王道
- 作品数：17 被引量：21H指数：3
- 供职机构：中南大学湘雅二医院更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生文化科学更多>>
- 新型冠状病毒关键受体ACE2基因启动子的生物信息学分析被引量：4
- 2020年
- 为探究新型冠状病毒(SARS-CoV-2)关键受体ACE2基因的启动子、CpG岛、转录因子以及SNP位点,从GeneBank数据库获取人ACE2基因组序列和其在染色体的定位信息,并且利用多种生物信息学工具对其上游5′端的启动子、转录因子结合位点、CpG岛、SNP等进行预测和分析。结果表明,人ACE2基因5′调控区2100 bp区域含启动子序列;Promoter 2.0和NNPP数据库推测其区间分别存在1个、2个启动子;AliBaba 2.1和PROMO数据库预测到其启动子保守区域共同的转录因子结合位点为24个;当设置Relative profile score threshold为95%,JASPAR网站预测到7个潜在的转录因子EOMES的结合位点;此外,EMBOSS,MethPrimer及CpG finder均预测存在1个CpG岛,而且位于282~558 bp,大小为277 bp;SNP function prediction还发现了7个SNP位点。本研究将为SARS-CoV-2的疫苗研制和新药开发提供新的思路。
- 王道刘丹
- 关键词：ACE2基因启动子生物信息学
- 人类miR-146a-5p靶基因预测及生物信息学分析
- 2021年
- 微小RNA(miRNA)是疾病发生发展过程中的调节剂,但其在炎症反应、免疫应答,特别是肿瘤中的调控机制仍然未知。本研究先对人类miR-146a-5p进行定位,分析序列保守性,挖掘其在不同组织中表达特征;同时,将Targetscan7.1、miRDB、mirDIP和DIANA TOOLS数据库预测的人类miR-146a-5p靶基因取交集,并通过String11.0构建了蛋白相互作用(PPI)网络;利用Omicshare平台和KOBAS数据库进行基因本体(GO)注释分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果显示:人类miR-146a-5p成熟序列的保守性高,推测其具有重要生物学功能;73个靶基因涉及到结构分子活性、催化活性以及转录因子活性配体的激活,并且参与机体代谢、信号传导、正负向调控等生物学过程;还与Toll样受体(TLRs)信号、核转录因子-κB(NF-κB)以及视黄酸诱导基因I样受体(RLRs)等相关信号通路相关联。本研究初步阐明了人类miR-146a-5p通过调控靶基因在肿瘤发生、免疫应答和炎症刺激等疾病发生发展过程起着重要作用,人类miR-146a-5p将可能成为潜在的生物标记物和治疗靶标。
- 王道朱洪怡楚毅
- 关键词：靶基因生物信息学治疗靶标
- 范可尼贫血互补群E基本特性及抗原表位的生物信息学分析
- 2023年
- 范可尼贫血互补群E(FANCE)属于FA家族的重要成员之一,参与DNA链间交联损伤修复并在某些肿瘤中起重要作用。本研究运用生物信息学方法对FANCE的同源性、理化性质、亲/疏水性、信号肽、亚细胞定位、跨膜结构、蛋白结构、蛋白质互相作用、B/T细胞优势抗原表位以及肿瘤相关性进行预测。FANCE为无信号肽和跨膜区的疏水性蛋白,主要分布在细胞核和细胞质,具有较高的保守性。其二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,含有2个N-糖基化、9个O-糖基化以及48个磷酸化位点,与FANCM、FANCD2、FANCC等蛋白发生相互作用。FANCE具有多个潜在的B/T细胞优势抗原表位和17个抗原决定簇,在急性髓性白血病(LAML)和皮肤黑色瘤(SKCM)中低表达,其低表达显著影响患者总生存率。这为深入研究FANCE在肿瘤中的分子机制提供理论依据,使FANCE可能成为新的治疗靶点。
- 王道符淳
- 关键词：生物信息学抗原表位肿瘤
- SARS-CoV-2刺突糖蛋白结构特征和抗原表位分析
- 2022年
- 目的:为深入了解新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的刺突糖蛋白(spike glycoprotein)的结构特征和抗原表位.方法:以SARS-CoV-2的刺突糖蛋白的氨基酸序列为对象,通过Clustalw2.1比对分析与SARS-CoV的相似性;并且利用ProtParam分析刺突糖蛋白的理化性质;ProtScale分析亲/疏水性;TMHMM 2.0、SignalP 4.0、Netphos 3.1、NetGlyc 1.0对刺突糖蛋白的跨膜区域、信号肽、磷酸化和糖基化位点进行预测和分析;SOMPA和SWISS-MODEL服务器预测刺突糖蛋白的二级结构、三级结构模型;Prankweb平台分析可能的配体结合区域位点;ABCpred和SYFPEITHI对刺突糖蛋白进行B/T细胞表位的预测分析.结果:SARS-CoV-2刺突糖蛋白由1273个氨基酸构成,其中亮氨基酸含量最高;分子量为141178.47 kDa,等电点为6.24,半衰期为30 h,稳定系数为33.01;含有一个跨膜结构域和信号肽;存在136个磷酸化与17个N-糖基化修饰位点;二级结构主要以不规则卷曲结构构成,三级结构能与已知的7cn8.1.A(SMTL ID)模型同源建模;具有多个配体结合位点区域以及24个B细胞表位和12个T细胞表位.结论:通过生物信息学方法分析SARS-CoV-2刺突糖蛋白性质和表位,为促进新冠病毒肺炎疫苗和药物的研发提供参考.
- 王道陈建林
- 关键词：抗原表位生物信息学
- α-L-岩藻糖甘酶1基因在小鼠不同组织中的表达分析被引量：1
- 2020年
- 为了研究不同组织中α-L-岩藻糖苷酶1(α-L-fucosidase1,FUCA1)特异性表达的调节机制,运用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)和蛋白免疫印迹(Western Blot)在mRNA水平和蛋白水平上分析了Fuca1基因在小鼠成体不同组织中的表达特点,还利用Clustal Omega分析了氨基酸序列在不同物种的同源性和系统进化树。qPCR检测结果显示,Fuca1基因在小鼠不同组织中存在表达差异,在睾丸中表达最高,其次是肾脏与卵巢;而Western Blot检测结果显示FUCA1主要在小鼠肾脏和卵巢高表达;对FUCA1氨基酸序列进行同源性分析,结果显示FUCA1保守性低。以上研究表明,FUCA1可能与小鼠的组织特异性表达调节有关,其在性腺中的具体表达机制还有待研究。
- 王道陈璇施晓波陈建林
- 关键词：小鼠WESTERNBLOTOMEGA
- IGF1/2在金鱼的不同胚胎发育时期与不同组织中的分化表达被引量：4
- 2017年
- 胰岛素样生长因子(insuline-like growth factors,IGFs)是一类具有胰岛素样代谢和促进有丝分裂功能的多肽,包括IGF1和IGF2,对调节垂体生长激素合成和分泌起着重要的作用,同时还参与了细胞的增殖、生长、分化等过程.利用RT-PCR在mRNA水平上检测了IGF1/2基因在金鱼不同组织和不同胚胎发育时期的表达.结果表明,IGF1基因在肝脏中的表达量最高,在大脑、肌肉及精巢的表达量相对较低;IGF2基因在脾脏中的表达量最高,在肾脏、卵巢及精巢的表达量相对较低.IGF1/2基因在不同发育时期基本上呈现由低到高的趋势.研究表明,IGF1/2基因在金鱼的不同组织和胚胎发育过程中可能具有重要的作用,但其具体机制还有待于进一步研究.
- 王道施晓波陈建林
- 关键词：金鱼组织器官胚胎发育
- 课程思政在辅助生殖技术新进人员培养中的教学探索
- 2024年
- 辅助生殖技术是一门结合妇产科学、人类胚胎学和低温生物学等多个学科的技术,是采用现代医疗技术解决不孕不育夫妇的妊娠障碍的交叉性学科。此技术要求新入行人员不仅要掌握熟练的专业操作技能,而且必须具备良好的思想政治素质。为充分发挥辅助生殖技术教学特点,本文从提升师资队伍建设、如何融入辅助生殖技术教学、创新多种教学方式等三个维度进行探索,将专业技能和思政教育融为一体,为新时代培养高素质、高技能的辅助生殖技术人才提供借鉴。
- 王道施晓波陈建林刘丹
- 关键词：立德树人辅助生殖技术
- 人HtrA1基因的生物信息学分析被引量：2
- 2021年
- 丝氨酸蛋白酶1(High-temperature requirement factor A1,HTRA1)属于HTRA家族的重要成员。为了对人HtrA1基因编码的蛋白质进行结构特征和分子功能分析,运用多种生物信息学数据库分析人HTRA1蛋白的同源性、理化性质、亲/疏水性、信号肽以及亚细胞定位,构建二级/三级蛋白质空间结构和蛋白质互相作用网络,并进行GO注释和肿瘤中的表达差异分析。结果显示,人HTRA1蛋白在进化上高度保守,与黑猩猩、猕猴、褐家鼠、小家鼠等物种的同源性超过90.0%;二级结构以α-螺旋和β-折叠为主;含有信号肽,亚细胞主要定位在质膜外和细胞质;能够与ACAN,ARMS2及CLPP等蛋白发生相互作用;参与蛋白质水解、代谢和大分子分解代谢等过程;在不同类型肿瘤中存在表达差异。本研究为探讨人HtrA1基因编码的蛋白结构特点和生物学功能奠定基础,也为挖掘其在骨关节炎、阿茨海默病、癌症等疾病的分子机制提供了新思路。
- 王道梁波罗
- 关键词：生物信息学疾病
- 辅助生殖技术中胚胎冷冻与复苏虚拟仿真实验项目的思考被引量：1
- 2023年
- 随着互联网和人工智能等高新技术的迅速发展,虚拟仿真实验成为计算机技术和实验教学深度融合的产物。虚拟仿真实验是指在计算机系统中,采用虚拟技术模拟虚拟实验环境,用户在自主交互的虚拟环境中完成各类实验,获得学习或者训练效果,得到专业老师的评价和反馈。虚拟仿真实验项目成为继传统科学实验之后一次革命性的升级,突破了实验时间和地点的限制,增强了实验教学的逼真性和互动性,对突出以实操为导向的人才培养新模式具有重要的意义。为推动国内辅助生殖技术的蓬勃发展,提高技术人才培养质量,探索虚实教学协同发展的新方式,本研究建设的胚胎冷冻与复苏虚拟仿真实验项目,以治疗不孕不育的患者为中心,充分借助线上线下混合式实验教学法,理论结合临床,培养学生探究知识的能力,调动学生的学习积极性和主动性,参与辅助生殖技术的虚拟实验,收到事半功倍的学习效果,为现代辅助生殖技术教学带来新的发展动力和生机活力。同时,本研究也指出了虚拟仿真实验中存在的优势和需要克服的劣势。本研究旨在进一步优化虚拟仿真实验内容及提高实验教学质量,为未来更多虚拟仿真实验项目建设提供一定的启示,满足辅助生殖技术实验教学改革和创新的需要。
- 王道陈建林
- 关键词：辅助生殖胚胎冷冻胚胎复苏虚拟仿真实验
- 人髓样分化因子88的生物信息学分析被引量：1
- 2020年
- 人髓样分化因子88(MyD88)属于Toll样受体和IL-1受体家族成员下游的炎症信号通路的中心因子。为了研究人MyD88的蛋白结构和功能,本文利用重要数据库进行了生物信息学分析。研究表明,人MyD88基因全长为5670 bp,位于染色体3p22.2,共编码296个氨基酸。人MyD88蛋白具有较高的保守性,其等电点为5.64,不存在信号肽,并且含有2个苏木化位点、15个丝氨酸磷酸化位点、6个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点。该蛋白主要定位在细胞核和细胞质中,而且在血液、脾脏和肺较多,其二级结构含有145个α-螺旋和30个β-折叠,拉曼图表明三级结构模型A是可信的。与人MyD88相互作用的蛋白主要是Toll样受体和白介素相关蛋白,并且参与炎症反应、细胞凋亡等重要的免疫过程。本研究为阐明人MyD88基因结构特点和生物学功能奠定了理论基础,也为其相关疾病诊断和治疗提供了新思路。
- 王道施晓波陈建林
- 关键词：生物信息学
