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张瀚元: 作品数：16 被引量：6H指数：2; 供职机构：中国水产科学研究院更多>>; 发文基金：中国水产科学研究院基本科研业务费专项基金国家科技支撑计划国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>; 相关领域：农业科学经济管理更多>>

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鲑鳟通用型低通量单核苷酸多态性芯片的开发被引量：2: 2019年; 为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis) 4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片。该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55%。使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱。在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.120×10^(–4);用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)低至6.219×10^(–12),表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性。使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系。本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考。; 邰如玉许建江炎亮张瀚元白庆利杨世勇徐鹏赵紫霞; 关键词：鲑科鱼类亲权鉴定

用于河鲀的物种鉴定的SNP分子标记组合: 本发明公开了一种用于河鲀的物种鉴定的SNP分子标记组合，包括：双斑东方鲀鉴定的SNP分子标记组合；菊黄东方鲀鉴定的SNP分子标记组合；星点东方鲀鉴定的SNP分子标记组合；红鳍东方鲀鉴定的SNP分子标记组合；暗纹东方鲀鉴定...; 张瀚元许建; 文献传递

鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合及其应用: 本发明公开了鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合，SNP分子标记组合包含96个SNP分子标记，碱基序列分别为如SEQ ID NO:1～96所示的核苷酸序列。本发明还公开了利用SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法，包...; 张瀚元赵紫霞许建徐鹏白庆利; 文献传递

黄河鲤生长性状的转录组解析被引量：1: 2022年; 通过对同一实验条件下黄河鲤(Cyprinus carpio)群体中体重极大和极小的样本进行转录组测序,挖掘生长相关的基因和信号通路。基于转录组数据进行差异表达基因分析,在脑、肝和肌肉组织中分别筛选出差异表达基因6519个、499个和19个。其中,脑组织中上调基因3443个,下调基因2942个;肝组织中上调基因275个,下调基因186个;肌肉组织中上调基因6个,下调基因5个。对差异表达基因进行了功能注释和通路富集分析,定位到MAPK信号通路、胰岛素(insulin)信号转导通路、Wnt信号通路、ErbB信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节等与细胞生长、分化、代谢相关的信号通路。为了验证转录组结果的可靠性,本研究通过荧光定量PCR验证了黄河鲤脑组织中与生长密切相关的13个差异表达基因,其中mapk1、mapk7、mapk10、mapk12、wnt16、wnt8b、wnt10b显著上调(P<0.05),fgf13、ednra、notch2、tgfbr2、fgf19、lpl显著下调(P<0.05)。本研究通过组学数据分析和实验验证筛选了生长相关的基因,为深入挖掘黄河鲤生长性状调控机制和分子标记辅助育种提供了研究依据。; 李佩珍许建朱优秀冯建新江炎亮张瀚元; 关键词：生长性状差异表达基因信号通路

河鲀毒素及其在河鲀体内积累研究进展: 2023年; 河鲀毒素(tetrodotoxin,TTX)神经毒性极高,广泛存在于多种水生生物中。河鲀为含TTX的代表性生物,食用不当存在一定的安全隐患,极大地限制了河鲀产业的发展。随着近年河鲀产业的有条件放开,组学和分析化学等技术的不断进步,关于河鲀TTX来源和认识逐渐深入,为系统研究河鲀积累代谢TTX的调控机制提供了理论基础。本文综述了TTX的特性分布、毒性机制及在河鲀体内的积累等最新资料,总结了TTX在河鲀体内积累代谢分子机制的研究进展,为全面了解河鲀体内TTX积累途径和机制,及防控养殖河鲀食品安全风险提供参考。; 张瀚元李卫东张海恩刘英杰; 关键词：河鲀毒素食物链微生物分子机制

鲤trim25多拷贝基因进化和表达调控初探: 2022年; 天然免疫系统是硬骨鱼类抵抗病毒感染的主要防御系统,三重基序(tripartite motif,TRIM)蛋白家族作为天然免疫系统的重要组成部分,参与病毒感染的免疫网络调控,其中,TRIM25已被证实在多种鱼类的免疫反应中发挥重要作用。本研究对鲤(Cyprinus carpio)trim25基因的16个拷贝进行了序列进化分析、共线性分析和功能域结构分析,并比较了各拷贝在组织中的表达和顺式调控位点的差异。序列比对和系统进化分析结果均显示,位于鲤11和12号染色上、结构完整的TRIM25的2个拷贝与金线鲃(Sinocyclocheilus grahami)和斑马鱼(Danio rerio)的TRIM25蛋白结构高度相似,与鲤科鱼类以外的其他物种的结构差异较大。基因共线性结果显示,trim25基因上下游基因在不同物种的进化过程中相对保守。鲤TRIM25蛋白的结构分析显示,在鲤TRIM25的16个拷贝中,有6个拷贝具有完整功能结构域,其中,各有5个拷贝在鲤的肝与脑组织中高表达。在构建的表达数量性状基因座(eQTL)调控网络中,在肝和脑组织中分别筛选到5个和17个顺式调控trim25基因表达的单核苷酸多态性(SNP)位点。本研究对鲤trim25基因多个拷贝的序列差异进行了比较,并对鲤与其他物种TRIM25的序列、进化关系和共线性相似度进行了比较,揭示了鲤trim25各拷贝间的结构多样性和在组织中的表达情况,筛选出了可能调控trim25基因表达的SNP位点,为今后研究鲤TRIM25相关的调控和抗病研究提供了理论依据。; 朱优秀江炎亮张芹冯建新张瀚元吴碧银许建; 关键词：蛋白结构系统进化树 EQTL

一种快速鉴定松浦鲤的分子标记组合、引物组及其方法和应用: 本发明公开了一种快速鉴定松浦鲤的分子标记组合、引物组及其方法和应用，属于水产品品种鉴定领域。本发明筛选到的分子标记组合包括位于鲤基因组上的4个SNP位点SNP1‑SNP4，其上下游序列分别如SEQ ID NO.1‑4所示...; 张瀚元李炯棠王琦赵然侯明喜曹逸铭

用于鲑鳟鱼苗种鉴定的生物传感检测方法: 本发明公开了一种鲑鳟鱼苗种鉴定的生物传感检测方法，该方法基于公共数据库中不同株系来源的IHNV基因序列保守性分析结果，设计了以IHNV病毒基质蛋白(M)编码基因为扩增靶点的6条特异性引物，对待测鱼卵或鱼苗样品总RNA模板...; 赵紫霞许建江炎亮张瀚元; 文献传递

用于鉴别大西洋鲑和虹鳟的生物传感检测方法: 本发明公开了用于鉴别大西洋鲑和虹鳟的生物传感检测方法，包括如下步骤：步骤一、提取待检测样品的基因组DNA，利用大西洋鲑特异性引物对，以待检测样品的基因组DNA为模板进行PCR反应，得到待检测样品的PCR扩增产物Ⅰ，且大西...; 赵紫霞张瀚元徐桂彩; 文献传递

鲤多拷贝基因MRC1的全基因组鉴定及表达分析: 2024年; 甘露糖受体C1型基因(mannose receptor C-type 1,MRC1)是C型凝集素超家族的成员之一,其编码的甘露糖受体是一种模式识别受体,在先天免疫反应中发挥关键作用。MRC1基因在哺乳动物免疫反应中的作用被广泛研究,但在鱼类中的研究较少。近年来,随着高密度集约化养殖模式的发展,由病原微生物引发的疾病频繁暴发,其中,嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是常见的致病菌之一。本研究首次在鲤(Cyprinus carpio)全基因组范围鉴定MRC1基因,共发现11个基因拷贝,并进行了功能域预测、共线性分析、多序列比对和系统进化分析,结果表明,MRC1基因在物种进化过程中保守程度较高。拷贝数比较分析发现,MRC1基因在不同物种中表现出不同程度的多拷贝现象,在多数鱼类中发现2个拷贝,而在鲤中发现多达11个拷贝。同时,比较了各拷贝在健康鲤脑、肌肉、肝脏和脾脏组织中的表达情况,发现在免疫相关组织脾脏中的表达量相对高于其他组织。进一步对感染嗜水气单胞菌4、12、24 h后在鲤脾脏中的表达进行差异比较分析,发现不同拷贝的表达特征各有差异,其中,HHLG13g0734在感染嗜水气单胞菌4 h后表达显著上调,HHLG13g0734在感染24h后表现出极显著上调,HHLG3g0497在整个感染过程中表达显著下调,表明鲤MRC1基因只有部分拷贝保留了免疫相关功能及参与机体的免疫反应。本研究结果有助于进一步了解鲤MRC1基因在抵抗嗜水气单胞菌感染过程中发挥的免疫功能,并为分子选育抗病新品系提供一定的数据基础。; 常松欢王嘉利许建张瀚元张天杨江炎亮; 关键词：系统进化树嗜水气单胞菌

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