章民
- 作品数：4 被引量：3H指数：1
- 供职机构：广西大学动物科学技术学院更多>>
- 发文基金：广西壮族自治区科学研究与技术开发计划广西大学科学技术研究重点基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及实验验证
- 本研究应用电子克隆技术和生物信息库对来自正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的部分EST序列进行了分析和克隆，得到20条片段重叠群(contigs)并进行了基因注释，证实它们均得到了有效延伸，具有完整开放阅读框，其中...
- 杨坚罗廷荣苏丽娟尹珊李晓泉章民李延生孙石开蔡新斌李晓宁
- 关键词：表达序列标签基因定位
- 正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证
- 2011年
- 【目的】探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法。【方法】以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性。【结果】电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群(Contigs),经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框(ORF),其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条;从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列(ESTcontig110和ESTcontig133)进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列ESTcontig110和ESTcontig133的预期扩增片段(ORF)与实际扩增片段(ORF)基本一致,核苷酸相似性在98.0%以上,氨基酸相似性在93.0%以上。而对ESTcontig133的ORF序列(猪的60S核糖体蛋白L18a亚基)进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点。【结论】从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考。
- 李晓宁苏丽娟尹珊李晓泉章民李延生孙石开蔡新斌杨坚罗廷荣
- 关键词：外周血淋巴细胞电子克隆
- 广西流行狂犬病毒糖蛋白基因的遗传性分析被引量：1
- 2012年
- 【目的】通过测定广西流行狂犬病毒糖蛋白(G)基因的全序列,了解广西狂犬病的流行趋势和遗传变异规律,为制定广西狂犬病的防控策略提供科学依据。【方法】2000年10月～2007年10月,从广西14个市采集1569份动物脑组织,经RT-PCR检测及小白鼠脑内接种试验分离狂犬病毒,然后对狂犬病毒G基因进行测序分析。【结果】从广西各地共分离获得26株狂犬病毒野毒株,其中犬23份,牛、猪、猫各1份。狂犬病毒G基因核苷酸全长2067bp,开放阅读框1575bp,编码524个氨基酸。根据G基因核苷酸同源性及遗传进化树分析结果,可将广西流行的狂犬病毒株分成3个群,Ⅰ群15株,其核苷酸同源性为97.7%～99.9%;Ⅱ群10株,其核苷酸同源性为98.0%～99.9%;Ⅲ群只有1株。通过氨基酸变异分析,了解了26株野毒株G基因编码蛋白的氨基酸突变位点。【结论】广西存在3个群的狂犬病毒野毒株,且以Ⅰ群和Ⅱ群流行为主,3个群的氨基酸变异均呈现明显的特异性。
- 杨健张红普章民李晓宁何晓霞谢琳娟陆专灵韦显凯唐海波罗廷荣
- 关键词：狂犬病毒G基因
- 正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库构建及EST初步分析被引量：2
- 2011年
- 【目的】构建猪淋巴细胞基因文库,初步绘制正常猪外周血淋巴细胞的基因表达谱,为进一步筛选免疫相关基因提供平台。【方法】以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA,与质粒载体连接后转化大肠杆菌,进一步扩增后,获得猪外周血淋巴细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合,并进行序列分析和注释。【结果】构建了正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库,获得库容量为1.2×106PFU/mL、重组率为93.3%、85%插入片段处于750～2000bp的高质量文库;随机测定1100条ESTs,经拼接和聚类,获得152条高表达的基因重叠群(Contigs)和619条低表达基因——单拷贝的EST(Singletons);经序列比对分析,发现23.3%ESTs为与任何物种都没有匹配的新基因,75.9%ESTs为与猪没有匹配的新基因。用GO数据库对获得的EST进行基因功能分类和KEGG路径图分析,发现丝裂原活化蛋白激酶途径(Mi-togen-activatedproteinkinase,MAPK)、钙信号通路、胰岛素信号通路、脂肪细胞因子信号通路、Toll-like受体信号通路、B细胞受体信号通路和T细胞受体信号通路的基因均有较高表达。【结论】大部分的猪外周血淋巴细胞基因尚未被分离和鉴定出来,但这些基因mRNA转录和表达丰度均较高,且在猪外周血淋巴细胞中起着非常重要的作用。
- 李晓宁孙石开蔡新斌杨坚苏丽娟章民李晓泉尹珊李延生罗廷荣
- 关键词：外周血淋巴细胞CDNA文库
