。本文通过窗口移动法来估计组蛋白修饰水平,并根据信息熵理论定量各个细胞系之间的差异。基于随机背景来确定差异显著性阈值。利用此算法来筛选人类全基因组9个细胞系间H3K4me3差异的区域,结果显示这些区域显著富集在基因启动子上和其他重要的染色质状态上,且与先前人们发现的活性启动子染色质状态显著重叠。通过文献挖掘进一步证实了与白血病相关的基因组标记。这些结果表明基于熵的策略可有效地挖掘多细胞系间以及与疾病相关的差异组蛋白修饰。
- 祝让飞刘洪波苏建忠王芳崔颖张岩
- 关键词：表观遗传修饰
- 血红蛋白结构及其携氧功能的软件平台开发
- 2009年
- 血红蛋白及其携氧功能的软件平台(HBMS)是运用JavaEE的技术开发的关于血红蛋白空间结构和携氧功能的查询软件平台,通过该平台可快速查询血红蛋白的结构和功能的一些特性。HBMS提供了血红蛋白的各级空间结构的查询,同时可以计算出不同氧分压下血氧饱和度的变化并绘制血氧饱和度曲线,用以解析血红蛋白的输送氧气的能力。该系统并提供了血红蛋白结构及其携氧功能的免费查询网站(地址:http://192.168.1.25:8080/sybms/)。
- 何成军张瑞敏苏建忠王芳张岩
- 关键词：血红蛋白JAVA技术血氧饱和度
- 医学院校生物信息学专业《组合数学》教学方法浅谈
- 2015年
- 组合数学可以培养学生的逻辑思维能力用于解决医药学科的实际问题，但是也正是因为其高度的抽象性和严密的逻辑推理正远离学生的兴趣。本文从组合数学在医学院校课程开设的特点和现状出发进行探讨，加深学生理解组合数学在生物医学中的应用。通过改进教学内容和教学方法，充分利用多媒体辅助教学，提高学生的学习兴趣，加设组合数学实验课培养学生创新性思维，精挑细选课后练习，培养学生利用组合数学理论解决生物医学实际问题的能力。
- 刘洪波王芳苏建忠张岩
- 关键词：组合数学教学方法生物医学生物信息学
- Identification of differentially methylated regions (DMRs) by entropy
- 1 Introduction DNA methylation,as an inartificial and inheritance epigenetic event,affects biological phenotyp...
- 刘洪波吕杰朱江张岩
- 文献传递
- Discovering functional regulatory relationships of chromatin modifications in human CD4+ T cells by Bayesian network
- 1.Introduction Eukaryotic transcription is accompanied by combinatorial chromatin modifications as functional ...
- 吕杰刘洪波朱江张岩
- 文献传递
- 基于denovo测序分析Bt菌株S3299-1基因组特征被引量：2
- 2015年
- 分离菌株S3299-1是从海南省吊罗山热带雨林自然保护区土壤中分离保存的对小菜蛾具有杀虫活性的苏云金芽孢杆菌,但目前尚未明确该菌株的杀虫蛋白基因。本研究主要采用Illumina Hiseq2000二代测序平台对分离菌株S3299-1基因组进行Survey测序以挖掘该菌株的杀虫蛋白基因。研究结果表明:S3299-1基因组的大小为5 498 939 bp,GC含量为34.94%,Scaffold 176个,ORF 5 755个,将Scaffold进行拼接得到4个复制子,即一个大小为4 338 kb的拟核和3个不同的质粒(S3299-1p01,S3299-1p02,S3299-1p03),并预测可能含有的毒蛋白编码基因有25个。通过草图测序以及生物信息学分析手段获得S3299-1的框架图,预测该菌株可能含有的杀虫蛋白基因以及为今后研究该菌株的杀虫蛋白功能提供基础。
- 黄飞燕李莉周燕周燕魏艳军李有志李有志张岩
- 关键词：苏云金芽孢杆菌基因组毒蛋白生物信息学分析
- 基于模糊理论预测CpG岛新方法被引量：1
- 2009年
- 启动子区域的CpG岛的异常甲基化是识别癌症的重要标志之一。目前已经建立的一些CpG岛的预测思想和方法都有自身的缺点,基于模糊理论的预测思想从贴进度的角度来判定CpG岛,能更容易地找到被以往方法所忽略的具有更多生物学意义的CpG岛。本研究通过构建属于CpG岛集合的隶属函数,计算候选序列的隶属度,找出所有的可接受隶属程度的CpG岛。将该方法应用于UCSC数据库中的一段序列(hg18-chr1-31618510-31623510--1000)进行预测,发现提高了预测的精确度。可见应用模糊理论预测CpG岛具有一定的可行性,利用选取不同的截集,可以得到更为精确的CpG岛。
- 王金龙苏建忠王芳崔颖张岩
- 关键词：CPG岛隶属函数截集
