苏建忠
- 作品数：13 被引量：19H指数：3
- 供职机构：哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金哈尔滨市科技创新人才研究专项资金黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学文化科学理学医药卫生更多>>
- 血红蛋白结构及其携氧功能的软件平台开发
- 2009年
- 血红蛋白及其携氧功能的软件平台(HBMS)是运用JavaEE的技术开发的关于血红蛋白空间结构和携氧功能的查询软件平台,通过该平台可快速查询血红蛋白的结构和功能的一些特性。HBMS提供了血红蛋白的各级空间结构的查询,同时可以计算出不同氧分压下血氧饱和度的变化并绘制血氧饱和度曲线,用以解析血红蛋白的输送氧气的能力。该系统并提供了血红蛋白结构及其携氧功能的免费查询网站(地址:http://192.168.1.25:8080/sybms/)。
- 何成军张瑞敏苏建忠王芳张岩
- 关键词：血红蛋白JAVA技术血氧饱和度
- 组合数学在生物信息学教学中的应用被引量：1
- 2012年
- 从试验中获取的生物信息进行储存、检索和分析是生物信息学研究的基本工作,所得的生物信息往往是离散的数据,而组合数学研究的对象就是离散数据,并有成熟的理论体系和组合算法思想,因此可以利用组合算法模型,以计算机为工具研究生物信息数据。本文浅谈组合数学在生物信息学教学中应用,以及在生物信息学专业中开设的重要性。
- 苏建忠张岩刘洪波王芳崔颖
- 关键词：组合数学生物信息学
- 癌症中DNA甲基化基因模块筛选被引量：2
- 2014年
- 肿瘤的发生受遗传学和表观遗传学修饰的共同影响。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,在癌症的发生与发展中起着重大的作用。因此找到癌症的甲基化标记物在癌症的诊断和治疗中具有重大意义。本文利用权重基因共表达网络分析的方法(WGCNA)筛选出甲基化基因模块,并分析模块向量基因,进行功能注释,最后对基因模块进行功能分析,得到DNA甲基化与肿瘤间的关系。结果显示,这些甲基化异常的基因模块与癌症的发生有着显著的关联。同时还发现某些甲基化异常的基因模块与多种癌症的发生都有着显著的关联。
- 张淑梅张彬刘军厚刘洪波苏建忠王芳张岩
- 关键词：表观遗传修饰肿瘤甲基化
- 基于ChIP-seq的差异组蛋白修饰区域的筛选被引量：1
- 2014年
- 组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰,随着ChIP-Seq的广泛使用,高通量数据的积累,为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样本间筛选疾病相关的调控区域的方法,因而本文开发了一种多细胞系的差异筛选算法来识别差异组蛋白修饰区域。本文通过窗口移动法来估计组蛋白修饰水平,并根据信息熵理论定量各个细胞系之间的差异。基于随机背景来确定差异显著性阈值。利用此算法来筛选人类全基因组9个细胞系间H3K4me3差异的区域,结果显示这些区域显著富集在基因启动子上和其他重要的染色质状态上,且与先前人们发现的活性启动子染色质状态显著重叠。通过文献挖掘进一步证实了与白血病相关的基因组标记。这些结果表明基于熵的策略可有效地挖掘多细胞系间以及与疾病相关的差异组蛋白修饰。
- 祝让飞刘洪波苏建忠王芳崔颖张岩
- 关键词：表观遗传修饰
- 医学院校生物信息学专业《组合数学》教学方法浅谈
- 2015年
- 组合数学可以培养学生的逻辑思维能力用于解决医药学科的实际问题，但是也正是因为其高度的抽象性和严密的逻辑推理正远离学生的兴趣。本文从组合数学在医学院校课程开设的特点和现状出发进行探讨，加深学生理解组合数学在生物医学中的应用。通过改进教学内容和教学方法，充分利用多媒体辅助教学，提高学生的学习兴趣，加设组合数学实验课培养学生创新性思维，精挑细选课后练习，培养学生利用组合数学理论解决生物医学实际问题的能力。
- 刘洪波王芳苏建忠张岩
- 关键词：组合数学教学方法生物医学生物信息学
- 医学院校医用高等数学教学方法的探讨被引量：5
- 2009年
- 从高等数学在医学院校课程开设的特点和现状出发进行探讨,加深学生理解高等数学在医学中的应用。通过精选教学内容改进教学方法,利用辅助的多媒体课件提高学生的学习兴趣,加设数学实验课来锻炼和提高学生运用高等数学的知识思想解决医学实际问题的能力,通过重视习题锻炼学生的总结和综合运用知识的能力。
- 王芳苏建忠崔颖张岩
- 关键词：医用高等数学教学方法数学实验习题
- 生物信息学专业《组合数学与图论》实验教学改革探索与实践
- 2014年
- 组合数学与图论是生物信息学专业本科生必修课。结合组合数学与图论的特点和现状出发，探讨实验教学在组合数学与图论理论知识学习及应用能力培养中的作用，通过改进课题教学内容与实验课程相结合的策略，提高学生的学习兴趣，培养学生的创新性思维，从而培养学生利用组合数学理论解决生物医学实际问题的能力。
- 刘洪波苏建忠王芳张岩
- 关键词：实验教学生物信息学
- 基于模糊理论预测CpG岛新方法被引量：1
- 2009年
- 启动子区域的CpG岛的异常甲基化是识别癌症的重要标志之一。目前已经建立的一些CpG岛的预测思想和方法都有自身的缺点,基于模糊理论的预测思想从贴进度的角度来判定CpG岛,能更容易地找到被以往方法所忽略的具有更多生物学意义的CpG岛。本研究通过构建属于CpG岛集合的隶属函数,计算候选序列的隶属度,找出所有的可接受隶属程度的CpG岛。将该方法应用于UCSC数据库中的一段序列(hg18-chr1-31618510-31623510--1000)进行预测,发现提高了预测的精确度。可见应用模糊理论预测CpG岛具有一定的可行性,利用选取不同的截集,可以得到更为精确的CpG岛。
- 王金龙苏建忠王芳崔颖张岩
- 关键词：CPG岛隶属函数截集
- 癌症DNA甲基化调控位点的识别被引量：3
- 2015年
- DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,在基因的转录调控方面具有重要的作用。异常的DNA甲基化可以导致癌症等复杂疾病发生,癌基因相关的DNA甲基化调控位点的识别对于解析癌症的发生发展机制及识别新的癌症标记具有重要意义。本研究通过整合The Cancer Genome Atlas(TCGA)的泛癌症基因组的高通量甲基化谱和基因表达谱,识别癌基因相关的DNA甲基化调控位点。对于每种癌症分批次计算Cp G位点甲基化与相关基因表达之间的相关性,并筛选调控下游基因的Cp G位点(包括强调控位点、弱调控位点和不调控位点),结果表明仅有一半的Cp G位点对下游基因具有调控作用;对癌症间共享的调控位点的分析发现不同癌症间共享的调控位点不尽相同,表明癌症特异的甲基化调控位点的存在。进一步地,对差异甲基化和差异表达基因的功能富集分析揭示了受甲基化调控的基因确实参与了癌症发生发展相关的功能。本研究的结果是对当前甲基化调控位点集的重要补充,也是识别癌症新型分子标记特征的重要资源。
- 韦云真刘晓娟王芳苏建忠张岩刘洪波
- 关键词：DNA甲基化基因表达转录调控癌症
- 医学院校生物信息学专业《数据库原理与技术》教学方法研究与实践被引量：1
- 2011年
- 根据医学院校生物信息学专业数据库教学的现状及普遍存在的问题,深入研究PBL教学法,将该方法引入到数据库教学中,以传统教学方法为辅,理论与实践相结,应用多种数据库软件,强调生物信息专业的数据库知识学习和应用的专业特点,促使学生在快乐的氛围中掌握专业知识,提高学习能力,感受学习的快乐,增强学习信心,从而达到较好的教学效果。
- 崔颖王芳苏建忠刘洪波张岩史庆春
- 关键词：医学院校生物信息学数据库教学方法
