徐鹏
- 作品数：48 被引量：104H指数：7
- 供职机构：中国水产科学研究院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划公益性行业(农业)科研专项中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合及其应用
- 本发明公开了鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合，SNP分子标记组合包含96个SNP分子标记，碱基序列分别为如SEQ ID NO:1～96所示的核苷酸序列。本发明还公开了利用SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法，包...
- 张瀚元赵紫霞许建徐鹏白庆利
- 文献传递
- 鲤基因组中1个新Tc1类转座子的发现与鉴定被引量：2
- 2011年
- 在鲤(Cyprinus carpio)基因组中鉴别出一个新的具有潜在转座活性的Tc1类转座子,并命名为CCTN转座子(Cyprinus carpio Transposon,CCTN)。CCTN转座子全长1 611 bp,由两端约214 bp的反向重复序列(Inverted Repeat,IR)和中间不间断的996 bp的转座酶开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)组成。CCTN转座子推测的转座酶序列中存在完整的DD(34)E结构域,此结构域是Tc1类转座酶作用的必需位点之一。采用实时荧光定量PCR评估CCTN转座子在鲤基因组中的拷贝数约为2.28×103,占全基因组的0.21%。分子系统学研究表明,CCTN转座子是一个新的鱼类Tc1类转座子,其与斑马鱼(Danio rerio)Tzf-28、大西洋鲑(Salmo salar)SALT1和鲽(Pleuronectes platessa)PPTN2等Tc1类转座子亲缘关系较近。
- 王全乐冀培丰徐鹏孙效文
- 关键词：转座子拷贝数
- 基于RNA-Seq技术的鲮转录组分析被引量：4
- 2014年
- 为满足标记辅助育种的要求,通过454测序平台首次开展了鲮Cirrhina molitorella全鱼转录组深度测序,并用Newbler等软件进行数据精细分析。结果表明:共获得了1 297 479条reads,总碱基数为486 586 191 bp,组装后得到19 962条contigs,平均长度为1269 bp,N50为1509 bp。基因功能注释研究共获取了10 577个特异蛋白,根据特异蛋白注释结果进行GO分析,有7314条contigs有GO注释,包含5381个特异蛋白;采用GO功能分类工具可将已注释转录物序列划分为分子功能、生物途径和细胞成分3类,为下一步开展生长等性状相关基因功能验证研究提供丰富的序列资源;共鉴定出5931个具有完整的ORF的全长c DNA序列,并且鉴定出2438个微卫星和5014个SNP位点。本研究中,还建立了鲮转录组数据库和网站,方便同行随时调取数据,这为深入开展鲮分子标记辅助的遗传育种、种群遗传学和资源评估等研究提供了丰富的标记资源。
- 许建赵建徐礼鸣崔军李强朱新平徐鹏
- 关键词：转录组
- 鲤神经球蛋白基因序列与低氧表达分析被引量：1
- 2014年
- 为深入了解鲤珠蛋白家族的基因组成和表达模式,及其与低氧适应能力的相关性,本实验通过鲤基因组框架图比对和全长cDNA文库筛查,获得鲤神经球蛋白(neuroglobin,Ngb)基因完整序列,证实鲤不仅具有独特的脑组织特异表达的II型肌红蛋白(myoglobin-2,Mb-2)基因,也具有Ngb珠蛋白基因,实时荧光定量PCR实验显示,该基因在脑组织特异性表达,并呈现出低氧应答特征。基因结构和系统发生分析表明,鱼类Ngb基因高度保守,鲤Ngb蛋白可能与斑马鱼直系同源蛋白具有相似的结构及功能,而与鲤Mb-2存在明显差异。鲤Ngb基因表达量在两个品系间存在显著差异,耐低氧能力强的散鳞镜鲤Ngb基因表达量高于荷包红鲤抗寒品系。研究表明,鲤Ngb基因可能以与Mb-2基因分工协作的方式共同实现脑组织供氧,执行应对低氧胁迫的神经保护功能,在鲤低氧适应中具有重要作用。
- 赵紫霞曹顶臣匡友谊邓海霞张研徐茹李炯棠徐鹏孙效文
- 关键词：低氧适应
- 鲤鱼基因组资源和遗传工具开发与应用
- '鲤鱼基因组计划'目前已经完成了包括全基因组深度测序、高密度遗传图谱构建、基因组框架图谱装配等各方面工作,进而完成了精细的基因组整合图谱绘制工作,并利用各方面资源和数据实现了对鲤鱼基因组的基因识别定位和精确的功能注释等。...
- 徐鹏许建李炯棠江炎亮孙效文
- 关键词：鲤鱼基因组基因组育种
- 鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合及其应用
- 本发明公开了鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合，SNP分子标记组合包含96个SNP分子标记，碱基序列分别为如SEQ ID NO:1～96所示的核苷酸序列。本发明还公开了利用SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法，包...
- 张瀚元赵紫霞许建徐鹏白庆利
- 文献传递
- 用于海南鲤种质鉴定的SINE介导的INDEL标记
- 本发明公开了鲤鱼反转录转座子标记，包括鲤鱼反转录转座子序列的预测，鉴定；筛选并开发了以SINE元件介导的INDEL标记。本发明可应用于海南鲤的种质鉴定。
- 张研彭文竹徐鹏赵紫霞吴静王书
- 文献传递
- 国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析被引量：2
- 2018年
- 本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。
- 赵紫霞许建白庆利杨世勇蒋立坤陈葆华Palti YnivGao Guangtu徐鹏
- 关键词：虹鳟遗传多态性
- 一种免疫诱导型鲤启动子的克隆与功能分析
- 2017年
- 为发掘适用于基因工程抗病育种的鱼类启动子,通过实时荧光定量PCR实验对鲤Rab GTP酶(Ras-associated binding-GTPases 1a3,Rab1a3)基因的表达模式进行了分析,证实该基因在鳃、头肾等与机体免疫防御功能密切相关的组织内转录水平较高,且免疫激活后转录显著增强,符合基因工程抗病育种所需的外源免疫基因转录模式。从鲤细菌人工染色体文库中,使用Rab1a3基因特异引物筛选获得包含该基因区域的文库克隆,测序获得该基因完整序列,以及上下游调控序列。通过生物信息学手段,预测到长度为1014 bp的鲤Rab1a3基因启动子序列,该启动子不具有典型的TATA盒或CpG岛特征,存在多个免疫相关转录因子结合位点。在草鱼肾组织细胞系内验证该启动子活性,结果显示,绿色荧光蛋白基因和萤火虫荧光素酶基因都能够在该启动子驱动下表达,证实该片段具有启动子活性,且启动子活性在受到免疫诱导后增强,双荧光素酶报告基因检测结果显示,该启动子活性在免疫刺激后增强至免疫刺激前的8.67倍。研究表明,鲤Rab1a3基因启动子有望被开发成为免疫诱导型的基因工程元件,驱动外源免疫基因在鱼体内适时表达,抵御外界病原感染,同时避免非必要条件下的过度表达形成生长负担。
- 赵紫霞张研曹顶臣孙昭宁许建徐鹏
- 关键词：启动子免疫诱导
- 鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位被引量：2
- 2012年
- 应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinuscarpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位。结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程。
- 赵紫霞邓海霞徐鹏张研李炯棠孙效文
- 关键词：RDNA荧光原位杂交染色体定位
