王四华
- 作品数：4 被引量：4H指数：1
- 供职机构：华侨大学生物工程与技术系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省自然科学基金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术化学工程生物学理学更多>>
- 二氢叶酸还原酶在盐溶液中的分子动力学模拟
- 2012年
- 为了研究嗜盐酶如何在高盐环境下维持稳定性与活性,本文以沃尔卡尼极嗜盐菌及大肠杆菌的二氢叶酸还原酶(DHFR)为模型,将二者分别置于5种不同盐浓度的水溶液中进行分子动力学模拟。经9ns动力学模拟,得到了二者在不同浓度盐溶液中的运动轨迹,通过对运动轨迹的分析,获取了二者在不同盐浓度下的动力学特性。结果发现嗜盐古生菌的二氢叶酸还原酶自身所形成盐桥及与溶剂所形成的氢键均比大肠杆菌的二氢叶酸还原酶多,而溶剂可及性表面则要小,二者差异均达极显著水平。同时还分析了这两种分子及其氨基酸残基的柔性等。
- 王四华付晓平王文研张光亚
- 关键词：分子动力学模拟二氢叶酸还原酶氢键
- 以分子动力学模拟探究苹果酸脱氢酶的嗜极机制被引量：1
- 2014年
- 为了研究嗜热酶、嗜冷酶在极端温度下维持稳定性和活性的机制,本文通过分子动力学模拟的方法,从原子尺度上分析了嗜热苹果酸脱氢酶及其同源嗜冷酶的分子动力学特性。数据显示嗜热酶所形成的盐桥和氢键明显多于嗜冷酶。通过比较均方根偏差、回旋半径、氨基酸残基的柔性等值,发现嗜热酶的结构较非嗜热酶更具刚性。盐桥、氢键数目的不同和整体结构的刚柔性,很可能会是嗜热、嗜冷酶在极端温度下能维持结构稳定的主要原因。
- 沈婷婷王四华孟菲张光亚
- 关键词：苹果酸脱氢酶嗜热酶分子动力学模拟
- 木聚糖酶与单壁碳纳米管的吸附分子动力学模拟
- 2013年
- 通过分子动力学模拟的方法,从原子尺度研究木聚糖酶与单壁碳纳米管(SWNTs)相互吸附的动力学过程和酶分子特性.通过观察动力学轨迹和定量分析,发现SWNTs和酶分子逐渐靠近最后稳定的吸附在一起,且酶分子的不同部位与SWNTs吸附动力学过程存在差异.SWNTs表面的原子构象在吸附过程中经历了不同程度的调整,且蛋白质整体构象因受到SWNTs的影响也有所改变.CNT1体系中芳香族氨基酸TRP120和TYR122的芳香环正好与SWNTs表面平行,CNT2体系中蛋白质的C端最终吸附在SWNTs表面,使得酶和SWNTs结合的更加稳定.综合考虑认为CNT2体系为最佳吸附体系.
- 王四华黄可君张光亚
- 关键词：碳纳米管分子动力学木聚糖酶物理吸附
- 以分子动力组学的方法探究嗜盐酶的嗜盐机理被引量：3
- 2013年
- 通过分子动力组学的方法,从原子尺度上分析4组嗜盐酶及其同源非嗜盐酶的分子动力学特性.结果发现:嗜盐酶所形成的盐桥和氢键明显多于非嗜盐酶,嗜盐酶的溶剂可及性表面要小于非嗜盐酶.通过比较嗜盐与非嗜盐的均方根偏差、回旋半径及末端距等参数,发现嗜盐酶的结构较非嗜盐酶更具刚性.同时,非嗜盐酶多个部位的氨基酸残基柔性比嗜盐酶的要大很多.研究表明:能形成较多的盐桥、氢键,较小的溶剂可及性表面和整体结构的刚性,很可能是嗜盐酶在高盐环境中维持其结构稳定的主要原因.
- 王四华黄可君张光亚
- 关键词：分子动力学模拟
