刘晓洁
- 作品数：4 被引量：17H指数：3
- 供职机构：中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院西部之光基金更多>>
- 相关领域：农业科学天文地球生物学更多>>
- 新疆野苹果GRAS转录因子家族全基因组鉴定与响应腐烂病菌侵染的表达分析
- 2023年
- 在植物中,GRAS转录因子通过参与光信号通路和赤霉素通路等多种信号传导途径来响应植物非生物胁迫过程已被广泛研究,但对其在生物胁迫中的响应机制研究较少。本研究基于新疆野苹果(Malus sieversii)基因组,通过TBtools、Pfam和NCBI-CDD分析软件,对新疆野苹果GRAS家族基因(MsGRAS)进行筛选与验证;随后利用Protein Paramter Calc分析MsGRAS家族成员蛋白的理化性质,用MEGA构建系统发育树;最后利用PlantCARE和Graphics软件分析MsGRAS的2000 bp顺式作用元件。此外,分析MsGRAS基因与栽培苹果(Malus domesitica)MdGRAS基因的共线性关系。通过腐烂病菌(Valsa mali)侵染后的全长转录组数据和RT-qPCR实验对MsGRAS基因家族在响应新疆野苹果抵抗腐烂病菌过程中的表达模式进行分析和验证。结果显示:(1)在新疆野苹果中共鉴定获得83个GRAS基因,涵盖DELLA、LS、SCR、SCL3和DLT等11个亚家族;蛋白结构域预测结果表明,83个MsGRAS蛋白均包含GRAS结构域,其中有4个蛋白单独具有DELLA结构域。顺式作用元件分析显示,81个MsGRAS基因的启动子区域含有多种激素相关元件。MsGRAS基因家族共线性分析结果显示,65个MsGRAS基因和68个MdGRAS基因之间存在152对共线性关系,在栽培苹果的驯化过程中丢失了18个MsGRAS基因。(2)RNA-seq数据表明,有18个MsGRAS基因在腐烂病感染过程中差异表达,其中LISCL亚家族中差异表达基因数量最多(6个)。(3)RT-qPCR结果表明,共有6个MsGRAS基因在新疆野苹果抵抗腐烂病感染过程中显著差异表达,其中包括4个上调的MsGRAS基因,主要为LISCL亚家族成员,并且PAT1亚家族成员Ms02G03400在腐烂病菌侵染5天时,其表达量上调50倍。综上结果表明,PAT1和LISCL亚家族成员在新疆野苹果抗腐烂病过程中可能发挥重要作用,可作为后续抗病基因研究的候选基因。该研究结果为新疆野苹果GRAS基因响应腐烂病菌侵染的功能和机理研究奠定了基
- 张雪纯赵明奇贾珊珊牙库甫江·阿西木刘晓洁刘晓洁张道远
- 关键词：新疆野苹果苹果腐烂病抗病基因
- 划布轮法鉴定新疆野苹果树腐烂病抗性方法的建立被引量：4
- 2019年
- 中国新疆野苹果正遭受大面积死亡的生态危机,而腐烂病是主要诱因之一,急需对该植物资源进行抢救性保护。本研究旨在探索快速、高效及适用于野外的野苹果腐烂病抗性株快速筛选鉴定的方法。通过室内对5株15个新疆野苹果离体枝条和田间50株250片离体叶片进行划布轮刺伤,并接菌腐烂病强致病03-8菌株,25℃保湿观察。结果表明,枝条刺伤接菌8 d后发病率达100%,平均病斑长度为24～114 mm;叶片刺伤接菌4 d后发病率达100%,病斑面积比率为7%～88%,并鉴定出不同植株腐烂病抗性差异。表明对刺伤的枝条和叶片接菌是一种快速高效可信的腐烂病抗性株筛选鉴定方法,并适用于田间大样本量的抗性株初级筛选鉴定操作。
- 刘晓洁李小双李小双张燕梁玉青周平张道远
- 关键词：苹果树腐烂病刺伤抗病性
- 新疆野苹果AP2/ERF转录因子家族鉴定与响应腐烂病的表达分析被引量：5
- 2022年
- AP2/ERF转录因子家族参与了植物生长发育、抵抗胁迫以及植物激素响应等诸多生物过程,是植物中最重要的转录因子家族之一。该研究基于腐烂病菌侵染后的新疆野苹果(Malus sieversii)全长转录组,使用AP2保守结构域的隐马可夫模型PF00847,鉴定新疆野苹果的AP2/ERF家族成员。利用MEGA6、NCBI CDD-batch、MEME、EXPASY、BUSCA对MsAP2/ERF家族成员进行鉴定、分类和结构分析、理化性质和亚细胞定位分析。通过RNA-seq数据和qRT-PCR实验对差异表达的MsAP2/ERFs基因的表达水平进行分析和验证,旨在鉴定新疆野苹果中潜在具有腐烂病抗性的AP2/ERF家族基因资源。结果显示:(1)在新疆野苹果中共鉴定获得106个AP2/ERF基因,涵盖全部AP2(17个)、ERF(57个)、DREB(25个)、RAV(5个)和Soloist(2个)5个亚家族。(2)进一步的细化分类发现MsERF亚家族包括B1-B6 6个组,而MsDREB亚家族中只有A2、A4、A5、A6共4个组,缺少A1和A3组的基因成员。(3)RNA-seq表达模式分析结果表明,29个MsAP2/ERF基因在腐烂病感染过程中差异表达,其中MsERF亚家族中差异表达基因数量最多(19个)。(4)12个MsAP2/ERF代表基因的qRT-PCR结果表明:8个ERF亚家族基因均受腐烂病病菌诱导显著上调表达,其中B4类ERF成员基因(MsERF40)在腐烂病病菌侵染后5 d表达量上调表达倍数最高;4个MsDREB基因中,3个受到腐烂病病原菌诱导显著上调,1个下调表达;此外,含有TIR保守结构域的MsERF05在腐烂病病菌侵染1 d后上调表达69倍,表明ERF亚家族的MsERF40和MsERF05在新疆野苹果抗腐烂病过程中发挥重要作用。该研究结果为新疆野苹果AP2/ERF基因响应腐烂病的功能和机理研究奠定了基础。
- 赵明奇刘晓洁刘晓洁杨瑞瑞梁玉青
- 关键词：新疆野苹果腐烂病抗病基因
- Potential Impacts and Challenges of Climate Change on Water Quality and Ecosystem:Case Studies in Representative Rivers in China被引量：8
- 2010年
- 气候变化对水质与水生态的潜在影响已经成为当前必须面对的新问题和新挑战,这也引起了世界各国科学家和政府的高度关注。但是,由于它的复杂性和不确定性,目前针对该问题的科学研究和科学实践仍然十分有限。本文首先回顾了近年来国内外相关研究成果,并指出了研究现状与现实需要之间的差距。另外,基于作者在淮河和汉江的相关研究成果,我们认为,人类活动和经济发展所产生的排污是造成水质与水生态恶化的最重要的原因,同时,气候变化在此基础上具有推波助澜的增益作用,气候变化主要通过改变水温和水文情势进而影响水质和水生态。本文最后讨论了适应性对策的内涵,认为适应性对策应该包括适应方式和适应能力建设两个主要方面,适应性对策应该尽可能地具有针对性和可操作性。本文对今后的相关研究可起澄清概念和指明方向的作用。
- 夏军程书波郝秀平夏瑞刘晓洁
- 关键词：CHALLENGE
