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一种病原微生物基因组快速分析方法及系统: 本发明公开了一种病原微生物基因组快速分析方法及数据分析平台；该方法在菌株数据库系统的基础上提供了基于细菌基因组序列的分型与溯源功能，用户只需作简单的参数设置并上传菌株的基因组序列，系统将在极短的时间内反馈该菌株的MLST...; 阮陟陈欢冯晔单杲; 文献传递

转录因子结合位点的识别与分析: 随着第二代测序技术的发展，大多数生物信息学领域也随之飞速发展，例如TF调控，microRNA．表观遗传学，全基因组组装，以及元基因组学等等。这些飞速发展的领域要求开发许多有效的工具为进一步研究打好坚实基础。　　在本文...; 单杲; 关键词：转录因子结合位点生物信息学蛋白质 DNA相互作用基因组序列

基因组规模DNA甲基化测序数据处理及其表观遗传分析被引量：5: 2013年; 鉴定DNA甲基化胞嘧啶(mC)并能制作基因组规模甲基化图谱的新方法——BS-Seq,最近已被开发,它是基于新一代高通量测序结合DNA亚硫酸氢盐转换技术,不仅可以从基因组规模洞察不同生物之间在DNA甲基化水平和模式上的差异,也能从不同基因组区域,包括基因、外显子、重复序列等方面,阐明DNA甲基化环境和核苷酸偏好上的保守性,加深理解DNA胞嘧啶(C)甲基化在调控基因表达和沉默转座子等重复序列中所起的表观遗传学影响。文章举例介绍了DNA甲基化位点数据预处理的具体步骤,通过处理分别将参考序列中的胞嘧啶(C)替换成胸腺嘧啶(T),鸟嘌呤(G)替换成腺嘌呤(A),而将读序列中的胞嘧啶(C)替换为胸腺嘧啶(T)。文章综述了全基因组DNA甲基化分析的主要内容,包括:(1)不同序列环境下的胞嘧啶甲基化;(2)全基因组上的甲基化的分布情况;(3)DNA甲基化环境和核苷酸的偏好;(4)DNA-蛋白质互作位点上的DNA甲基化;(5)不同基因结构元件的胞嘧啶甲基化程度。DNA甲基化分析技术为研究不同物种的表观基因组,环境和表观互作提供了强大的工具,并为进一步发展人体疾病诊断和治疗方法提供理论基础。; 王庭璋单杲徐建红薛庆中; 关键词：DNA甲基化数据处理表观遗传学

一种病原微生物基因组快速分析方法及系统: 本发明公开了一种病原微生物基因组快速分析方法及数据分析平台；该方法在菌株数据库系统的基础上提供了基于细菌基因组序列的分型与溯源功能，用户只需作简单的参数设置并上传菌株的基因组序列，系统将在极短的时间内反馈该菌株的MLST...; 阮陟陈欢冯晔单杲; 文献传递

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单杲